Г. Роберт Блейки, бывший помощник Роберта Кеннеди, главный советник комитета и основной составитель отчета, утверждал, что к убийству приложила руку «организованная преступность». По его мнению, имелось достаточно доказательств того, что лидеры мафии, по крайней мере, думали об устранении президента Кеннеди и его брата. Анализ Блейки указал на мощный мотив убийства президента: его смерть могла бы сорвать последовательную и всеобъемлющую борьбу Роберта Кеннеди с организованной преступностью.
В своем отчете комитет предположил, что лидерами мафии, наиболее вероятными участниками заговора против Кеннеди, были Карлос Марчелло и Санто Трафиканте-младший. Комитет рассмотрел еще одну заманчивую версию: Переезд Освальда в Новый Орлеан весной и летом 1963 года. Незадолго до убийства он некоторое время жил у своего дяди, Чарльза «Датца» Мюррета, букмекера из организации Марчелло. Комитет задался вопросом, не мог ли Марчелло или кто-то из членов его «боргаты» склонить Освальда к тому, чтобы использовать его в качестве незадачливого стрелка. Но к определенному выводу не пришли. Кроме того, Марчелло был связан с Далласом, частью его мафиозной империи. Там в клубе «Карусель» Джека Руби собирались местные мафиози, многие из которых работали на Джо Чивилло, заместителя Марчелло и хранителя его интересов в Техасе.
Важной частью расследования комитета было независимое изучение записей ФБР об электронной слежке за мафиози до и после убийства. На пленках не было обнаружено ни дымящегося пистолета, ни конкретных доказательств того, что мафия планировала убить президента. Но, ознакомившись с общим расследованием заговора, проведенным ФБР, конгрессмены и их сотрудники по расследованию назвали его «серьезно ошибочным». Они упрекнули бюро в том, что оно сосредоточилось на Освальде как на единственном подозреваемом; что оно не смогло найти новые и стоящие версии участия организованной преступности; что оно проигнорировало утверждения Беккера об угрозах Марчелло; и что оно утаило от комиссии Уоррена жизненно важную информацию, включая свидетельства секретных жучков, отражающих враждебность мафии к администрации Кеннеди.
Выводы косвенно указывают на неспособность ФБР в начале 1960-х годов проникнуть в преступные сети Марчелло и Траффиканте так же эффективно, как в боргаты лидеров северной мафии. Бюро не смогло прослушать Марчелло даже один раз, а Трафиканте подслушивали электронным способом всего четыре раза, но без значимых результатов. Неизвестный сотрудник ФБР признался комитету, что организация Траффиканте в Тампе и Марчелло в Луизиане были «слепыми пятнами» для ФБР в 1960-х годах. Резюмируя неудачу в расследовании и подслушивании Марчелло, чиновник сказал: «Он был слишком умен». Сотрудники Конгресса в частном порядке оценивали агентов бюро в Новом Орлеане как некомпетентных или коррумпированных за то, что они игнорировали мафиозную империю Марчелло.
Спустя 16 лет после того, как комитет завершил свою работу, появились новые косвенные доказательства, подкрепляющие убежденность в том, что в заговоре с целью убийства принимали участие крупные мафиози. Новая информация поступила от Фрэнка Рагано, адвоката Траффиканте, Марчелло и Джимми Хоффы, президента профсоюза рабочих, когда был убит Кеннеди. В автобиографии «Адвокат мафии», написанной совместно с этим автором, Рагано пролил свет на ненависть мафии к Кеннеди. Важнее всего то, что, по словам Рагано, Траффиканте незадолго до смерти сделал ему заявления, которые были равносильны подтверждению причастности мафиози к убийству.
Адвокат из Флориды, Рагано представлял интересы Траффиканте в течение тридцати лет, и большую часть этого времени он был близким другом и доверенным лицом дона. Их отношения были настолько теплыми, что Рагано считал Траффиканте своей путеводной звездой и эквивалентом старшего брата. Рагано признался, что до конца жизни заключил с Траффиканте фаустовскую сделку, которая принесла ему финансовое богатство. В качестве вознаграждения за услугу он отказался от своей этики и стал «домашним советником» и «адвокатом мафии» для безжалостного криминального босса и его организации. Благодаря близким отношениям с Траффиканте, Рагано познакомился и пообщался с многочисленными крестными отцами, капо и солдатами южной и северной мафии. Благодаря этому он воочию познакомился с их извращенной моралью.
Когда высокопоставленные лица северной мафии отдыхали во Флориде, Траффиканте развлекал их в любимом ресторане Capra's в Майами и часто приглашал Рагано. По словам Рагано, за несколько месяцев до убийства он слышал, как Сэм Джанкана, чикагский босс, обрушился на Роберта Кеннеди и ФБР за преследование его и Филлис Макгуайр, популярной певицы, с которой у него был широко разрекламированный роман. На одном из ужинов Рагано вспоминал, как Джанкана заявил, что его организация выиграла — или украла — выборы 1960 года в пользу Кеннеди, подтасовав голоса в округе Кук. «Этот крысиный ублюдок, сукин сын, — сказал Джанкана. — Мы за него яйца сломали и обеспечили ему выборы, а он заставляет своего брата преследовать нас до смерти».
Вскоре после убийства Рагано ужинал с Томми Луккезе и другими нью-йоркскими мафиози и их подругами, когда зашла речь об убийстве Кеннеди. «Это не могло случиться с более милым парнем», — едко заметил Луккезе.
Рагано был на праздничном ужине с Траффиканте в Тампе в ночь убийства, когда мафиози находился в блестящем настроении. По словам Рагано, он был бодр и уверен, что смерть президента положит конец расследованиям в отношении него, Марчелло и Хоффы, с которым оба южных босса заключали мошеннические сделки. Ранее Траффиканте неоднократно обрушивался на президента Кеннеди за то, что тот позволил Кастро остаться у власти и тем самым лишил его возможности вернуть себе прибыльные казино в Гаване. Он презирал президента Кеннеди за то, что тот отказал американской авиации в поддержке антикастровских сил во время вторжения в Залив Свиней в 1961 году и, по его мнению, обрек эту операцию на провал. «Мы сделаем на этом деньги и, возможно, вернемся на Кубу», — вспоминал Рагано слова Траффиканте, сказанные с радостью в ночь убийства Джона Кеннеди.
Одной из конфиденциальных ролей Рагано для Траффиканте и Марчелло была роль проводника Хоффы, маскирующего их отношения с главой профсоюза рабочих от любопытных глаз ФБР. С помощью Рагано они оформляли благословение Хоффы на получение многомиллионных кредитов из пенсионного фонда профсоюза на проекты, в которых они были закулисными партнерами или брокерами.
Именно благодаря вмешательству Траффиканте Рагано присоединился к юридической команде Хоффы. Адвокат заявил, что ему никогда не платили напрямую за его услуги Хоффе. Вместо этого, как и боссы мафии, он получал богатое вознаграждение за счет нецелевого использования Хоффой пенсионного фонда профсоюзов для сделок по развитию недвижимости. Рагано получал брокерские комиссионные и прямую прибыль за организацию займов профсоюза на выгодных условиях для себя, мафиози и законных бизнесменов, которые Хоффа быстро санкционировал. Щедрые займы из миллиардного фонда — на тот момент крупнейшего в стране фонда благосостояния профсоюзов — способствовали развитию поддерживаемых мафией казино в Лас-Вегасе. Хотя пенсионный фонд находился под совместным управлением представителей профсоюза и руководства, Хоффа практически контролировал выдачу займов, которые должны были принести гарантированную прибыль.
Хоффа был откровенен с Рагано по поводу договоров «тимстеров» с мафиози. В откровенных беседах Хоффа объяснял, что он и предыдущие лидеры IBT были вынуждены использовать мускулы мафии в 1930-х и 40-х годах, чтобы противостоять жестоким забастовщикам, нанятым компаниями, борющимися с профсоюзом. Поддержка мафии стала залогом успеха Хоффы. Нью-йоркские семьи создавали в Нью-Йорке «бумажные» или несуществующие профсоюзные организации, которые сыграли важную роль в его избрании на пост президента IBT. Защищая альянс с преступным миром, Хоффа говорил, что влияние мафии помогло профсоюзу вырасти и добиться беспрецедентных зарплат, дополнительных льгот и условий труда для своих «синих воротничков». Хоффа был уверен, что сможет заключать прагматичные сделки с лидерами мафии, не теряя при этом своей независимости и независимости профсоюза. Под его энергичным руководством число членов профсоюза выросло с 800 000 в 1957 году до почти двух миллионов к 1963 году, что сделало его крупнейшим профсоюзом Америки.