Впервые турки-сельджуки появились на армянских территориях в 1048 году, разграбив несколько провинций страны. В следующем году сельджуки возвращаются уже в несравненно большем количестве, опустошая и сравнивая с землей многочисленные города и деревни и вырезая их жителей. В 1054 году они приходят вновь, ведомые султаном Тугрил-беком (1037-1063), который захватил Персию и Ирак. Они грабят и разрушают почти всю страну, кроме городов Манцикерт (или Маназкерт, нынешний Малацгирт) и Карс, которые оказывают им героическое сопротивление, выдержав более месяца вражескую осаду.

Но народ находится в подавленном состоянии. Перед лицом насилия и часто повторяющихся набегов сотни людей, землевладельцев и крестьян бегут из страны, покидая равнины и города в поисках убежища в горах.

В 1064 году султан Алп-Арслан предпринимает новый поход, захватив и разграбив весь север страны с городами Ани и Карс, Араратскую долину, Агванк и часть Грузии. Наконец, в 1071 году в кровопролитнейшей битве при Манцикерте сельджуки разбивают большое византийское войско Романа Диогена, принуждая Константинополь уступить им также южную Армению. Сами же армяне, разделенные на враждующие княжества и истощенные войной с греками, больше не в силах оказывать сопротивление захватчикам, и в конце века вся страна оказывается под турецким игом.

С того момента, как сельджуки появляются на армянском высокогорье, с середины XI века в течение более чем девяти веков армянская история будет переплетаться с историей турок; различные племена и народности, господствовавшие над армянами, имеют турецкие корни: это сельджуки, татары, мамелюки, войска Тамерлана, различные туркменские орды, османы, современные турки...

При турках-сельджуках резко усиливается процесс демографического обескровливания Армении, а также исход (начавшийся уже в IX веке при арабах) многих армян в Крым, Польшу, Молдавию, Трансильванию, Венгрию, на Кипр, в Египет и в различные средиземноморские порты. Несмотря на период относительного благополучия при халифе Мелик-шахе I (1072-1092), который с симпатией относился к христианам и, в частности, к армянам, в конце XI века древняя Армения приходит в полный упадок: города разрушены, разграблены и оставлены жителями, торговля прервана. Все большее число армянских феодалов отдают Византии свои владения и в обмен на это получают земли в далекой Киликии. Именно здесь получит продолжение культурная и религиозная жизнь армян, которые откроются навстречу плодотворным контактам с Западом.

Несколько очагов сопротивления тем не менее остаются свободными от сельджукского владычества: Арцах и остров Ахтамар в Васпуракане, где в 1113 году потомки рода Арцруни учредят католикосат, который просуществует вплоть до конца XIX века.

В первой половине XI века, то есть в период наибольшего расцвета феодальной Армении, закончившегося кровавыми сельджукскими набегами, протекает жизнь первого светского писателя Армении и одного из величайших интеллектуалов средневековья, Григора Магистроса (990-1058). Он происходил из знатного рода Пахлавуни, получил образование при византийском дворе, был глубоким знатоком греческой культуры, а также арабского и сирийского языков. На протяжении более чем столетия (XII век) все армянские католикосы будут родом из семьи Пахлавуни и потомками Магистроса, выделяясь своей образованностью, открытостью и способностью к диалогу, особенно — с Константинопольской и Римской церквами.

В 1065 году, то есть сразу же после взятия сельджуками Ани (1064), столицы и резиденции католикоса, сын Магистроса, столь же образованный, как и отец, становится католикосом под именем Григора II Мартирофила († 1105). Византия соглашается с его избранием лишь потому, что семья Пахлавуни известна своим дружеским отношением к грекам. Его управление Церковью, которое приходится на трудный период византийской и сельджукской оккупации, весьма значимо: даже не имея постоянного местопребывания в качестве католикоса, он сумел организовать жизнь Армянской церкви в тех поселениях, где находились национальные общины. Известно, что Григор Мартирофил обменялся несколькими письмами с папой Григорием VII. Через несколько лет после избрания Григор отказывается от своей высокой должности, чтобы посвятить себя собиранию и переводу житий святых и мучеников, поэтому его стали называть «Мартирофил».

Преемник Григора II, Барсех I († 1113), вместе с другими ближайшими учениками Григора Мартирофила занимается воспитанием двух своих родственников, которые впоследствии сменят его на престоле католикоса, — это Григор III Пахлавуни († 1166) и его брат Нерсес Шнорали († 1173 ). Воспитываются они в Кесунском Красном монастыре, рядом с Аманскими горами, в краю, где мирно соседствуют монастыри разных Церквей.

Как мы видели, с падением царства Багратуни византийский экспансионизм способствовал переселению многих армян в Каппадокию, Сирию и Киликию. Тяжкое иго турок-сельджуков усугубляло этот исход. По мере того как сельджуки продвигались на запад от Евфрата, опустошая по пути такие города как Кесария, Мелитен и Себастия с многочисленным армянским населением, все большее число армян перебиралось из Каппадокии в более безопасную Киликию. Этот вытянутый рукав средиземноморского побережья, укрывшийся за надежным плечом горной гряды Тавра и Антитавра на севере и Аманских гор на востоке, в течение длительного времени будет наслаждаться покоем — в то время как сама Армения и Каппадокия подвергнутся неслыханному насилию со стороны турок. Когда после победы при Манцикерте в 1071 году турки отбросили византийцев на запад, армяне, проживавшие в этих местах, самостоятельно строили собственную оборону.

Эти события, а также начало крестовых походов в конце XI века, появление на Ближнем Востоке латинской Церкви, возникновение на сопредельных территориях франкских государств определили собой весьма необычные обстоятельства, в которых рождалось и крепло Киликийское армянское государство.

Именуемая «Малой Арменией» или «Новой Арменией» и действительно гористостью своей территории напоминающая исконную Армению, Киликия обладала одной географической особенностью, которая делала ее совсем не похожей на историческую родину, — ее омывало море. А где море, там и торговля, и обмены, и открытость внешнему миру.

Армяне появились в Киликии очень давно, но основная их масса прибыла сюда с двумя последними волнами иммиграции, в конце X и в конце XI века. Армянское государство в Киликии зародилось как княжество в 1080 году усилиями династии Рубенянов, основанной князем Рубеном I. В эту же эпоху в Киликию переместилась и кафедра католикоса, которая осталась здесь почти на четыре столетия — с 1062 по 1441 год.

Особую роль в укреплении армянского государства в Киликии сыграл князь Млех (1169-1175) из династии Рубенянов, обладавший большими дипломатическими способностями. Но подлинного процветания Киликия, уже не княжество, а царство, достигнет при Левоне (Льве) I — одном из величайших деятелей армянской истории, которого по праву назовут Великолепным (1187-1219).

Существование в течение длительного времени двух Армений наложило глубокий отпечаток на историю народа и Церкви. В самом деле, Великую Армению грабили и попеременно брали под свой контроль различные турецко-татарские орды; вначале это были сельджуки, затем монголы, потом Тамерлан, туркменские племена и, наконец, османы. В это же время «Малая Армения», то есть армянское государство в Киликии, мирно развивалось, соприкасаясь с христианским Западом через крестоносцев и франкские государства Востока, влияние которых на нее было и положительным, и отрицательным [см. карту № 5].