Назвав нескольких соучастников обвинительного заключения «имбецилами», Готти посетовал: «Если ты будешь иметь дело с имбецилами, то станешь таким же сумасшедшим, как и они». Он был расстроен тем, что его сын делегировал важные задания никчемным помощникам: «Зачем тебе все эти дворецкие и официанты?» — зашифрованное предположение, что младший полагался на непроверенных подражателей.

Но больше всего Готти беспокоило решение сына хранить сотни тысяч долларов и списки новых мафиози в своем подвальном офисе, наряду с несколькими пистолетами. «Посмотрите, что он дает им, чтобы повесить на них свою шляпу, — сердито проворчал Готти. — Смешные деньги в подвале. Я не говорю, что он дал им список, что бы там ни было. Оружие за стеной. Приют для умалишенных!»

Сказав, что его сын поступил «глупо», позволив предъявить себе обвинения, Готти отверг заявления адвокатов Джуниора о том, что он стал жертвой из-за репутации своего отца. «И в этом нельзя обвинять имена... ну, нельзя обвинять фамилии».

Злоключения его сына вызвали ошеломляющее заявление: «Как вы думаете, почему эта группа людей распалась без меня?» — спросил он брата и дочь. «Каждый стал сам себе хозяином, установил свои моральные нормы, свои причины, свою рифму, и на этом все закончилось. На этом игра закончилась».

Во время посещения тюрьмы в 1998 году Виктория Готти Аньелло защищала своего брата-младшего. Автор таинственных романов, она энергично доказывала его невиновность и предвзятое отношение правительства к ее родственникам, включая мужа, Кармине Аньелло. По словам агентов ФБР, Готти пытался разрушить роман Виктории с Аньелло. По словам Моу, вскоре после того, как Виктория начала встречаться с Аньелло, Готти отправил к нему на помощь бейсбольные биты. Позже Готти смирился, разрешил брак и ввел своего зятя — специалиста по разборке краденых машин и ценных автозапчастей — в свой боргат. Готти использовал тюремное свидание с дочерью, чтобы высмеять ее мужа, страдавшего от маниакальной депрессии. «Он хорошо себя чувствует?» поинтересовался Готти. — Хорошо ли он себя чувствует? Увеличили ли ему дозу лекарств... Садится ли он на заднее сиденье машины и думает ли, что кто-то украл руль?» Позже, говоря о частых столкновениях Аньелло с законом в его бизнесе по спасению автомобилей и буксировке, Готти подчеркнул, что его зятю нужна его помощь. «Ему предъявят обвинения в любой день, этому болвану. Он построил себе виселицу. Он купил петлю. Я не сомневаюсь в своей любви к нему, но я нужен ему там».

Три года спустя, в 2001 году, Кармине Аньелло был пойман полицией, угрожая сжечь конкурентов. Признав себя виновным в рэкете и налоговых махинациях с металлоломом, он был приговорен к девяти годам и штрафу в размере 11 миллионов долларов. Его брак с Викторией Готти закончился разводом.

В новом столетии непрочная власть Джона Готти-старшего над семьей быстро угасла. В 1998 году у него был диагностирован рак шеи и головы, и после операции в тюремной больнице его здоровье постепенно ухудшалось. Он умер в возрасте шестидесяти одного года, 10 июня 2002 года, в Медицинском центре федеральных тюрем США в Спрингфилде, штат Миссури. Нью-йоркские бульварные газеты и телеканалы, на протяжении пятнадцати лет освещавшие его деятельность, отнеслись к известию о его кончине и похоронах с той серьезностью, которая присуща смерти президента или королевской принцессы. Газета New York Daily News заполнила пятнадцать страниц текста и фотографий, чтобы задокументировать его жизнь, а New York Post уделила ему тринадцать страниц. Даже спокойная газета New York Times, которая обычно преуменьшает значение злодейских гангстеров, поместила некролог из 2500 слов на первой странице.

Конец жизни Готти был освещен журналистами страны более подробно, чем все выдающиеся доны американской мафии, которые ему предшествовали, включая Аль Капоне, Лаки Лучано, Карло Гамбино, Вито Дженовезе, Джо Бонанно и Томми Луккезе. Хотя Бруклинская римско-католическая епархия отказала ему в публичной заупокойной мессе в церкви, уход Готти соответствовал его грандиозному образу жизни: газеты сообщали, что его похороны обошлись примерно в 200 000 долларов. После поминок в похоронной капелле Квинса его бронзовый гроб, инкрустированный золотом, с выгравированными датами рождения и смерти, был доставлен через Квинс. За катафалком следовали двадцать два лимузина, сотни частных автомобилей и девятнадцать машин с цветами. Цветочные композиции были искусно оформлены и отражали любимые аспекты его жизни: бокал для мартини, скаковая лошадь, королевский румянец в сердечках, сигара и эмблема New York Yankees. Тысячи зрителей, многие из которых хватались за катафалк, и четыре вертолета телевизионных новостей, зависшие над головой, девяносто минут везли кортеж через Квинс, мимо его дома в Говард-Бич и остановились перед охотничьим и рыбным клубом «Бергин» в Южном Озон-Парке. Возле «Бергина» и вокруг Говард-Бич были вывешены баннеры с надписью «Джон Готти будет жить вечно». На кладбище Святого Иоанна его ближайшие родственники, включая мать Фанни, присутствовали на кратком молебне, который провел священник. Джон Готти был похоронен в семейном мавзолее рядом со своим отцом и двенадцатилетним сыном Фрэнком, погибшим в автокатастрофе.

На кладбище Сент-Джон, прозванном нездоровыми каламбурами местом упокоения «Мертвецов», находятся могилы многих известных мафиози. Рядом с Готти похоронены его наставник Аниелло Деллакроче, Карло Гамбино, Лаки Лучано, Джо Профачи, Джо Коломбо, Кармине Галанте и Сальваторе Маранцано.

Вначале Джон Дж. Готти говорил, что ему нужен всего один год на посту босса, чтобы воплотить в жизнь свое наследие: создать мафиозную семью, которая никогда не будет разрушена. Это было «адское наследие», записанное на жучок правоохранительных органов в январе 1986 года, спустя всего несколько недель после того, как Готти захватил контроль над семьей Гамбино. Как начинающий крестный отец, он унаследовал криминальный супергосударство, созданное за три предыдущих десятилетия двумя предпринимателями-новаторами из мафии, Карло Гамбино и Полом Кастеллано. У Готти было пять лет абсолютной власти на улицах, чтобы завершить свою цель — создать несокрушимую боргату. Он начал свое правление, контролируя крупнейшую и, вероятно, самую могущественную преступную организацию в истории страны. Когда он ушел, Гамбино представляли собой распадающийся, осажденный клан. И он был главным виновником того, что вихрь разнес на куски и боргату, и его личную семью.

Первые успехи, беспрепятственный захват власти в семье после убийства Пола Кастеллано и череда оправдательных приговоров в суде привели к его чрезмерной самоуверенности. Лестные рассказы в печати и на телевидении о его роскошном образе жизни, неординарных манерах и непобедимости в суде усиливали его мнение о себе. Готти изобрел и воплотил гангстерский шик; он был новым типом открытого бесстрашного, эпатажного мафиози, вызывавшего викарное восхищение своим пренебрежением к власти по принципу «приди и возьми меня, если сможешь».

«Он был первым медийным доном», — говорит Брюс Моу, агент ФБР, отвечавший за расследование, в результате которого Готти был осужден. «Он никогда не пытался скрыть тот факт, что был супербоссом». Эндрю Малони, прокурор США, который вел дело Готти, был возмущен одержимостью СМИ своим любимым гангстером. «Он был сделан на заказ для прессы. То, как он выглядел, как одевался, его высокомерное отношение к закону. Пресса манипулировала им и превратила его в народного героя. Почти все забыли или преуменьшили тот факт, что он был жестоким убийцей».