Для подстраховки Готти через Гравано передал в администрацию Дженовезе сигналы о том, что не питает к Джиганте никаких неприязненных чувств. Действительно, в течение года два босса договорились о созыве усеченного заседания Комиссии, что означало, что ни один из них не настроен враждебно по отношению к другому. Это была первая официальная встреча крестных отцов с тех пор, как боссы Старой гвардии были осуждены по делу Комиссии, два года назад. Помимо Готти, Джиганте и их заместителей, в конференции приняли участие лидеры боргаты Луккезе. Исключение составили неугомонные Коломбо, поскольку еще не был выбран постоянный преемник для Кармине Персико, босса этой семьи, находящегося в тюрьме, и отверженная семья Бонанно, которая оставалась под запретом из-за своих прошлых нарушений в сфере наркотиков и проникновения в нее агента ФБР.

Представители трех крупнейших боргатств встретились осенью 1988 года в Гринвич-Виллидж в доме брата капо Гамбино, Фрэнки Д'Аполито. Он находился в огромном жилом комплексе под названием Washington Square Village, построенном Нью-Йоркским университетом в основном для своих преподавателей. Но родственники не одного мафиози успели обзавестись квартирами в этом престижном районе. Так, у родственников Винсента Джиганте была квартира в здании, где встречались гангстеры, и во время заседания комиссии он занимал ее, восстанавливаясь после операции на открытом сердце.

Когда Готти и Гравано в сопровождении Д'Аполито вошли в здание через подземный гараж, они столкнулись с боссом Луккезе Витторио «Маленьким Виком» Амузо  и его подчиненным Энтони «Гаспайпом» Кассо. «Отличное место для убийства», — пробормотал Кассо, наблюдая за тем, как заманчивые цели массово перемещаются по подвалу.

На встрече обсуждался вопрос о том, стоит ли утверждать место в Комиссии для Вика Орены, в то время выбранного Персико в качестве исполняющего обязанности босса «Коломбо». Готти поддержал кандидатуру Орены, а также хотел восстановить Бонанно в Комиссии, разрешив новому исполняющему обязанности босса Джозефу Массино присутствовать на заседании и иметь право голоса. Гравано знал, что Орена и Массино — союзники Готти, и с ними он получит большинство в Комиссии и станет верховным лидером национальной Козы Ностра.

Джиганте и Луккезе не возражали против назначения Орены представителем Коломбо в Комиссии, но Джиганте был против того, чтобы Бонанно вновь вошли в правящий орган мафии. Перед окончанием встречи босс Гамбино объявил, что его сын Джуниор недавно был принят в ряды мафии. «Мне жаль это слышать», — сказал Джиганте, разочаровав Готти. Готти ожидал поздравлений по поводу карьерного выбора сына, но Джиганте заявил, что никогда бы не втянул собственных сыновей в опасную орбиту Козы Ностра.

Ветреным вечером в среду, спустя два месяца после заседания Комиссии, Готти беседовал с капо Красавчиком Джеком Джордано. Они прогуливались по Принс-стрит, за углом от клуба «Рэйвенит», когда рядом с ними с визгом остановилась машина. Из нее выскочили четверо мужчин с пистолетами наизготовку и закричали: «Стоять! Полиция!» Готти, прижатого лицом к стене, с раздвинутыми ногами и поднятыми над головой руками, грубо обыскал эксперт Джо Коффи, бывший нью-йоркский детектив, работающий в оперативной группе по борьбе с организованной преступностью штата. «У тебя есть оружие, членосос?» — прорычал Коффи, наглый коп старой закалки, трогая металлический предмет на поясе Готти. — «Это всего лишь пряжка моего ремня», — сказал Готти, когда его руки были скованы наручниками за спиной. Его затащили в ожидающую машину и отвезли на небольшое расстояние в полицейское управление в центре Манхэттена для регистрации.

Менее чем через два года после того, как Готти был оправдан по федеральным обвинениям в РИКО, он снова оказался под арестом. На этот раз ему предъявили обвинение в том, что он приказал застрелить профсоюзного работника. «Три к одному я победил это обвинение», — с ухмылкой сказал Готти, когда Коффи зачитал ему официальное обвинение.

Новое обвинение в нападении и заговоре было выдвинуто главным образом благодаря настойчивости Рональда Голдстока из оперативной группы штата и жучку, который его следователи установили в святилище офиса Готти рядом с клубом «Бергин». В феврале и мае 1986 года, в первые месяцы его пребывания на посту босса, электронный шпион засек разговоры между Готти и его людьми, очевидно, о плане наказания лидера профсоюза плотников на Манхэттене по имени Джон Ф. О'Коннор. Судя по разговорам, Голдсток считал, что Готти возлагает на О'Коннора ответственность за разгром нового ресторана, тайно принадлежащего Филипу Модике, солдату Гамбино. При строительстве ресторана «Банкиры и брокеры» в Бэттери-Парк-Сити Модика отказался дать взятку О'Коннору или нанять плотников из профсоюза. О'Коннор был связан с семьей Дженовезе и позже будет осужден по обвинению в коррупции, но он, видимо, не знал, что новый ресторан «охраняется», и Гамбино обвинили его в вандализме в отместку за то, что он не получил взятки или работу в профсоюзе.

Однажды майским утром 1986 года О'Коннор, бизнес-менеджер и топ-менеджер профсоюза Local 608, ждал лифта в холле своего офисного здания в Мидтауне. Внезапно ему показалось, что он услышал гром, и почувствовал жгучую боль во всем теле. Повернувшись, он увидел человека, направляющего на него пистолет. Когда О'Коннор сполз на пол, в него начали стрелять. Он получил несколько ранений в ноги и ягодицы. Основываясь на прослушиваемых разговорах в офисе Готти, Голдсток и его следователи были уверены, что нападение на О'Коннора было организовано Готти; это был еще один пример гнусного предательства мафии и профсоюзов, поразившего строительную отрасль Нью-Йорка.

Эндрю Малони, прокурор Восточного округа, ознакомился с фрагментами записей Голдстока и счел их слишком слабыми и неубедительными, чтобы использовать в суде против Готти. Интерес Голдстока к этому делу возродился в конце 1988 года, когда к властям обратился убийца из банды Westies по имени Джеймс Макэлрой, искавший лазейку для побега, чтобы выкрутиться из пожизненного заключения. За смягчение приговора он мог бы выдать самого известного мафиози страны Джона Готти, причастного к убийству О'Коннора. «Я бы не сдал ирландца, но итальянцы — кому какое дело?» — откровенно сказал Макэлрой детективу.

Голдсток надеялся, что показания Макэлроя подкрепят доказательства, собранные его отделом с помощью аудиозаписей, и позволят добиться обвинительного приговора Готти. Рассказ перебежчика о перестрелке звучал достоверно. Он поклялся, что встречался с Готти и что босс Гамбино передал контракт О'Коннора «Вестис». Однако федеральные прокуроры в Бруклине снова отвергли версию Голдстока, посчитав утверждения захудалого Макэлроя слишком хрупкими для обвинительного приговора. Получив отказ от прокуроров Восточного округа во второй раз, Голдсток принес доказательства окружному прокурору Манхэттена Роберту Моргентау. Поскольку О'Коннор был застрелен на Манхэттене, Моргентау обладал юрисдикцией штата. Бывший прокурор Манхэттена и сын министра финансов Франклина Д. Рузвельта Генри Моргентау, он обладал одним из самых впечатляющих прокурорских послужных списков в стране. Его личное влияние и престиж его офиса были на одном уровне с влиянием прокуроров США, и его решение преследовать Готти придавало обвинительному заключению исключительный вес. Более того, ни Моргентау, ни Голдсток не могли отрицать, что «потопление» Джона Готти станет для них обоих великим событием. Подчеркивая важность дела, Моргентау заявил, что если Готти будет признан виновным, он будет добиваться вынесения ему приговора как «постоянному предикатному преступнику», то есть трехкратному неудачнику, которому грозит суровый тюремный срок. Две судимости Готти были вынесены за угон и попытку убийства Джеймса Макбратни на Статен-Айленде, совершенные в качестве одолжения Карло Гамбино. По нью-йоркским законам третье преступление могло заклеймить его как неисправимого, что влекло бы за собой минимальное наказание в двадцать пять лет и максимальное — пожизненное.