13 января 1990 года в Баку проходят антиармянские манифестации, во время которых убийц из Сумгаита называют «национальными героями». Толпа скандирует лозунги: «Смерть армянам! Свободу героям Сумгаита!»

Обстановка накаляется. Толпа манифестантов делится на отдельные группы, которые затем врываются в жилища армян и подвергают их разного рода насилию. Вслед за ними приходят правительственные чиновники с готовыми документами, содержащими просьбу о выезде, и предлагают армянам их подписать. Согласившиеся на это могут собрать то, что осталось от их вещей (деньги и ценности украдены), после чего они должны немедленно отправляться в порт. Здесь, перед посадкой на корабли, беглецов еще раз обыскивают, а иногда и избивают.

За одну неделю, с 13 по 19 января, в Баку было убито около 200 армян. Многих (как было и два года назад в Сумгаите) спасли соседи или друзья азербайджанской и русской национальности, спрятав их от бандитов.

Если в Сумгаите, по выражению Горбачева, войска Советской армии опоздали на три часа, то в Баку они вмешались лишь неделю спустя после начала погромов, а затем в городе было объявлено военное положение.

Несмотря на эти события, националистической оппозиции в Армении все больше удается взять власть в свои руки. Тем временем стычки между армянами и азербайджанцами происходят и на границе с Нахичеваном.

В марте Горбачев приказывает властям обеих закавказских республик нормализовать положение. Между тем литовский парламент принял голосованием решение об отделении своей республики от СССР. 14 марта в Москве на Внеочередном съезде народных депутатов Горбачева избирают полномочным президентом страны.

20 мая 1990 года Армянское Национальное Движение побеждает на законодательных выборах, а 4 августа бывший диссидент Левон Тер-Петросян, востоковед и переводчик, избирается на должность главы парламента. В конце мая происходят серьезные столкновения армянских отрядов самообороны с советскими войсками; обстановка на границе между Арменией и Азербайджаном все больше напоминает открытую войну. Новая армянская власть 23 августа 1990 года объявляет о суверенитете Армении, а позднее бойкотирует референдум, назначенный Горбачевым на 17 марта 1991 года за «сохранение обновленного Союза».

Условия, в которых оказывается новое суверенное государство, похожи на те, которые были в Независимой Армении в 1918-1920 годах. После пережитого страшного землетрясения, находясь в состоянии войны с Азербайджаном, страна вынуждена противостоять экономической блокаде со стороны Москвы и перекрытию дорог азербайджанцами, тогда как количество беженцев превосходит уже десятую часть населения. Суверенная Армения не имеет никакой политической поддержки со стороны какого-либо государства. Действительно, если Горбачев как будто смирился со все более очевидным крахом коммунизма во многих странах Восточной Европы, то в отношении советских республик дело обстояло совсем иначе. Вплоть до января 1991 года Советская армия пытается положить конец стремлению Литвы и Латвии к независимости. Запад же, озабоченный желанием оказать поддержку Горбачеву, никак не влияет на то, что считает внутренней политикой Москвы.

И все же, несмотря на столь неблагоприятные для армян обстоятельства, три миллиона жителей армянской республики не уступят десяти миллионам азербайджанцев в теперь уже открытой войне за Карабах.

Многочисленные попытки, предпринятые Горбачевым в 1991 году с целью сохранить Советский Союз или найти новую форму объединения республик, оказываются тщетными. Уже в феврале и марте, после референдумов в Литве, Латвии и Грузии, на которых большинство населения высказывается в пользу отделения, эти республики объявляют свою независимость. В марте в России начинается массовая забастовка шахтеров, которая будет продолжаться два месяца и к которой из солидарности примкнут рабочие многих предприятий. Весь Советский Союз оказывается в тисках экономического кризиса. Перестройка подвергается испытанию, и если она не сумеет преодолеть недовольство и сумятицу этого переломного момента, то опасность возвращения назад к коммунистической диктатуре станет все более реальной.

Весной и в начале лета 1991 года Москва еще раз пытается разрешить армянский вопрос старыми методами: советские войска и азербайджанский ОМОН предпринимают военную операцию по принудительному вывозу жителей нескольких армянских деревень, расположенных на территории Азербайджана, на границе Нагорного Карабаха. Перерезав коммуникации и отключив электрический ток, войска входят в деревни; ОМОН и местное азербайджанское население открыто грабят имущество армян и заставляют их подписывать заявления о «добровольном переселении»; одних армян убивают, других избивают, пытают, многим угрожают.

Те же сцены повторяются на севере Армении, в нескольких деревнях, куда вступают советские войска и азербайджанская милиция. Это происходит 3 мая — в тот самый момент, когда советский президент принимал в Кремле председателей президиума Верховного Совета Армении и Азербайджана. 6 мая Горбачев попытался публично оправдать проведение советскими войсками операций в армянских деревнях на границе с Азербайджаном, ссылаясь на необходимость «обезоружить армянских экстремистов».

Операция по вывозу армянского населения будет продолжаться все лето и остановится только после провала путча в августе 1991 года, когда многие ответственные работники Министерства обороны будут смещены.

Как это ни парадоксально, именно в то время, когда советские войска содействуют азербайджанцам в проведении операций по этнической чистке, 5 июня советский президент Горбачев получает в Осло Нобелевскую премию мира. Он использует эту возможность, чтобы попросить страны Запада о внушительной поддержке России для обеспечения успешного исхода перестройки.

Но через два с половиной месяца перестройка заканчивается попыткой государственного переворота со стороны консервативного крыла правительства: 19 августа вице-президент Г. Янаев, премьер-министр В. Павлов, председатель КГБ В. Крючков и министры внутренних дел и обороны изолируют Горбачева и объявляют чрезвычайное положение во многих районах страны. Государственный переворот терпит поражение благодаря оппозиции граждан, которую возглавил президент России Б. Ельцин.

Последствием неудавшегося государственного переворота становится не только окончание давно уже противоречивой политики перестройки, но и исчезновение самого Советского Союза. Союзные республики одна за другой провозглашают свою независимость.

Армения также объявляет себя независимой республикой после референдума 21 сентября 1991 года; ее независимость немедленно признают Европейское Сообщество, Соединенные Штаты Америки и Турция. 16 октября президентом республики избирается Левон Тер-Петросян.

Тем временем, 2 сентября 1991 года, Верховный Совет Нагорного Карабаха уже провозгласил независимость области, которую 10 декабря подтверждает народный референдум. Однако международные организации до сих пор не признали Карабах как независимое государство.

После распада Советского Союза уже бывшие советские войска перестают поддерживать азербайджанский ОМОН и возвращаются на свои прежние позиции, оставив армян и азербайджанцев один на один друг с другом. Азербайджану не удается противостоять солдатам Карабаха и Армении, и он теряет около пятой части своей территории. Военные операции завершаются 12 мая 1994 года.

В Нагорном Карабахе после окончания войны пришлось восстанавливать с нуля не только жизнь общества, но и Церковь; в 1931 году, до начала великих сталинских чисток, в области насчитывалось 118 церквей и 276 священников. Начиная с 1932 года, с чрезвычайной быстротой разрушались и закрывались храмы, и в результате в Карабахе не осталось ни одной действующей армянской церкви.