В это же время «Особой Организации», которой руководят двое врачей, Назым и Бехаэддин Шакир, поручается освободить Анатолию от нетурецких этнических меньшинств. «Особая Организация» пользуется неограниченной властью, прибегает к помощи полиции и армии, имеет связи с министерством внутренних дел и управляется партийными лидерами.

Для «освобождения» Анатолии Организация учреждает «отряды исламской милиции». Это, в сущности, банды разбойников, набранных в основном из заключенных в тюрьмы преступников, которым за оказание такой услуги обещается амнистия.

Подсчитано, что в 1914 году, до войны и геноцида, во всем мире было около 4 100 000 армян. Из них 2 100 000 жили на территории Османской империи, 1 700 000 — на территории Российской империи, 100 000 — в Персии и 200 000 — в других странах мира. На территории исторической Армении, входившей в Российскую империю, проживало 1 300 000 армян, а в исторической Армении и Киликии, которые подчинялись Турции, —1 400 000 [см. карту № 7]. Как в российской Армении, так и в турецкой жило много людей и других национальностей. Городами же с наибольшей численностью армянского населения были Константинополь и Тифлис; значительными с точки зрения численности населения и его влияния на экономику и культуру были также армянские общины в Баку и Смирне.

Турция вступила в войну союзником Германии 2 ноября 1914 года. В том же ноябре 1914 года русские проникают в турецкую Армению. Армянские подданные Османской и Российской империй действительно служат в армиях своих стран. 60 000 армян Османской империи зачислены в состав турецкой армии. В русской армии несут службу также около 60 000 армян (по мнению некоторых историков, вначале их было 120 000, а позднее к ним присоединилось еще 60 000), которых направляют на австро-венгерский фронт; 5000 добровольцев из российской Армении вербуются в армию для освобождения страны от турок.

Первые результаты войны для османских войск оказываются катастрофическими. Энвер, возглавлявший многочисленную армию, не принял в расчет суровость зимы на армянском высокогорье. Его солдаты, ослабленные сильным холодом и болезнями, в декабре 1914 и январе 1915 годов терпят сокрушительное поражение: 70 000 из них погибают в бою (по другим источникам, 90 000), 12 000 попадают в плен. Потери же русской армии составляют 20 000 человек. Турецкое правительство тут же находит себе оправдание, а также козла отпущения, обвинив в разгроме своей армии армян: оно объявляет, что турецкие армяне строят козни против государства и готовы присоединиться к русским. Таким образом, не будучи способна одолеть внешнего врага, Турция фабрикует себе врага «внутреннего», на которого можно направить недовольство народа, — такова самая банальная и, к сожалению, самая распространенная военная хитрость, применяемая при различных диктатурах в моменты кризиса.

На армян обрушивается ненависть разочарованного и разгневанного мусульманского населения. Правительство играет не только на национальном, но и на религиозном чувстве. В конце ноября объявляется джихад — священная война. По всей Турции совершаются разного рода насилия по отношению к армянам. Однако армяне не только подвергаются неконтролируемым нападениям со стороны населения, но и оказываются объектом истребления по плану, разработанному правительством и тщательно им выполняемому. Действительно, в первые же месяцы года начинается систематическое уничтожение армян, задуманное Талаатом, Энвером и Джемалем.

Уже в январе 1915 года османские правители обезоруживают и расстреливают большое число армян — офицеров и солдат, служивших в их армии. 25 февраля министр Энвер издает постановление о лишении оружия всех солдат армянской национальности, которые теоретически направляются в рабочие отряды, а фактически подвергаются массовым расстрелам.

В марте высылаются армяне из города Зейтун. Таким образом, депортация начинается в районах, весьма отдаленных от фронта и от России, что доказывает ложность оправданий, данных позднее Иттихадом.

Возможно, именно в марте 1915 года руководители партии младотурок, учитывая ход войны и поражения в восточной Анатолии, решают покончить с «внутренним врагом» и открыто дают указания об истреблении и высылке армян. Желая развязать себе руки, 13 марта они ликвидируют парламент под тем предлогом, что некоторые депутаты и члены сената разгласили тайные сведения об Особой Организации. В соответствии же с действовавшей конституцией, в отсутствие парламента законы могли издаваться правительством.

В первых числах апреля в город Ван прибывает новый турецкий губернатор, уже приобретший печальную известность жестокостью, с которой преследовал христиан в Персии. Он сразу же приказывает убить двух армянских депутатов из партии Дашнакцутюн, и при нем совершаются различные зверства по отношению к жителям. Население восстает под предводительством Арама Манукяна и 7 апреля изгоняет турецких руководителей и солдат. После этого город немедленно подвергается осаде курдских войск и обстрелу турецкой артиллерии. Когда из-за недостатка продуктов питания и боеприпасов положение восставших становится критическим, русская армия с большим числом армянских добровольцев из России 16 мая освобождает Ван.

Русские назначают Арама Манукяна губернатором области. Однако Ван сохранит автономию только до лета: в конце июля 1915 года русские уйдут из Вана, забрав с собой от 200 000 до 300 000 армянских беженцев.

Тем временем турки незамедлительно используют восстание в Ване, чтобы оправдать высылку и другие насильственные меры, предпринятые правительством против армян. Уже в апреле 1915 года министр внутренних дел Талаат издает постановление, в котором армяне объявляются «российскими агентами и врагами Османской империи». Это постановление получает одобрение министра войны Энвера и морского министра Джемаля. Так весной начинаются массовые экзекуции и высылки. Вначале многих армян из разных провинций Анатолии арестовывают и вешают на многолюдных площадях, чтобы навести ужас на население.

В ночь субботы 24 апреля (а затем с 24 по 28) в Стамбуле арестовывают многих представителей армянской интеллигенции: более 600 писателей, художников, адвокатов и представителей духовенства. Их обвиняют в том, что они якобы были зачинщиками восстания в Ване. Операция продолжается и в последующие дни, а через месяц число заключенных армян достигает 2345. Среди них поэт Даниэль Варужан, а также депутат парламента и писатель Григор Зограб, который всегда был в хороших отношениях с самим Талаатом. Их отвозят подальше от столицы, к центру Анатолии, и убивают. Армянское население Турции, лишенное интеллигенции, духовных пастырей и политических деятелей, оказывается обезглавленным.

24 апреля войдет в историю армянского народа как черный день: армяне всего мира каждый год вспоминают Мец Егерн — «Великое Злодеяние», причиненное их народу. Они посвящают этот день размышлениям и устраивают манифестации, чтобы напомнить миру о трагедии, которую всегда замалчивали. В этот день Армянская церковь молится о жертвах геноцида.

Так начинается первая фаза геноцида. Сразу же после описанных событий следует депортация армян из восточных провинций, которая повсюду проходит по одному и тому же сценарию: сначала подвергаются аресту именитые граждане, у них под пытками вырывают признания в поступках, которых они не совершали, и в заговорах против государства. Затем отдается приказ о депортации населения; редко этим несчастным дают несколько дней или часов для того, чтобы собрать вещи; взрослых мужчин немедленно расстреливают за городом, а женщин, детей и стариков депортируют.

Хотя дипломатический корпус в Турции находился почти исключительно в Стамбуле и Смирне, где насилие против армян тщательно скрывалось, иностранные коммерсанты и особенно миссионеры в небольшом числе присутствовали повсюду. Благодаря этому страны Антанты узнали о том, что происходит. Даже в Германии — несмотря на то, что государство, союзное с Турцией, всеми силами старалось делать вид, что ни о чем не ведает, и пыталось скрыть преступления Иттихада, — солдаты и миссионеры начали распространять слухи о происходивших событиях. В результате 24 мая страны Антанты потребовали, чтобы Турция прекратила убийства армян.