Во время войны, вроде бы сотрудничая с ФБР, Скарпа был генералиссимусом Персико, делая все возможное, чтобы уничтожить ударные войска Орены. Отчеты Скарпы ДеВеккио были полны уличающих сведений о незаконных операциях, проводимых Оренами. Он также предал своих собственных стрелков, указав на их участие в заговоре с целью уничтожения людей Орены. Хотя он убил по меньшей мере трех солдат Орены и пытался убить других, Скарпа опустил эти детали в своих советах ДеВеккио. Он никогда не сообщал, что был добровольным участником смертельных столкновений. Однако он сообщил ДеВеккио о покушении на свою жизнь и о том, что боевик из «Орены» обстрелял его машину, когда за рулем находилась его невестка.
За годы работы ФБР заплатило Скарпе за его услуги 158 000 долларов. Он согласился работать на бюро с оговоркой, что его личность никогда не будет раскрыта никому за пределами бюро — даже прокурорам — и что его никогда не вызовут в качестве свидетеля в суд. Подобное соглашение используется правоохранительными органами с информаторами, которых они считают очень важными.
Перед войной, в 1988 году, когда Скарпе было пятьдесят восемь лет, он перенес срочную операцию по поводу кровоточащей язвы и получил пинту крови от члена своей команды, который позже умер от СПИДа. Три года спустя, в разгар войны, у Скарпы диагностировали это заболевание. Он похудел на пятьдесят фунтов, стал истощенным и легко утомлялся. Но, не обращая внимания на ухудшение здоровья, он железной рукой руководил своей командой, охотно выслеживая врагов Орены. Хотя людям Орены не удалось зажать Скарпу, его удача угасла. 29 декабря 1992 года недалеко от своего дома в Бруклине он получил пулю в левый глаз во время спора о сделке с наркотиками, не связанной с разборками в Коломбо. К 1993 году, ослепший на один глаз, облысевший и истощенный, он был неузнаваем в образе грозного военачальника, которым когда-то был.
В начале конфликта семья Коломбо была в относительной безопасности. Правительство практически ничего не знало о масштабах расширяющихся незаконных операций семьи. Из информации Скарпы ФБР получало в основном ценные сведения о субординации Боргаты, неясные сведения о готовящихся сделках и уничижительные сплетни о его врагах-мафиози. Но, как правило, Скарпа утаивал информацию, которая могла бы привести к предъявлению серьезных обвинений кому-либо из членов банды.
«У нас было очень мало информации о семье Коломбо», — признается Джон Глисон, прокурор из прокуратуры Восточного округа США, который в то время возглавлял отдел по борьбе с организованной преступностью. — Мы просто боролись, и ничего особенного не происходило».
Глисон, как и другие федеральные адвокаты в Нью-Йорке, не знал о связи Скарпы с ФБР, когда в 1990 году поручил другому прокурору в Бруклине, Джорджу А. Стамбулидису, начать борьбу с Коломбо. Стамбулидис получил шанс, когда подражатель Коломбо, Майкл Маффаторе, отчаянно нуждавшийся в снисхождении по обвинению в торговле наркотиками, заговорил о нераскрытом убийстве в семье. Нося скрытый диктофон, Маффаторе добился небольших побед для прокуроров, обвинив в убийстве других подражателей. Это было началом, но скорее булавочным уколом, чем весомым ударом по надстройке Коломбо.
Чтобы активизировать действия, Стамбулидис завалил бухгалтеров и других якобы законных людей, которые, как известно, работали на семью, повестками с требованием дать показания перед большим жюри. Рассчитывая на то, что страх лжесвидетельства развяжет языки гражданским помощникам семьи, Стамбулидис надеялся, что повестки станут строительным материалом для доказательств против главных целей: Вика Орены, двух его сыновей-мафиози, Виктора-младшего и Джона, и сына Кармине Персико, Малыша Алли Боя, который, как и его отец, как считалось, играл большую роль в банде, находясь в тюрьме.
Стратегия принесла свои плоды как раз в тот момент, когда разгорелась внутренняя борьба. Бухгалтер Кеннет Геллер, вызванный в суд, предоставил внутреннюю информацию о ростовщических операциях Оренов и грязных деловых предприятиях Малыша Алли Боя. Страх привел Геллера в гостеприимные объятия прокуроров. Он платил семье Коломбо 11 000 долларов в неделю в качестве вознаграждения за займы на сумму более 1 миллиона долларов. Стремясь разбогатеть, он занимал деньги у ростовщиков для неудачных инвестиций. Чтобы выплачивать еженедельные взносы мафии, Геллер зарылся в еще большую яму, присваивая деньги законных клиентов. Геллер думал, что Коломбо уберут его как возможного информатора, как только станет ясно, что обвинения неминуемы. Единственным выходом для него было быстро помочь правительству, надеть прослушку, чтобы получить улики против мафиози, а затем добиться анонимности и безопасности в Федеральной программе защиты свидетелей.
С ноября 1991 по октябрь 1993 года двенадцать бандитов и ни в чем не повинный подросток, работавший в магазине бубликов, сошли в могилу. По меньшей мере дюжина воинов Коломбо и пятеро прохожих были ранены. Среди погибших был Джозеф Скопо, сторонник Орены, сын Ральфа Скопо, профсоюзного лидера, осужденного по делу Комиссии. Абсурдность перестрелок была подчеркнута тем, что боевики Персико извинились перед боргатой Дженовезе за то, что по ошибке убили одного из своих бездействующих солдат, 78-летнего Гаэтано «Томми Шрама» Амато, который по ошибке посетил социальный клуб Орены, когда на него напала рейдерская группа Персико.
Эти военные действия упростили усилия правительства по уничтожению семьи путем вынесения обвинительных приговоров. Члены и сообщники Коломбо переметнулись и стали сотрудничать со свидетелями, чтобы избежать длительных сроков заключения после ареста по обвинению в рэкете и заговоре с целью убийства. Другие дезертировали из страха, что их убьют. По меньшей мере двенадцать членов группировки стали государственными свидетелями, включая Кармина Сессу, консильери, и двух капо.
Благодаря показаниям бухгалтера Геллера и предателям из мафии, правительство сделало свою самую большую удачу, поймав Виктора Орена, чье стремление стать крестным отцом стало его гибелью. Его арестовали в День апрельских дураков 1992 года, когда он прятался в доме своей любовницы с арсеналом из четырех заряженных дробовиков, двух штурмовых винтовок и шести пистолетов. До конца года Орена признали виновным по обвинению в РИКО, в убийстве, заговоре с целью убийства и крупном ростовщичестве. Приговором для Маленького Вика, которому было пятьдесят восемь лет, стало пожизненное заключение без возможности условно-досрочного освобождения.
В результате двух лет перестрелок, внутренних разборок и вызовов Стамбулидиса в суд присяжных были собраны и предъявлены обвинения шестидесяти восьми капо, солдатам и соратникам с обеих сторон. Как и их лидер, Малыш Вик, высокопоставленные воины и помощники Орены были осуждены, в основном за заговор с целью убийства, рэкет и ростовщичество. В тюрьму попали также сыновья Маленького Вика, Виктор-младший и Джон, и Том Петриццо, строительный рэкетир, похитивший небольшое состояние на стальных изделиях с Вестсайдского шоссе. Деннис Паппас, финансовый гид Орены, попал в тюрьму за свои крупные махинации.
Из лагеря Персико к длительным срокам заключения были приговорены младший брат Кармина Тед, его двоюродный брат Энди Руссо и силач Хью Макинтош. Самый старший брат Персико, Альфонс «Алли Бой», умер еще до войны в возрасте шестидесяти одного года, в 1989 году, отбывая двадцатипятилетний срок за вымогательство.
Самым загадочным участником боевых действий, осужденным в итоге, был Грегори Скарпа, безжалостный капо Персико и крот ФБР. Федеральные прокуроры, не зная о его двойной жизни мафиози и информатора, впервые в жизни выдвинули против него обвинения в рэкете. Федеральное обвинение было предъявлено только после того, как бруклинская прокуратура схватила его по обвинению в хранении оружия в штате. Даже после предъявления обвинений Скарпа продолжал тайно предоставлять информацию ДеВеккио в слабой надежде, что его еще раз пощадят. Но его трюки с двойным обманом были исчерпаны, и в 1993 году он признал себя виновным по нескольким федеральным пунктам обвинения в рэкете.
