Ахтамарский католикосат на озере Ван возник, как мы видели, в XII веке на свободной территории Васпуракан; он сыграл очень важную роль в реорганизации Эчмиадзинской кафедры в XV веке. Признаваемый обоими католикосами, Сисским и Эчмиадзинским, он просуществует до XIX века, окормляя армян, проживавших в Васпуракане. Между 1895 и 1915 годами у него останется лишь местоблюститель, а затем этот католикосат исчезнет в водовороте геноцида.

Католикосат Агванка (или, по-другому, кавказской Албании) существовал с давних пор. Кавказские албанцы (или агванцы, по-армянски — агванк) проживали на территории, частично совпадающей с современным Азербайджаном. Еще в IV веке армянские миссионеры принесли им Благую Весть, а в V столетии, по преданию, они получили от Месропа Маштоца собственный алфавит. После раздела Армении в 387 году между Византией и Сасанидской Персией, последней, согласно договоренностям, досталась восточная часть страны. В середине V века персы объединили кавказскую Албанию и армянские области Утик и Арцах под началом общего марзпана и избрали столицей этой новой территории утикский город Партав. В результате епископ Партавский постепенно начал считаться первым среди епископов этой области, а с VII века он обрел статус католикоса, независимого от Эчмиадзина.

Вслед за падением их царства в X веке кавказские албанцы исчезли, смешавшись с соседними народами, прежде всего — с населением Арцаха. Тем не менее, католикосат с центром в Гандзасаре продолжал существовать, окормляя практически всю территорию нынешнего Карабаха. Он, как мы увидим, в значительной степени определит борьбу за освобождение Армении в XVIII веке. После завоевания Армении Россией, в 1813 году католикосат кавказской Албании будет понижен в статусе до митрополии, а затем разделен на две епархии, подчиняющиеся Эчмиадзину.

Патриарший престол в Константинополе, учрежденный, как мы говорили, в XV веке в связи с увеличением армянской колонии в городе, на протяжении XVI века приобретает важное значение; Армянского Константинопольского патриарха будут фактически считать главой армянской общины всей Османской империи, и вплоть до первой мировой войны ему будут административно подчиняться Ахтамарский и Киликийский католикосаты. Наконец, армянская кафедра в Иерусалиме существовала как поместная Церковь с IV-V веков для окормления армянских паломников к святым местам и, согласно постановлению II Вселенского собора в Константинополе (381), будучи кафедрой святого города, носила название патриархата. В 1311 году Армянский Иерусалимский патриарх Саркис, не желая принимать решений Сисского собора 1307 года, касающихся унии с Римом, получил от египетского султана разрешение быть независимым от Сисского католикосата.

Сегодня Агванкский и Ахтамарский католикосаты более не существуют; две патриаршие кафедры, Иерусалимская и Константинопольская, связаны с Эчмиадзинским католикосатом, за которым вся Армянская церковь признает первенство. Сисский католикосат, называемый и сегодня католикосатом Великого Дома Киликии, ни в чем догматически или дисциплинарно не отличаясь от остальной Церкви, тем не менее сохраняет полную независимость от Эчмиадзинской кафедры. Два престола признали друг друга в 1652 году на Соборе, созванном в Иерусалиме.

Эта сложная церковная структура сложилась, как мы видим, из-за трудных обстоятельств, которых было так много в истории народа. Армянской церкви удавалось в разное время приводить свое устроение в соответствие с истинными потребностями конкретных исторических эпох.

Между различными престолами — католикосатами и патриархатами — естественно, существовали разногласия и конфликты, особенно из-за вопроса о принадлежности конкретных общин к юрисдикции того или иного престола; но этим мы займемся далее, в ходе нашего исторического повествования. В любом случае, Армянская церковь всегда находила пути для преодоления сиюминутных конфликтов. Различные кафедры сумели избежать окончательного разрыва между собой и не нарушили своего единства. Подобно тому, как армяне, рассеянные по всему миру, не потеряли чувство национального единства, так же осталась единой и их Церковь. Это единство в сочетании с многообразием и сохранением административной самостоятельности различных престолов и составило ее силу.

В трудную пору, когда Армения жила под тяжким гнетом сефевидского и османского ига, Церковь стала единственным полюсом, вокруг которого мог объединиться весь армянский народ. Именно Церковь будет представлять интересы народа перед персидскими шахами и османскими султанами. Видные католикосы, богословы и духовные лица будут искать помощи у различных христианских правителей.

Католикос Стефан V (1545-1567), предварительно втайне созвав в Эчмиадзине собрание представителей духовенства и мирян, отправится в Венецию и Рим, чтобы попросить Папу выступить в поддержку армян; его преемник Микаэл I Себастаци (1567-1576) с той же целью направит в Европу специальную миссию.

На протяжении всего XVII века усиливается нравственный и культурный авторитет Эчмиадзинской кафедры, в частности, благодаря трудам трех великих католикосов: Мовсеса III (1629-1632), Пилиппоса I (1633-1655) и Акопа IV (1655-1680). Они реорганизуют монашескую жизнь, реставрируют храмы и монастыри и придают новый импульс культурной жизни, создав, среди прочего, типографию. Кроме того, они принимают активное участие в политической жизни своего времени.

У истоков движения за освобождение армян мы находим католикоса Акопа (то есть Иакова) IV из Джульфы. Вначале он пишет русскому царю Алексею Михайловичу с просьбой выступить в поддержку армян. Затем в 1677 году он собирает в Эчмиадзине тайный совет из шести мирян и шести духовных лиц, чтобы обсудить с ними политическую ситуацию в Армении. Совет постановляет обратиться за поддержкой к христианским государствам Запада. Акоп IV лично возглавляет миссию, которая отправляется в европейские дворы, чтобы попросить у них военной помощи; однако в 1680 году, будучи в Константинополе, он умирает.

И в XVIII веке Церковь будет играть чрезвычайно важную роль в развитии освободительного движения; попытки армян поднять против турок восстание вдохновляются различными церковными деятелями.

Все эти просьбы о помощи, с которыми армянские прелаты обращались к западным государям, к сожалению, не имели почти никакого отклика. Впрочем, некоторые европейские правители выступят в поддержку Армении, но только на дипломатическом уровне. Так, король-солнце Людовик XIV Французский напишет письмо персидскому шаху Аббасу, обращая его внимание на тяжелое положение армян.

Катастрофическое состояние армянской экономики в той части страны, которая была занята персами, и в той, которая вошла в Османскую империю, вызвало, как мы видели, усиление миграционного движения внутри двух империй и за их пределами — в направлении теперь уже стародавних армянских поселений.

После того как в 1639 году был заключен мир между сефевидами и османами, в обеих империях начался период, благоприятный для экономического роста и развития торговли. Маршруты караванов, доставлявших в Константинополь (а оттуда в Европу) товары с Дальнего Востока, традиционно проходили через Армению. С окончанием войн и набегов кочевников дороги стали более безопасными, что сразу привело к оживлению торговли.

Усиление новых органов управления в Османской империи, и соответственно в Константинополе, способствовало тому, что население столицы стало стремительно богатеть. Так, многие армяне — подданные империи, покинувшие свои родные места и поселившиеся в Константинополе, мало-помалу встали на ноги, заявляя о себе прежде всего как купцы, но также как представители других профессий (врачи, зодчие). Кроме самой многочисленной армянской общины Константинополя, важную роль в торговле играли общины Алеппо, Смирны (Измира), Ангоры (Анкары).