Окончание массового террора после смерти Сталина не означало прекращения всех репрессий; лагеря продолжают существовать, и туда до 80-х годов все еще попадает много людей. То же относится и к «психушкам», используемым как филиалы лагерей. Но теперь уже репрессируются не массы, а отдельные лица — правозащитники и диссиденты, которые открыто противостоят режиму.

Начинается так называемая оттепель. С 1956 года, после знаменитого XX съезда партии, идет процесс десталинизации и частичной реабилитации жертв культа личности. На месте статуи «отца и спасителя народов», возвышавшейся над Ереваном, поставлен монумент «Мать Армения».

Оттепель и десталинизацию поддерживает и А. Микоян. В Армении разговор о национальной истории постепенно перестает расцениваться как преступление. В это время переиздаются книги Раффи и других писателей-патриотов, переписывается история Армении. Опять же благодаря оттепели Армения открывается для туристов, большую часть которых, разумеется, составляют армяне диаспоры. В результате армяне, репатриированные в 1946-1948 годах, вновь налаживают связь с родственниками.

В 1956 году председатель совета министров Франции Пино посещает Армению и получает много просьб от армян, бывших французских подданных, об оказании помощи в возвращении во Францию. С 1956 по 1962 год советское государство разрешает тем армянам, которые до иммиграции были гражданами других стран, возвратиться назад. Остальные, ранее не имевшие гражданства, вынуждены остаться в СССР.

Но, вернувшись в те страны диаспоры, из которых они выехали, эти вечные беженцы не находят радушного приема — армянские общины, политические партии и сама Церковь не одобряют их возвращения.

Еще до начала процесса десталинизации, 29 мая 1954 года, умирает католикос Геворг VI. Примечательно, что о его смерти объявляют даже советские средства массовой информации (газеты «Правда», «Известия», агентство ТАСС, радио Еревана), которые высоко отзываются о его патриотических добродетелях. Его отпевает в Эчмиадзине епископ Хад Аджапаян, местоблюститель в Антелиасе, где престол также свободен после смерти католикоса Гарегина Овсепяна, скончавшегося 22 июня 1952 года.

Больше года престол католикоса в Эчмиадзине остается вакантным. Местоблюстителем является в прошлом епископ Исфаганский Ваган Костанян, который был изгнан из Ирана и затем стал архиепископом в Эчмиадзине. Выборы католикоса по традиции Армянской церкви должны проводиться не ранее 40 дней после смерти предшественника (по окончании траура) и не позднее 6 месяцев. Но местоблюститель откладывает выборы, и одновременно просоветское крыло диаспоры старается оттянуть выборы в Антелиасе. В июне 1955 года Антелиас устанавливает день выборов — 14 октября, но тут Эчмиадзин назначает свои выборы на 30 сентября.

В конклаве Эчмиадзина в числе 137 присутствующих — 108 советских граждан, из них 9 священнослужителей. Те епархии, в которых большинство составляют дашнаки (епархии Ливана, Сирии, Ирана, Греции, Кипра), отказываются прислать своих делегатов, как и два патриарших престола, Константинопольский и Иерусалимский. Так же поступает, несмотря на договор от 1941 года, Киликийский католикосат.

30 сентября 1955 года избирают католикоса Вазгена I. Новоизбранный католикос родился в 1908 году в Бухаресте в семье выходцев из Анатолии, бежавших оттуда во время преследований Абдул-Гамида. Он учился сначала в немецком протестантском лицее, потом на филологическом факультете в Бухаресте. Был рукоположен в зрелом возрасте, в 40-е годы, и уже через несколько лет, когда еще изучал богословие, был назначен местоблюстителем Румынской епархии. Католикосом он стал в возрасте 48 лет.

Радио Еревана уделит много внимания Собору и церковной службе, посвященной рукоположению католикоса. Нового католикоса примет премьер-министр Советской Социалистической Республики Армении. В течение долгого времени, вплоть до окончания советской эпохи, Вазген I будет с большим мужеством и мудростью руководить Церковью. В момент его избрания положение Армянской церкви было критическим: в Ереване действовало всего 3 церкви, на остальной территории Армении — 7 церквей и 5 монастырей.

В отношениях с властями католикос Вазген I избрал политику послушания и сотрудничества. Это привело к улучшению отношений между Церковью и государством.

Церковь не находилась в оппозиции к режиму, и частично государство использовало ее авторитет в своих целях, особенно в делах международных; однако она избавилась от прямых преследований и получила более широкие возможности для исполнения своей миссии.

Примером возвращения к относительно нормальной жизни в Церкви служит возобновление освящения мира (используемого в таинстве миропомазания) и рукоположения епископов — функций, которые в Армянской церкви выполняются исключительно католикосом. Обычно обряд освящения мира совершается раз в 7 лет. Во время его подготовки наряду с ароматическими веществами в новое оливковое масло добавляют старое, что символизирует апостольскую преемственность и непрерывность служения Церкви. После освящения мира католикосом Мкртичем Хримяном в 1903 году католикос Геворг V совершил его в 1912 году, а в советский период — только в 1926. После чего обряд был повторен уже Вазгеном в 1955 году, сразу после его избрания, а потом совершался регулярно каждые 7 лет. Меньше чем через неделю после своего избрания Вазген рукоположил около десяти епископов.

Со вступлением на престол католикоса Вазгена начинается, однако, серьезное противостояние между двумя католикосатами. Киликийский престол, как мы уже сказали, был свободен с 1952 года. К тому времени, когда после очередного переноса, наконец, была назначена дата выборов (на 14 февраля 1956 года), в Эчмиадзине уже был избран католикос Вазген. Между тем подготовка конклава в Антелиасе проходила очень напряженно. Одним из наиболее значимых кандидатов был Зарех — епископ большой армянской епархии Алеппо. Высокообразованный и открытый к недавно начавшемуся экуменическому диалогу, он учился у иезуитов в Алеппо, затем в Антелиасе и в Брюссельском католическом университете. Начиная с 40-х годов, он реорганизовал жизнь епархии. Зарех был известен как сторонник абсолютной независимости Киликийского престола. В Сирии с 1954 года, после государственного переворота, у власти находилась коалиция из националистов Баас, социалистов и коммунистов, которая все больше сближалась с Москвой. Просоветски настроенные армяне (члены партий Рамкавар и Гнчак) во избежание возможного избрания Зареха пытаются убедить сирийские власти распустить армянские епархиальный и приходские советы Алеппо, поскольку они были «избраны при старом режиме».

Когда, наконец, в Антелиасе созывается избирательная Ассамблея, католикос Вазген заявляет о своем желании в ней участвовать. На Ассамблее он старается навязать своего кандидата, который бы согласился подчинить Киликийский престол Эчмиадзину или же повлиять на то, чтобы выборы перенесли на более поздний срок. В его вмешательстве многие видят попытку Москвы использовать Киликийский католикосат в политических целях. Католикосом избирают Зареха, но советский посол просит президента Ливана — хотя и безрезультатно — признать выборы недействительными. 5 марта католикос Вазген созывает в Каире Синод, в котором участвует большинство епископов Эчмиадзина, многие из которых только что им рукоположены. Синод требует от новоизбранного Киликийского католикоса подчинения Эчмиадзину или ухода в отставку. Однако усилия эчмиадзинского епископата не приносят желаемых результатов, и в октябре 1956 года происходит интронизация Зареха на Киликийский престол.

Эти события внесли еще больший раздор внутри общин диаспоры. Пресса дашнаков стала говорить о «католикосе-коммунисте», левые газеты писали, что «дашнаки посмели оскорбить Католикоса Всех Армян и тем самым показали, что они хуже турок». В атмосфере холодной войны это противостояние приняло явно политический характер. Так, приверженность верующего престолу Эчмиадзина или Антелиаса отождествлялось с его политической ориентацией — соответственно просоветской (Рамкавар и Гнчак) или буржуазной (Дашнакцутюн).