К сожалению, в Католической церкви позиция Мхитара, предтечи экуменизма, не возобладала, и Рим все же предпочел учредить свою армянскую иерархию, отдельную от уже существовавшей в национальной Церкви.

В середине XVIII века армянский епископ Алеппо Авраам Арцивян (1679-1749) переходит в Католическую церковь; его судят и ссылают на остров у берегов Сирии. В 1740 году армянские католики Алеппо избирают его на вакантную кафедру Сиса. После этого он отправляется в Рим, и в 1742 году принимает из рук папы Бенедикта ХIV епископскую мантию (pallium). Вместе с мантией он обретает новое имя — Авраам Петр I (Абрам Петрос I), становится патриархом киликийских армян-католиков и водворяется в Ливане. Вслед за ним все католические армянские патриархи будут добавлять к своему имени имя Петра.

В 1830 году армянские католики, проживавшие в Османской империи, объединяются в миллет с правом иметь архиепископа в Константинополе. Последний в 1846 году получит и гражданские полномочия. В 1867 году папа Пий IX объединит две армяно-католические кафедры (патриаршую в Ливане и архиепископскую в Константинополе), назначив монсеньора Хасуна патриархом армянских католиков с местопребыванием в Стамбуле. Его пребывание на патриаршей кафедре будет отмечено усилением напряженности в отношениях между Армяно-Католической и Апостольской церквами.

Массовое истребление армян в Турции во время первой мировой войны затронуло и католиков. В результате этих событий в 1928 году армянский католический синод в Риме решил перенести патриарший престол в Ливан, а в Стамбуле оставить архиепископат.

В настоящее время самые многочисленные армяно-католические общины находятся в ливанском Бейруте и в сирийском городе Алеппо. В Ливане, в Бзоммаре, с 1771 года существует семинария, готовящая католических священнослужителей армянского обряда и обладающая богатой библиотекой. Она включает, в частности, книжное собрание армянского католического монашеского ордена Антониан (название объясняется тем, что братья руководствовались уставом св. Антония), который возник в первой половине XVIII века и прекратил свое существование в XIX веке. Существует женская конгрегация армяно-католических монахинь Непорочного Зачатия.

Мужская конгрегация армяно-католических братьев просуществовала в Италии с 1307 по 1650 год; эти монахи, первоначально подвизавшиеся в киликийском монастыре, который жил по уставу св. Василия, в 1307 году основывают в Генуе монастырь св. Варфоломея, а затем принимают устав св. Августина. Поэтому известны они под тремя именами — василиане, варфоломиты и августиниане. Они распространятся по всему полуострову (именно по этой причине в Италии так много армянских храмов), но, утратив связь с отечеством, станут принимать послушников-итальянцев. В результате орден, уже значительно итальянизированный, в 1650 году исчезает. Через полвека армянские монахи вернутся в Италию, но теперь это будут мхитаристы.

Наконец, немало иезуитов армянского и иного происхождения подвизалось среди армян в Киликии, особенно активно занимаясь арменоведением.

Что касается католиков армянского обряда, проживавших в Великой Армении и на остальной территории Российской империи, во второй половине XIX века их высшим духовным руководителем на 40 лет стал епископ, местом пребывания которого был Артвин. Перед революцией они сосредоточились на севере страны. При социализме Армяно-Католическая церковь была объявлена вне закона и почти целиком уничтожена; с тех пор многие армяно-католики Грузии и России посещали церкви латинского обряда. С 1991 года армяно-католический епископ пребывает в Гюмри.

Отношения между армяно-католиками и народом в целом неодинаковы в исторической Армении и в диаспоре. Большие заслуги мхитаристов, которые служили и служат всему армянскому народу на ниве культуры и духовности, без какой бы то ни было дискриминации по вероисповедному признаку, сегодня общепризнаны. Армяне часто называют единокровных католиков «франками» — так со времен крестовых походов называли на Ближнем Востоке всех выходцев с Запада. В Армении отношения между католиками и апостольскими армянами порой складываются непросто; в диаспоре и особенно на Ближнем Востоке две общины достаточно перемешаны, главным образом, — из-за многочисленных смешанных браков.

Сегодня в результате развития экуменического диалога между католиками и православными феномен униатства требует нового осмысления. Хорошо объяснил суть этой проблемы Католикос Всех Армян Гарегин I, один из виднейших деятелей экуменизма нашего времени.

«В отношениях между католиками и православными есть одна серьезная проблема, унаследованная из прошлого и остающаяся все еще очень острой, — проблема католических миссий на христианском Востоке, в результате которых появились католические Церкви восточного обряда. Отсюда возник психологический барьер, который православному человеку трудно преодолеть. Когда эти Церкви образовались, экклезиология и направление богословской мысли как в Риме, так и везде, были отличны от сегодняшних; к тому же, люди плохо знали друг друга, что создавало массу недоразумений.

Сегодня, с развитием экуменизма и благодаря большему взаимному общению, мы пришли к новому видению единства, которое не предполагает униатства. Католическая Церковь должна быть бдительна, чтобы не вернуться к старому методу превращения православных в католиков во имя единства Церкви. Отказ от прозелитизма создаст условия для проявления любви и взаимоуважения в мире, в котором вопрос стоит не об определенных формах веры, но о самой вере...».

После заката эпохи Багратуни в Армении всегда оставались земли, обладавшие автономией. То же самое происходило в Киликии — после падения царства и сдачи Сиса мамелюкам княжество Зейтун и некоторые другие княжества сохранили автономный статус.

В исконной Армении этими княжествами еще во времена разбойничьих набегов туркменских племен правили местные повелители, называвшиеся медиками. Эту структуру сохранили и сефевиды. Власть меликов была наследной, но преемство от отца к сыну должно было утверждаться персидским шахом или его представителем. Они собирали налоги от имени шаха, удерживая часть для себя, и располагали охраной, которая в случае войны могла увеличиться до масштабов небольшого войска. Особенно сильными были княжества, находившиеся в горном краю, в древних областях Утик, Арцах и Сюник. Северовосточная часть этой территории в XIII веке получила татарское название Кара-бах (в переводе — «черный сад», по причине плодородности почвы), а ее юго-восточная часть с XVII века известна под именем Кафан.

Пяти небольшим княжествам, расположенным в Карабахе, предстояло в XVIII веке сыграть важнейшую политическую роль. Дело в том, что по своему географическому положению Карабах находился на пути все усиливающихся врагов Персидской империи — русских.

На протяжении всей армянской истории жители Карабаха отличались упорством, привязанностью к своей земле и сильным чувством свободы и независимости от любых чужеземных поработителей. Этим воинственным людям, благодаря, в частности, горному рельефу родных мест, действительно удавалось оставаться свободными даже в те времена, когда вся остальная территория страны находилась под игом различных тюркских народов.

Помимо сильного стремления к автономии, на положение Карабаха наложило отпечаток то, что их католикосат (кавказской Албании), возникший в лоне Армянской церкви, был, вместе с тем, совершенно независим от Эчмиадзинской кафедры.

После нескольких безуспешных попыток подчинить этих гордых и самолюбивых горцев сефевиды быстро поняли, что гораздо лучше из соображений взаимной выгоды прийти с местными правителями к соглашению. Так и получилось, что вплоть до XVIII века эта область, формально являясь частью Персидской империи, на деле пользовалась значительной автономией.