Как близкому родственнику, Джуниору разрешалось видеться с отцом дважды в месяц и беседовать с ним по несколько часов. Хотя все визиты к Готти отслеживались по видео- и аудиозаписям, ФБР было уверено, что отец и сын используют кодовые слова и тонкие обмены мнениями для обсуждения семейных дел мафии.
Еще в Нью-Йорке уроки, извлеченные из промахов отца, очевидно, помогали Джуниору передавать инструкции от отца или обсуждать насущные проблемы «Боргаты» с доверенными специалистами Гамбино. Крайне опасаясь подслушивающих устройств и прослушки, он предпочитал беседы на улицах — и только со своим дядей Питером и старшими капо. Он избегал квинсского лагеря Питера в охотничьем и рыбном клубе «Бергин», а клуб его отца «Рэйвенит» в Маленькой Италии был закрыт правительством. Пятиэтажное кирпичное здание «Рэйвенит» на Малберри-стрит принадлежало Джозефу «Джо Коту» Лафорте, которого ФБР идентифицировало как солдата Гамбино. По решению суда 1993 года, объявившего клуб центром рэкета, здание было конфисковано в пользу государства и продано с аукциона новому хозяину. Символизируя джентрификацию района и изменение демографической ситуации, унылый «Рэйвенит», служивший домом для мафии на протяжении семидесяти лет, был выпотрошен, а интерьер переделан под магазин женских аксессуаров. Фотография Джона Готти и Нила Деллакроче исчезла, и Эми Чан, владелица бутика, повесила портрет Мао Цзэдуна в ярко освещенном входе.
Понимая, что за ним ведется наблюдение и расследование, Джуниор попытался изменить свой публичный имидж. Его прежний график поздних ночей в барах и на дискотеках прекратился. Вечера он проводил в своем 14-комнатном доме с видом на залив Ойстер-Бей на северном побережье Лонг-Айленда стоимостью 1,3 миллиона долларов вместе с женой Ким и четырьмя детьми. Более консервативно одетый, чем раньше, он часто появлялся на родительских собраниях и приносил печенье на вечеринки в школах своих детей. Адвокаты Джуниора, действуя как спин-доктора, передавали репортерам новости о его научных занятиях: он стал заядлым коллекционером книг и артефактов о жизни американских индейцев и посещал параюридические курсы, чтобы лучше понять юридическую систему.
Перетряска командного состава семьи была крайне необходима в условиях стремительного подъема, вызванного предательством Сэмми Гравано и массовыми осуждениями капо и солдат. Сократив ряды, Джуниор приступил к консолидации команд и назначению новых капо. Но его молниеносное возвышение до суррогатного босса вызвало в семье незаслуженное недовольство, а его лидерские качества были поставлены под сомнение более опытными мудрецами. Неуважение — один из главных грехов в мафии, и старшие капо были оскорблены надменным поведением молодого босса. В отчетах информаторов из подразделения ФБР «Гамбино» приводились оценки, сделанные внутри семьи и в других семьях, согласно которым действующий босс был неуклюжим и неумелым. Анализируя деятельность младшего Готти, Брюс Моу отметил в одном из отчетов: «Ему нравится преклонение, внимание и, самое главное, деньги, которые к нему поступают. Это вскружило ему голову». Неудачи Джуниора стоили капо и солдатам Гамбино денег в межсемейных спорах о ростовщичестве и вымогательстве. Банда Дженовезе так плохо думала о Джуниоре, что отказывалась вести с ним переговоры, а Гамбино проигрывали большинство встреч с другими бандитами. «Он — посмешище», — резюмировал Моу.
Несмотря на свои промахи, Джуниор правил в течение пяти лет — примерно столько же времени его отец был на свободе и боссом до вынесения приговора. В 1998 году Джуниор был фактически свергнут с трона благодаря РИКО. Обширное обвинительное заключение обвиняло его в том, что он стал преемником своего отца и получал отчисления от целого ряда вымогательств, азартных игр, ростовщичества и трудового рэкета. Самые громкие обвинения касались вымогательства семьей 1 миллиона долларов в течение шести лет у Scores, модного топлесс-клуба в Верхнем Ист-Сайде Манхэттена, популярного среди знаменитостей и туристов. По словам прокуроров, свидетели были готовы дать показания о том, что владельцы и работники клуба были вынуждены платить деньги за протекцию худшим членам семьи Гамбино за разрешение работать, и что по меньшей мере 100 000 долларов были переданы Джону Готти-младшему в качестве его доли.
Прокуроры усугубили унижение Джуниора, обнародовав улики, найденные во время обыска в его бизнес-офисе в Квинсе, чтобы подтвердить свои обвинения в том, что он был мафиози. В стенном сейфе было спрятано 358 000 долларов наличными, которые Джуниор не смог объяснить, и незарегистрированное оружие. Олицетворением его беспечности стал найденный в его офисе список, в котором были указаны десятки солдат, принятых в 1991 и 1992 годах в нью-йоркские боргаты. Следователи полагали, что эти имена были переданы семье Гамбино для проверки — традиционной мафиозной процедуры. Позволив властям найти реестр, Джуниор поставил под угрозу десятки мафиози из других семей и очернил репутацию Гамбино как надежного члена всей Козы Ностра. Лидеры других мафиозных группировок были ошеломлены тем, что он годами хранил список кандидатов; в качестве элементарной меры безопасности его следовало немедленно уничтожить.
Младший, похоже, имел склонность к хранению списков. Второй список, найденный в файлах его офиса, стал еще одним позором для него и бонусом для разведывательных досье правоохранительных органов. Это была запись о денежных подарках на сумму 348 000 долларов, которые он получил от 173 избранных гостей на своей свадьбе в 1990 году, многие из которых были известными мафиози из пяти нью-йоркских семей. Томми Гамбино, один из самых богатых капо его отца, подарил 70 000 долларов, а Сэмми Бык Гравано — 7 500 долларов. Прокуроры планировали использовать свадебные подношения в качестве косвенных улик, доказывающих возросшее положение Джуниора в мафии и признание его значимости другими боргатами.
Накануне суда и после того, как большинство его сообщников сдались и признали себя виновными по смягченным обвинениям, младший Готти признал свою вину. С него сняли обвинения в вымогательстве очков, но он признался в ростовщичестве, незаконных азартных играх и вымогательстве, включая использование фальшивых групп активистов движения за гражданские права для угрозы остановки строительных работ из-за квот на прием на работу меньшинств. Кроме того, он был осужден за уклонение от уплаты подоходного налога. Во время вынесения приговора в сентябре 1999 года Джуниор использовал один из любимых афоризмов своего отца: «Я — мужчина. Я здесь, чтобы принять лекарство». Его адвокаты, Джеральд Шаргел и Серита Кедия, заключили жесткую сделку, и в возрасте тридцати пяти лет он был приговорен к шести годам и пяти месяцам тюремного заключения и штрафу в 750 000 долларов — гораздо более мягкому наказанию, чем двадцать лет, которые ожидали его в случае судебного приговора.
Возможно, еще более неприятным для обоих Готти стало обнародование при вынесении приговора расшифровки записанных на пленку разговоров в тюрьме Мариона между отцом и родственниками. В записках судье, выносившему приговор, прокуроры утверждали, что эти разговоры подтверждают высокий статус Джуниора в семье Гамбино, а также то, что его отец был в курсе преступной деятельности сына и пытался направлять его в управлении бандой.
Самые откровенные записи были получены 29 января 1998 года, когда заключенного крестного отца навестили в Мэрионе его брат Питер и дочь Виктория Готти Аньелло, вскоре после того, как Джуниор был арестован. Хотя Готти знал, что его разговоры записываются тюремной администрацией, его высказывания о сыне были пронизаны сарказмом и разочарованием. Он назвал младшего и его младшего сына, Питера, «засранцами» за то, что они связывались с ненадежными компаньонами, «мусорными ведрами» в деловых сделках. Готти-старший прочитал обвинительное заключение и осуждал младшего за то, что тот связался с кофендантом, известным тем, что «много болтает... и доставляет людям неприятности», то есть с мафиози, который может его уличить.
