Уже в апреле месяце Горбачев принимает в Кремле патриарха Пимена и объявляет ему о возвращении нескольких церквей и монастырей, а также о предстоящем утверждении нового закона о свободе вероисповедания.

То обстоятельство, что государство снова идет навстречу Русской церкви, отражается и на положении других Церквей в СССР, включая армянскую, которой действительно делаются некоторые уступки со стороны местных чиновников.

Празднование тысячелетия крещения Руси проходит в Загорске с 6 по 11 июля. Организованы также торжественная церемония и прием в Кремле для иностранных гостей и представителей иерархии Русской церкви. Случилось так, что впервые за несколько веков все самые крупные иерархи Армянской церкви — Католикос Всех Армян Вазген I, Католикос Киликийский Гарегин II, патриарх Иерусалимский Егише Тертерян и патриарх Константинопольский Шнорк Галустян — собрались вместе в России в праздничной атмосфере открытости и доброжелательства.

Еще в 1984 году в отношениях между Эчмиадзином и Антелиасом возникла напряженность по причине открытия новых киликийских епархий для армян, эмигрировавших из Ливана, на территориях, по традиции подчиненных юрисдикции Эчмиадзина. Теперь же встреча четырех иерархов проходит в очень сердечной обстановке; католикос Вазген приглашает своих собратьев в Армению — и это не просто жест гостеприимства, но, прежде всего, желание свидетельствовать о единстве Церкви в столь критический для народа момент. В октябре он повторяет свое приглашение католикосу Гарегину, и визит намечается на начало 1989 года. Тем временем назначаются две комиссии со стороны обоих престолов, которые изыскивают возможности уладить разногласия между католикосатами.

7 ноября, в день годовщины большевистской революции, официальные торжества в Армении, организованные правительством, проходят абсолютно незамеченными; более того, праздничный день используется в Армении для демонстрации протеста в адрес Москвы. Несмотря на мирный характер демонстрации, напряженность возрастает; Ереван, в который введены советские танки, пребывает в состоянии тревоги; 23 ноября на улицах Баку полмиллиона азербайджанцев устраивает демонстрацию протеста против удовлетворения требований армян. В тот же день в Кировабаде (нынешней Гяндже) происходит второй погром и повторяются ужасы Сумгаита.

В разгар этих трагических событий, 7 декабря 1988 года, огромной силы землетрясение сокрушает север Армении. Полностью разрушен город Спитак, пострадала большая часть Ленинакана и Кировакана. Количество жертв, согласно сводкам советского государства, колеблется от 30 000 до 60 000; больше полумиллиона человек остались без крова.

Диаспора немедленно приходит в движение: со всего мира в Армению прибывает самая разнообразная помощь, многие армяне устремляются на землю своих отцов, чтобы разгребать развалины и восстанавливать разрушенные города. Щедрую помощь посылают и гуманитарные организации многих стран: два года перестройки снискали Советскому Союзу симпатию мирового общественного мнения, и поэтому большую солидарность проявляют даже учреждения и лица, не имеющие никакого отношения к Армении.

Церковь играет исключительно важную роль как в сборе, так и в распределении помощи пострадавшим от землетрясения. Армянские общины за рубежом, включая и епархии, принадлежащие к Киликийскому католикосату, собирают и переправляют в Армению огромное количество одежды и медикаментов; эта помощь большей частью будет распределена Эчмиадзином. Католикос Киликийский Гарегин II лично спешит в Армению, как и многие другие епископы диаспоры.

Пока добровольцы разгребают развалины в отчаянной надежде найти еще живых, а танки Советской армии по-прежнему стоят на улицах Еревана, сотни армян в панике прибывают на территорию потрясенной несчастьем республики: это люди, спасшиеся от погромов, учиненных двумя неделями ранее в Кировабаде, а также армяне из других городов и деревень Азербайджана — они предпочитают участь беженцев страху, ставшему для них постоянным. Посреди суровой зимы армянского высокогорья они увеличивают и без того огромное число бездомных. В эти первые декабрьские дни положение Армении поистине критическое.

Однако ему суждено стать еще более печальным. По приказу из Москвы коммунистические власти Еревана под предлогом землетрясения устанавливают в столице комендантский час, чтобы таким образом избежать демонстраций; КГБ также цинично пользуется всеобщим смятением и 10 декабря, то есть через три дня после стихийного бедствия, арестовывает почти всех членов Комитета Карабах, которых немедленно увозят в Москву и заключают в тюрьму.

Но землетрясение в Спитаке привлекает к Армении внимание средств массовой информации и мирового сообщества, и различные партии диаспоры объединяются в поддержку поборников карабахского вопроса. Горбачев понимает, что в глазах Запада события в Армении могут поставить под сомнение серьезность перестройки. Так 12 января 1989 года руководство Карабахом ставится под непосредственный контроль Москвы.

Однако перестройка входит в свою критическую фазу: в 1989 году в подавляющем большинстве союзных республик возникают межнациональные конфликты и звучат настойчивые требования независимости. Горбачеву приходится одновременно иметь дело с оппозицией старой партийной гвардии, недовольством либеральной интеллигенции и все более сильной конкуренцией со стороны Бориса Ельцина. Поэтому принимаемые им решения часто противоречивы и диктуются сиюминутной политической обстановкой. Этим объясняются и некоторые трагические события: например, действия Советской армии против мирных манифестантов, произошедшие 9 апреля в Тбилиси, во время которых было убито 20 человек и много ранено.

Переменчивость горбачевских решений имеет и положительные последствия: 31 мая членов Комитета Карабах освобождают из московской тюрьмы и они возвращаются в Армению; на родине они узаконивают Комитет, который в июне перерастет в Армянское Национальное Движение.

28 ноября Москва упраздняет непосредственное руководство Карабахом. Напряженность отношений между Арменией и Азербайджаном достигает апогея. В то самое время, когда начинают сносить Берлинскую стену, символ холодной войны и разделения Европы, две закавказские республики вступают в прямой конфликт. В тот же день Баку вводит в Карабахе азербайджанский военный режим, доверив советским войскам поддержание порядка. Через два дня Верховный Совет Армении утверждает акт о присоединении Карабаха к Армении и объявляет о создании объединенной Армянской Республики.

Ответная реакция азербайджанцев на упорство Карабаха в вопросе об отделении выливается в ненависть ко всем армянам. Гуманитарная помощь жертвам землетрясения в Армении, проходящая через порт Баку и следующая по азербайджанской железной дороге, часто уничтожается, и поезда прибывают в Армению с плакатами, на которых написано: «Смерть армянам!»

Но самая трагическая участь постигнет членов многочисленной армянской общины Азербайджана. В середине января в Баку устраивается новый антиармянский погром.

В Баку в этот период проживало от 40 000 до 60 000 армян; одно время армянское население было намного больше, но оно сильно уменьшилось после войны в результате проводимой местными властями политики дискриминации. До 50-х годов в этом поистине многонациональном городе армяне, наряду с русскими и евреями, занимали почти все руководящие должности. Но в 50-е и 60-е годы в Баку переселилось большое число азербайджанцев, которые постепенно заняли все ключевые позиции, что повлекло за собой отъезд многих армян.

За три недели до начала этой новой резни, 20 декабря 1989 года, армянское представительство в Москве просило народных депутатов СССР объявить чрезвычайное положение в Баку по причине насилия, которому уже несколько дней подвергались национальные меньшинства города: не только армяне, но и русские, евреи и украинцы. Москва, однако, никак не отреагировала на эту просьбу.