Практически с момента выхода 888-страничного отчета комиссии его основные суждения подверглись жесткому обстрелу как неточные, вводящие в заблуждение и подрываемые вопиющими упущениями. Значительная часть критиков оспаривала вердикт комиссии о том, что Освальд был одиноким стрелком. Эти возражения, сосредоточенные на количестве выпущенных пуль и направлении, с которого они были выпущены, породили множество теорий заговора.
Первыми подозреваемыми были мафия и Фидель Кастро.
Постепенно, на протяжении многих лет, появлялись сведения о возможном соучастии мафии, и большая их часть была собрана и раскрыта в 1979 году. В том году специальный комитет Палаты представителей завершил двухлетнюю переоценку результатов расследования Комиссии Уоррена. Главной темой, которую исследовала комиссия, была возможность мафиозного плана по убийству президента как наиболее эффективного способа остановить крестовый поход его брата против них. Другая теория убийства основывалась на вербовке Центральным разведывательным управлением влиятельных мафиози в начале 1960-х годов, чтобы они помогли убить Кастро, тем самым подстрекая кубинцев к ответному убийству президента Кеннеди.
Доказательства того, что многие лидеры Козы Ностра опасались наступления Роберта Кеннеди на них, а также их растущей ненависти к генеральному прокурору и президенту, были обнаружены комитетом в ранее секретных файлах ФБР. Интригующая информация была получена из «жучков», установленных перед убийством, во время тайной программы Гувера по электронной слежке за мафией.
Гувер утаил важную информацию от комиссии Уоррена. Он не раскрыл существование «жучков» и полученных с их помощью ценных улик и сведений. Комиссия так и не узнала о том, что ФБР зафиксировало явную враждебность мафиози по отношению к Кеннеди. Еще один странный поворот: в 1963 году Гувер поручил расследование убийства отделу ФБР, который занимался расследованиями ограблений банков и уничтожения федеральной собственности. Два наиболее квалифицированных подразделения ФБР, занимавшихся расследованием внутренних или иностранных заговоров, — отделы по борьбе с организованной преступностью и национальной безопасности — были в значительной степени отстранены от участия в расследовании. Позднее следователи Конгресса предположили, что неортодоксальное назначение Гувера было преднамеренным. По их мнению, он мог опасаться, что более широкое расследование, проведенное квалифицированными агентами и непримиримыми прокурорами, разоблачит незаконную прослушку и подорвет его репутацию.
К тому времени, когда комитет Конгресса начал свою работу в конце 1970-х годов, пленки ФБР были стерты или уничтожены. Новые следователи были вынуждены опираться на неполные резюме и частичные расшифровки записанных разговоров. Большинство наводящих на размышления угроз, высказанных мафиози, были взяты из фрагментов более длинных разговоров. Тайные жучки ФБР выявили откровенную ненависть к братьям Кеннеди, особенно к Роберту. В записанных на пленку разговорах многие мафиози поносили отдельных агентов ФБР, но на удивление мало угроз и злобных комментариев было направлено на Дж. Эдгара Гувера.
2 мая 1962 года агенты услышали, как Микелино «Майк» Клементе, важный капитан в нью-йоркской семье Дженовезе, высказал свои взгляды нескольким солдатам. «Боб Кеннеди, — предупреждал Клементе, — не остановится, пока не посадит всех нас в тюрьму по всей стране. Пока Комиссия не соберется и не наложит на себя руки, все будет застопориваться». Подчеркивая необходимость усиления секретности, чтобы помешать Кеннеди, он добавил: «Когда мы встречаемся, мы все должны пожать друг другу руки, сесть и поговорить, и, если есть какие-то проблемы с конкретным режимом [семьей], это должно держаться в секрете, и только руководители должны знать об этом, иначе об этом узнает какая-нибудь баба, и, наконец, газеты».
Год спустя, 23 мая 1963 года, Стефано Магаддино, двоюродный брат Джо Бонанно, босс «Буффало боргата» и член Комиссии, был обеспокоен проникновением правительства и сетовал лейтенантам: «Мы в плохой ситуации в Коза Ностра. Они знают все под солнцем. Они знают, кто за ней стоит, они знают amici, они знают capodecina, они знают, что есть Комиссия. Мы должны следить за этим делом, за тем, куда оно движется, и оставаться как можно более тихими».
Магаддино не знал, что его прослушивают и что большинство разведданных ФБР о мафии поступает из незащищенных разговоров. 6 июня 1963 года Магаддино снова заговорил, предупреждая нескольких своих людей о трудностях, созданных Кеннеди. «Мы находимся в ситуации с этой администрацией. Против нас настроен весь президент. Но мы должны сопротивляться». Затем раздался звук, похожий на удар кулаком по столу.
В том же месяце крестный отец признался одному из своих солдат, Энтони ДеСтефано, что после визита агентов ФБР он был озадачен способностью бюро собирать разведданные. «Понимаете, Коза Ностра. На днях они заставили меня испугаться. Они знают наш бизнес лучше нас. Они знают глав семейств, каподецину, а ФБР — нет. Поэтому на днях я сказал, что будьте осторожны, прежде чем открывать рот. Потому что иногда кто-то может быть шпионом, а вы можете подумать, что он — ночной друг».
За месяц до убийства, 31 октября 1963 года, сын Магаддино, Питер, уже состоявшийся человек, горячо заявил отцу, что президент «должен упасть замертво». Сын добавил: «Они должны убить всю семью — и мать, и отца».
В самом начале расследования мафии, 9 февраля 1962 года, агенты ФБР выслушали подстрекательские высказывания во время ссоры между Анджело Бруно, боссом филадельфийской семьи, и Вилли Вайсбергом, доверенным деловым партнером. «Посмотрите, что сделал Кеннеди, — сказал Вайсберг. — С Кеннеди парень должен взять нож, как один из других парней, и зарезать, а потом убить на хрен, где он сейчас... Я убью. Прямо в гребаном Белом доме. Кто-то должен избавиться от этого урода».
Говоря о мести мафии, комитет Конгресса внимательно изучил Карлоса Марчелло, новоорлеанского главаря, и его злобу по отношению к Кеннеди. Роберт Кеннеди признал ответственность за временную депортацию Марчелло в Центральную Америку в 1961 году, утверждая, что высылка была произведена в соответствии с иммиграционными законами. Перед убийством мафиози неоднократно выражал свое негодование генеральному прокурору за унижение. Проблемным вопросом, который обеспокоил комитет, был разговор, состоявшийся в сентябре 1962 года между Марчелло и Эдвардом Беккером, торговцем с колес и известными деловыми связями с деятелями преступного мира. Беккер занимал различные должности: следователь в фирме «Частный глаз», возглавляемой бывшим агентом ФБР; специалист по связям с общественностью; менеджер шоу-бизнеса; телевизионный продюсер. Он утверждал, что слышал, как Марчелло обещал отомстить Роберту Кеннеди за его депортацию. «Не беспокойтесь об этом маленьком сукином сыне Бобби, — процитировал Беккер слова Марчелло. — О нем позаботятся».
В 1967 году ФБР изучило историю о якобы имевшей место угрозе Марчелло, узнав, что Беккер рассказал о ней Эду Риду, писателю, пишущему на темы организованной преступности. Во внутреннем меморандуме бюро, основанном на интервью с Ридом, говорилось, что Беккер вспомнил, как Марчелло сказал ему, что «для того, чтобы достать Бобби Кеннеди, им придется достать президента, а убить Бобби они не могут, потому что президент использует армию и морскую пехоту, чтобы достать их». Марчелло якобы сказал Беккеру, что убийство президента Кеннеди «приведет к тому, что Бобби потеряет свои полномочия генерального прокурора из-за нового президента». ФБР сочло Беккера неблагонадежным и ненадежным, поэтому бюро не предприняло никаких усилий, чтобы допросить его, проверить или опровергнуть его информацию.
Спустя десятилетие после того, как ФБР отвернулось от Беккера, его допросили следователи Комитета по убийствам Палаты представителей. Он рассказал, что с сентября 1962 года по январь 1963 года три или четыре раза встречался в Новом Орлеане с Марчелло по поводу бизнеса по производству присадок к топливу, в который Беккер и сообщник босса мафии хотели, чтобы Марчелло вложил деньги. Во время одной из встреч в поместье Марчелло «Черчилль Фармс» в сентябре 1962 года Беккер спросил Марчелло о давлении со стороны расследования Роберта Кеннеди, и именно тогда босс мафии взорвался от ярости. Беккер не смог вспомнить точные слова Марчелло, но сказал, что тот «четко заявил, что собирается организовать убийство президента Кеннеди каким-либо способом», и что кто-то вне мафии будет манипулировать им, чтобы осуществить преступление. Беккер также утверждал следователям комитета, что Марчелло говорил о том, что президент Кеннеди — это собака, а Роберт Кеннеди — хвост собаки. Беккер перефразировал слова Марчелло, который зловеще сказал: «Собака будет продолжать кусать вас, если вы отрежете ей хвост, но если отрубить собаке голову, она умрет». Беккер рассказал следователям, что эти пронзительные комментарии прозвучали в течение минуты или двух во время деловой встречи, которая длилась более часа.
