Таким образом, великие события IV и V веков — крещение Армении, создание алфавита и Аварайрская битва — образуют три прочных фундамента, на которых будет держаться здание христианской веры в Армении. Они символически предопределяют образ грядущего армянского христианства с его богатой литургической жизнью, культурой и героическим свидетельством веры.

В 451 году, именно в тот год, когда противостояние христианской Армении маздеистской Персии достигло критической точки и вылилось в Аварайрскую битву, состоялся Халкидонский собор.

Это был четвертый великий Собор, в котором должны были принять участие представители всего христианского мира; на I Вселенском соборе в Никее (325) и на II Вселенском соборе, состоявшемся в Константинополе (381) были сформулированы догматы о Троице и Божественности Христа. После этого состоялся III Вселенский собор в Эфессе (431), который прошел под председательством св. Кирилла Александрийского и осудил учение Нестория о двух природах (или естествах) и двух ипостасях Христа.

Между тем, в Византийской империи распространялось монофизитство. В противоположность учению Нестория, монофизиты, используя и абсолютизируя некоторые утверждения св. Кирилла Александрийского (которые он, впрочем, сам смягчил), придавали такое большое значение божественной природе Христа, что, по их словам, его человечность терялась в его Божественности, «как капля меда в океане». Поборник этой идеи архимандрит Константинопольский Евтихий пользовался поддержкой патриарха Александрийского Диоскора и оказывал сильное влияние на императора Феодосия II, который в 449 году созвал в Эфесе новый Собор. Этот Собор, прошедший в обстановке насилия, злоупотреблений властью и угроз со стороны императорской стражи, войдет в историю как «Разбойничий» (Latrocinium Ephesinum) и впоследствии будет отвергнут всеми Церквами. На Соборе утверждается монофизитство в качестве официальной доктрины Церкви, а Константинопольский патриарх Флавиан смещается со своей должности.

Поэтому новый Собор, созванный в 451 году в Халкидоне, вблизи Константинополя, проходит в обстановке крайней напряженности. Его инициаторами стали Пульхерия, сестра внезапно скончавшегося императора Феодосия, и его преемник на троне Маркиан.

Халкидонский собор отвергает и монофизитство, и учение Нестория и утверждает доктрину о двух природах Христа, соединенных в одно лицо, то есть в одну ипостась, «неслитно, неизменно, нераздельно, неразлучно»; обе природы Христа сохраняют свои свойства — Иисус Христос есть истинный Бог и истинный человек, «единосущный Отцу по Божеству» и «единосущный нам по человечеству. Подобный нам во всем, кроме греха».

В этом определении некоторые христиане усматривают повторное утверждение учения Нестория, опровергнутого Кириллом Александрийским и осужденного Эфесским собором (431). Таким образом, по окончании Собора его догматические определения неоднократно ставятся под сомнение, пересматриваются и даже отвергаются некоторыми поместными Церквами. В частности, они встречают оппозицию в Египте (у церкви Кирилла Александрийского), а также в Палестине, Каппадокии и Сирии.

Как утверждает русский богослов Александр Шмеман: «Провозглашение Халкидонского догмата, как до него Никейского, надолго опередило настоящее принятие его церковным сознанием. И если Никея, в конце концов, восторжествовала во всей Церкви, Халкидон — в историческом плане — привел, увы, к отделению от нее целых Церквей — отделению, продолжающемуся и до сего дня».

Армянская церковь участвовала в I Никейском соборе и признала два следующих: Константинопольский и Эфесский. В Халкидонском соборе армяне не участвовали, потому что это был год обострившихся отношений с персами, год битвы за веру на Аварайрском поле. Очень вероятно, что Армянскую церковь даже не пригласили на Собор: сам созвавший его император Маркиан незадолго до этого отказал армянскому посольству в просьбе о военной помощи в борьбе против персов.

Как бы то ни было, армянские христиане не сразу отвергают решения этого Собора. Свою позицию Армянская церковь выражает только в VI веке, а окончательным и нормативным неприятие становится в первые десятилетия VIII века.

О Халкидоне Армянская церковь изначально узнала из одного, к тому же неточного, перевода письма папы Льва епископу Константинопольскому Флавиану. Содержание письма, пo-видимому, было интерпретировано в несторианском смысле, то есть из него следовало различие двух природ Христа как их разделение. К 483-484 годам, когда завершается партизанская война с Сасанидами и перед Армянской церковью встает вопрос, принять или нет халкидонские определения веры, наступает период некоторой богословской путаницы.

Действительно, в Византии в 482 году император Зенон (474-491) и патриарх Акакий, стремясь к восстановлению мира в Церкви, обнародовали документ, названный Энотикон, в котором осуждались не только Несторий и Евтихий, но также и положения Халкидонского собора. В течение 35 лет этот документ будет считаться официальной доктриной Константинополя и приведет к временному разрыву с Римом.

В 506 году в Двине, в Восточной Армении, первый национальный Собор, в котором участвуют Церкви Армении, Грузии и Агванка, встает на позицию Зенона: католикос Бабген I повторяет Эфесский Символ веры, решительно предавая анафеме Нестория, Ария, Македония и Евтихия и (менее решительно) Халкидонский собор.

Однако в 518 году новый император Юстин I (518-527) ради примирения Восточной церкви с Римом отвергает Энотикон и принимает Халкидонскую доктрину. Эта мера не имеет никаких последствий для Армянской церкви, которая находится за пределами империи.

Халкидонский собор, состоявшийся немногим более чем через 50 лет после раздела Римской империи и за 25 лет до окончательного падения Рима и образования Византийской империи, сделал Константинополь средоточием императорской и религиозной власти, утвердив главенство новой столицы империи и приуменьшив значение таких древних религиозных патриархатов, как Антиохия и Александрия.

Знаменитое 28-е правило Халкидонского собора гласит: «Престолу древнего Рима отцы, как и подобало, дали преимущества, потому что он был царствующим городом. Следуя тому же побуждению, и 150 боголюбезнейших епископов предоставили такие же преимущества святейшему престолу Нового Рима, справедливо рассудив, чтобы город, получивший честь быть городом царя и сената и имеющий равные преимущества с древним императорским Римом, был бы в соответствии с этим, подобно ему, возвеличен и в церковных делах и стал бы вторым после него».

Окончательное неприятие Халкидона надо рассматривать в контексте общей оппозиции армян политике императора Юстиниана (527-565): действительно, император хочет во всем приравнять Армению остальным римским провинциям. С этой целью он истребляет армянскую аристократию, отменяет феодальный институт нахараров и делит подвластную ему Западную Армению на четыре провинции. Пытаясь собрать всех подданных в единой Церкви, император строит всяческие препоны Армянской церкви.

В результате новый Двинский собор, проходящий как раз в царствование Юстиниана (возможно, это были два собора в Двине — в 551 и 555 годах), гораздо решительнее, чем раньше, отрицает формулировку Халкидона и занимает твердую позицию против Константинополя.

Непризнание Армянской церковью и другими древневосточными Церквами халкидонской формулировки стало еще и результатом взаимного непонимания, связанного с отсутствием единого богословского языка. Для определения общего церковного учения о двух природах Христа, так называемой христологии, требовалась общая богословская терминология, которая в то время еще не была разработана. Однако дальнейшее развитие богословской мысли и установление более тесных отношений между Церквами стали вносить ясность в понимание христологии дохалкидонских Церквей со стороны других христиан.