Армянская церковь внешне оставалась в стороне от борьбы за воссоединение Карабаха с Арменией и за независимость республики. Члены Армянского Национального Движения тем не менее поддерживали связь с католикосом Вазгеном, который после референдума и победы на выборах Левона Тер-Петросяна благословил новое правительство. Вся Армянская церковь разделила радость обретения независимости; несомненно, именно это хотел подчеркнуть католикос во время церемонии освящения мира, организованной в Эчмиадзине через неделю после объявления результатов референдума 29 сентября 1991 года. По этому случаю Церковь выразила радость от имени всей нации, включая диаспору; на это указывало и присутствие рядом с католикосом Вазгеном католикоса Киликийского Гарегина II и армянских патриархов Иерусалимского и Константинопольского.

Уже в последние годы существования Советского Союза условия жизни Церкви радикально изменились. Государство больше не налагает на нее никаких ограничений, но Церковь сталкивается с новыми проблемами: бедностью населения, ненадежностью положения в связи с войной, с задачей восстановления страны после землетрясения. В это время отношения между двумя католикосатами становятся несравненно лучше, чем в прошлом, и католикос Гарегин II не упускает ни одного случая, чтобы засвидетельствовать свою солидарность с Католикосом Всех Армян.

18 августа 1994 года, в возрасте 86 лет, умирает католикос Вазген. В апреле 1995 года созывается Церковный Национальный Собор — впервые в свободной и независимой Армении. Именно тогда исполняется ровно 80 лет со времени геноцида армян в апреле 1915 года. 4 апреля Католикосом Всех Армян избирается Католикос Киликийский Гарегин II. 9 апреля, в Вербное воскресенье, он восходит на престол Эчмиадзина под именем Гарегина I.

В тот же день в проповеди по случаю своей интронизации новый католикос подчеркивает уникальность исторического момента для армян: в их жизни открылась новая страница. Армения освободилась от тоталитарной власти последних семидесяти лет, стала независимой республикой, и впервые за несколько веков глава этого свободного государства принимает участие в церемонии возведения на престол католикоса. Так же, в перспективе предстоящего юбилея — 1700-летия крещения Армении, — должна открыться новая страница и в жизни Армянской церкви. Теперь она призвана к более активному свидетельству о Христе, к духовному обновлению, которое возможно только в единстве: «Споры и столкновения следует оставить в прошлом. Открывается новая глава единства, и наш общий долг — воодушевлять всех на согласие, чтобы единство Армянской церкви сияло, подобно ослепительному свету солнца».

Такой призыв к единству со стороны нового католикоса, который родился и жил в диаспоре, был воспитан в семинарии Антелиаса и в течение 18 лет был католикосом Киликийским, имел чрезвычайно важное значение. В период конфликта между двумя католикосатами молодой священник Гарегин защищал автономию престола Антелиаса; впоследствии, однако, будучи католикосом Киликийским, он стремился к сближению с главным престолом Армянской церкви. В 1988 году оба католикоса подписали документ, в котором признали законность и независимость их престолов друг от друга, а также «первенство чести» Эчмиадзина. Став Католикосом Всех Армян, Гарегин I поистине самой своей личностью символизировал единство Армянской церкви и всего армянского народа.

После его избрания на Эчмиадзинский престол кафедру католикоса Великого Дома Киликии занимает армянский архиепископ Ливана Арам Кешишян, его ученик и сподвижник, очень известный в международных экуменических кругах.

Во время своего короткого патриаршества Гарегин I успевает совершить многое. Большое внимание он уделяет подготовке священников, обновляя семинарию в Эчмиадзине, в которой сам преподает. Он основывает центр христианского образования для мирян (детей, молодежи и взрослых), организовывает курсы для преподавателей катехизиса, расширяет типографию и способствует более активной деятельности издательства — при нем число печатных публикаций каталикосата резко возрастает. Католикос посещает многие епархии Армении и диаспоры и учреждает новые — на территории бывшего Советского Союза и за рубежом. Он лично проповедует, используя для этого все возможные средства: пишет, выступает по государственному телевидению и радио. Таким образом, Армянская церковь, которая многие годы была вынуждена молчать и почти бездействовать, вновь обретает в лице католикоса свое место главного действующего лица и наставника нации.

Гарегин I всегда активно вел диалог с другими конфессиями за единство христиан; он и в Эчмиадзине прилагает много усилий для того, чтобы Армянская церковь активно участвовала в работе экуменических организаций, а также лично посещает глав различных Церквей. Он два раза приезжает в Рим, чтобы встретиться с папой Иоанном Павлом II. 13 декабря 1996 года он вместе с римским первосвященником подписывает декларацию по христологии. С богословской точки зрения такая декларация не несет в себе ничего нового, поскольку Армянская церковь в ходе своей истории бесчисленное множество раз повторяла, что она исповедует ту же веру, что и остальные Церкви — хотя и в иной догматической формулировке, — веру во Христа как истинного Человека и истинного Бога. И все же, с точки зрения исторической, эта совместная декларация имеет первостепенное значение, поскольку она кладет конец недоразумению, продолжавшемуся 15 веков.

В момент его избрания думалось, что Гарегин I будет тем католикосом, который введет Армянскую церковь в новый век и, главное, будет ее возглавлять в 2001 году, во время празднования великого юбилея — 1700-летия крещения Армении. Но 29 июня 1999 года после тяжелой болезни он умирает.

Тем временем уже изменился и глава государства. Перед независимой Арменией с самого начала встают серьезные экономические проблемы. Продолжается кризис в отношениях с Азербайджаном, последовавший за объявлением независимости Карабаха, что приводит к экономической блокаде страны. Помимо человеческих жертв и материальных расходов, последствием войны с Азербайджаном стало огромное количество беженцев: в ходе всего армяно-азербайджанского конфликта 160 000 азербайджанцев покинули Армению и 500 000 армян уехали из Азербайджана и находятся сейчас в Армении.

В феврале 1998 года Левон Тер-Петросян уходит в отставку. 30 марта на его место избирается Роберт Кочарян. Он в ноябре 1996 года был избран президентом Нагорно-Карабахской Республики и выступал против плана урегулирования конфликта между двумя республиками, предложенного Организацией за Безопасность и Сотрудничество в Европе (ОБСЕ). С марта 1997 года он был премьер-министром Республики Армения.

27 октября 1999 года Церковный Национальный Собор избирает католикосом архиепископа Араратского (Ереванского) Гарегина Нерсисяна. В то время как избирательная Ассамблея завершает подсчет голосов в стенах собора святого Григория Просветителя в Эчмиадзине, в Ереване несколько вооруженных людей врываются в здание парламента и убивают премьер-министра Вазгена Саркисяна, председателя Национального Собрания Армении (то есть спикера парламента) Карена Демирчяна, двух его заместителей, министра по оперативным вопросам и двух депутатов. Требования террористов выступить по местному телевидению выполняются. Один из них говорит, что Они были вынуждены пойти на такую акцию в знак протеста в связи «с тяжелой ситуацией в стране, голодом, разрухой и отсутствием каких-либо надежд на изменения». Многие характеризовали террористов как людей неуравновешенных. Однако истинные причины их действий до сих пор остаются невыясненными.

Из всех католикосов, занимавших престол святого Григория после установления советской власти в Армении, Гарегин II оказался первым, кто родился на территории исторической Армении, а также родился и жил в Советском Союзе. В этом смысле он, несомненно, ближе всех своих предшественников к гражданам нынешней Армянской республики. Он с большой энергией продолжает начатую Вазгеном I и Гарегином I нормализацию жизни Армянской церкви в новых условиях, после распада СССР.