Новые боссы Луккезе, Вик Амузо и Гаспайп Кассо, нашли для Д'Арко другое применение. Они назначили его своим личным рассыльным, ответственным за сбор систематических отчислений от различных рэкетов, а на Рождество именно Д'Арко собрал около 100 000 долларов с капитанов экипажей в качестве праздничного подарка Амузо и Кассо.
Д'Арко передавал все награбленное — более 1 миллиона долларов в год — Кассо, казначею иерархии. Зная о паранойе Кассо по поводу нехватки денег и о его стремлении к точности, Д'Арко дал ему письменный отчет о каждом пенни, который он получал для боссов, и его источнике. Для подстраховки Д'Арко вел собственную книгу учета платежей.
Отчасти в награду за услуги Д'Арко оба босса оказали ему честь, возглавив церемонию посвящения его сына Джозефа в боргату и включив его в команду отца. После церемонии в подвале одного из домов Канарси Кассо подтолкнул Амузо и серьезно сказал Д'Арко: «Теперь твой сын принадлежит нам, а не тебе». Следуя по пути своего отца, Джо Д'Арко стал наркодилером. Он также начал пробовать свои собственные товары, впав в героиновую зависимость.
До того как Д'Арко попал под опеку Кассо, не было никаких веских доказательств его причастности к каким-либо убийствам. Но, будучи самым надежным капо Амузо и Кассо, он выступал в качестве заговорщика во многих убийствах, совершенных в период правления террористов. Профессор семьи Луккезе помог заманить Майка Паппадио, изгнанного начальника рэкетиров Гармент-центра, на смерть в булочную, где Д'Арко забил его дубинкой, прежде чем его смертельно ранил другой мафиози. Он участвовал или знал подробности по меньшей мере одиннадцати казней. За убийство Энтони ДиЛапи он назначил своего сына в команду, которая выслеживала его в Калифорнии. Убийцы коллеги-капо из Бронкса Майка Салерно были отобраны лично Д'Арко. Чтобы облегчить Кассо одно из убийств, Д'Арко приобрел пистолет-пулемет с глушителем и произвел пробный выстрел из окна своей квартиры, после чего передал его назначенному киллеру.
Бегство Амузо и Кассо в мае 1990 года не смогло остановить внутреннюю чистку. Многие убийства были организованы Д'Арко по приказу Кассо. Инструкции об убийстве поступали от Кассо, реже от Амузо, по заранее оговоренным звонкам на общественные телефоны. Даже находясь в бегах, Кассо умудрялся получать конфиденциальную информацию от своих шпионов из правоохранительных органов и передавать ее Д'Арко. Осенью 1990 года он велел Д'Арко предупредить Джона Готти и Сэмми Гравано, что их арестуют по федеральным обвинениям около Рождества. Информация оказалась точной.
Беглые лидеры Луккезе были достаточно уверены в себе, чтобы время от времени встречаться с профессором. Он дважды встречался с ними в Скрэнтоне, штат Пенсильвания, — один раз в таверне, другой — на парковке супермаркета. Оба мужчины маскировались, отращивали бороды, носили солнцезащитные очки и бейсболки. Очевидно, уверенные в том, что их не узнают, или в том, что за Д'Арко могли следить агенты, Амузо и Кассо по окончании сеансов уехали вместе на черном джипе. Идя на еще больший риск, они несколько раз проскальзывали в Нью-Йорк для переговоров с Д'Арко, обычно на конспиративные квартиры в Бруклине. Д'Арко находил Кассо неустрашимым перед проблемами беглеца, за которым охотятся, и постоянно подбрасывал ему идеи по расширению деятельности семьи. Воспользовавшись разногласиями в семье Коломбо между фракциями Кармине Персико и Вика Орена, Кассо в частной беседе с Д'Арко предложил мирный план. По словам Кассо, Луккезе могли бы положить конец непрекращающимся войнам Коломбо, поглотив их в свою банду. Рассудительный Д'Арко соглашался на все предыдущие предложения Кассо, невзирая на их опасность, но теперь он набрался смелости и выступил против идеи слияния. По его мнению, Коломбо нельзя доверять как партнерам, а семьи Гамбино и Дженовезе будут в ярости, если Луккезе создадут боргату, которая будет больше и сильнее их самих. Он полагал, что скрытым мотивом Кассо для объединения двух банд было желание утвердиться в роли босса объединенной семьи и тем самым стать самым главным мафиози в стране.
Это было редкое проявление откровенности со стороны Д'Арко. Мгновение спустя он вернулся к своей обычной покорности. Высказывание Кассо по поводу мудрецов Луккезе заставило его вновь вспомнить о том, что происходит с членами мафии, которым Кассо не доверяет. Перечисляя имена солдат, Кассо поклялся, что пригласит их всех на вечеринку в честь победы, как только закончатся его юридические проблемы. Прежде чем они начнут есть, он продолжал: «Я убью их всех, потому что они воспользовались мной, пока я был в бегах».
Через семь месяцев после того, как боссы скрылись, Д'Арко получил титул исполняющего обязанности босса. 9 января 1991 года руководство семьи встретилось в доме одного из солдат Луккезе в Канарси. «Эл, теперь ты босс, — сказал Амузо, открывая бутылку вина, чтобы отпраздновать это событие. — Ты управляешь семьей». Хотя у него был титул, фактические полномочия Д'Арко оставались весьма ограниченными. Амузо и Кассо сообщили ему, что они будут продолжать командовать, принимать все важные политические решения и получать основную часть доходов режима. Более того, Амузо запретил Д'Арко санкционировать убийства или призывать солдат — непререкаемые прерогативы босса. О подчиненной роли Д'Арко свидетельствует тот факт, что перед окончанием встречи новый исполняющий обязанности босса передал Кассо 75 000 долларов — последнюю денежную сумму, которую он для него приготовил.
Отсутствие Амузо и Кассо породило разногласия в рядах сотрудников по поводу того, кто из них обладает полномочиями принимать скоропалительные решения и улаживать разногласия с другими семьями. Д'Арко все больше казалось, что Гаспайп, который часто общался с ним по заранее оговоренной телефонной связи, не доверяет ему. Хотя Д'Арко был назначен исполняющим обязанности босса, он чувствовал, что получает «кривые инструкции» от Кассо, который передавал ту же информацию и указания, что и он, другим членам Луккезе. Кривые инструкции были призваны определить, насколько добросовестно Д'Арко выполняет приказы своих боссов. Было очевидно, что они сомневаются либо в его преданности, либо в его способностях.
Весной 1991 года Кассо заказал убийство, которое поразило Д'Арко. Контракт был заключен с капо, который, как знал Д'Арко, был правой рукой Кассо на протяжении многих лет: Питеру «Толстому Питу» Чиодо, четырехсотфунтовому устрашителю нерадивых подрядчиков и нерадивых клиентов ростовщиков. Вместе с Амузо и Кассо Чиодо за год до этого был обвинен в РИКО, связанном с делом Windows. Юридические проблемы Чиодо усугублялись вторым обвинением в коррупции, связанной с контролем семьи Луккезе над профсоюзом маляров Нью-Йорка. Один из «ангелов смерти» Кассо, Толстый Пит возглавлял команду, которая расправилась с Сонни Морриси, лидером профсоюза железных рабочих.
Толстый Пит не стал беглецом. Оказавшись перед лицом двух судебных процессов, сорокалетний мафиози решил признать себя виновным по обоим обвинениям, надеясь, что смягчение приговора позволит ему выйти на свободу досрочно через десять лет. В противном случае двойное обвинение в рэкете могло означать, что он проведет в тюрьме всю оставшуюся жизнь. Перед тем как сдаться, Чиодо совершил непростительный грех, не спросив разрешения у Амузо и Кассо. Оба его босса были жизненно заинтересованы в его решении, поскольку также являлись обвиняемыми по этим двум делам. Разъяренный тем, что с ним не посоветовались, и подозревая, что Чиодо сотрудничает с обвинением, добиваясь снисхождения, Кассо позвонил Д'Арко. «Убейте толстяка Пита», — бодро приказал он.
Работая на Кассо и убивая его, Чиодо понимал, что его признание вины может разгневать Гаспайпа. Чтобы обезопасить себя до вынесения приговора, он держался поближе к своему дому на Стейтен-Айленде, выходя на улицу только в окружении стаи родственников. Чтобы выкурить Чиодо, Д'Арко нанял члена своей команды, который знал его привычки и места, которые он часто посещал, и с помощью мафиози прослушивал домашний телефон Толстого Пита, чтобы узнать, где на него могут напасть киллеры. Из прослушки мафиози узнали, что Чиодо уезжает из района в неизвестное убежище до вынесения приговора; перед отъездом утром 8 мая 1991 года он планировал отвезти свой «Кадиллак» на станцию техобслуживания на Стейтен-Айленде для проверки двигателя. Трое стрелков, в том числе сын Эла Д'Арко Джо, ждали его в двух машинах, чтобы убить. Открыв капот своей машины, Чиодо заметил приближающихся убийц. Выхватив пистолет, он выстрелил первым и отступил, когда вокруг него просвистели пули. Никто из стрелков не пострадал, но Чиодо рухнул на землю, получив двенадцать ранений по всему телу. Полагая, что он мертв, стрелки и их подручные уехали.
