1 июля 1933 года армянского архиепископа Нью Йорка Гевонда Дуряна приглашают на празднование Дня Армении в Чикаго. Трибуна украшена трехцветным флагом независимой Армении, но флаг убирают по просьбе помощников архиепископа. Армянские газеты Америки начинают полемику по этому поводу и обвиняют архиепископа в том, что он советский агент. Полемика перерождается в конфликт между двумя армянскими партиями: Дашнакцутюн (антисоветской) и Рамкавар (просоветской). Армянское духовенство Америки разбивается на два лагеря.

24 декабря 1933 года архиепископа Дуряна убивают ножом у входа в собор Нью-Йорка, где он должен был проводить богослужение. По мнению многих, убийцами были дашнаки. Однако партия Дашнакцутюн никогда не признается в организации этого убийства, напротив, она обвинит в нем ОГПУ. В самом деле, многие обстоятельства наводят на мысль о провокации со стороны советских секретных служб. Последствия этих событий будут тяжелыми: несколько армянских общин Америки порвут всякие отношения с Эчмиадзином; позднее, во время конфликта между двумя католикосатами, начавшегося в 1957 году, эти общины будут приняты под юрисдикцию католикосата Киликии.

С 1932 по 1935 годы Армения не столько подвергалась репрессиям, сколько переживала их последствия: коллективизация породила в стране голод и восстания крестьян. Убийство архиепископа Дуряна грозило перерасти в международный скандал. Учитывая сложившуюся ситуацию, власти пошли на некоторые уступки Церкви: отдельных священников освободили из заключения, а Свободная церковь была ликвидирована. Но перемирие оказалось коротким: с 1936 по 1938 годы по всему Советскому Союзу проходят широкие сталинские чистки. Они направлены главным образом против многих партийных деятелей, которые объявляются врагами народа, но вскоре они коснутся и членов Церкви. В Закавказье положение не менее сложное, поскольку место первого секретаря партии занимает Берия.

В декабре 1935 года коммунисты отмечают 15-ю годовщину советской Армении. Калинин, глава советского правительства, поздравляет с достигнутыми партией успехами первого секретаря армянского райкома Агаси Ханджяна, который в свое время учился в школе при семинарии Эчмиадзина и был одним из основателей организации «Спартак», армянского эквивалента комсомола. Убежденный марксист и сторонник Сталина в борьбе против Зиновьева, Ханджян, хотя и был инициатором репрессий против дашнаков, но оставался националистом: служа партии и советской власти (что для него стояло на первом месте), он в то же время отстаивал интересы родины и был не лишен привязанности к национальным традициям. В 1935 году, когда Берия опубликовал Историю партии большевиков в Закавказье — приторный панегирик Сталину, армянский историк Степанян с одобрения первого секретаря Ханджяна выпустил другую книгу, в которой утверждал, что Шаумян в начале советской власти сыграл более решающую роль в ее становлении и был ближе к Ленину, чем «отец всех народов».

В июле 1936 года Агаси Ханджян «совершает самоубийство» в кабинете Берии в Тбилиси. Так, внутри коммунистической партии Армении начинается работа по чистке кадров от коммунистов-националистов. Довольно скоро борьба с идеологическими отклонениями и инакомыслием тех, кто квалифицируется как «меньшевик», «троцкист» и «националист-дашнак», перерастает в подлинный массовый террор, обращенный вообще против всех «врагов народа». Чистки 1936-1938 годов в Армении достигают кульминации в середине сентября 1937 года. За одну неделю 3500 армян, прежде всего партийных и комсомольских работников, а также представителей интеллигенции и духовенства, ссылаются в Сибирь; некоторые историки даже полагают, что в одну ночь было арестовано 10 000 человек. В подвалах НКВД погибает поэт Егише Чаренц; за несколько месяцев исчезает цвет нации.

В сентябре 1937 года проводятся массовые аресты членов армянской общины на Украине.

Массовый террор не обошел и Церковь. В ночь с 6 на 7 апреля 1938 года мученически погиб ее верховный иерарх, католикос Хорен I: он отказался отдать ключи от церковной ризницы и был задушен агентами НКВД. В течение нескольких лет престол оставался вакантным. Избирательная Ассамблея собралась в 1941 году, но в ней участвовало всего около пятидесяти человек; таким образом, из-за отсутствия кворума, предписанного уставом, выборы католикоса не состоялись. Государство приостановило публикацию журнала католикосата Арарат; монастырю было строго запрещено давать местным детям религиозное образование.

В 1939 году Матенадаран, коллекция древних рукописей, хранившаяся в библиотеке католикосата, была перевезена из Эчмиадзина в Ереван, где на ее основе в 1959 году создается Институт по изучению древних рукописей им. Месропа Маштоца.

С июня 1941 года по май 1945 года идет Великая Отечественная война. Армян призывают в массовом порядке, и они самоотверженно сражаются на различных фронтах войны. Армения дала Советской армии полмиллиона солдат, и это была значительная часть народа (по данным 1941 года, население республики составляло менее 1 400 000 человек). Славу Советской армии составили около 60 армянских генералов и пять маршалов, включая знаменитого маршала Баграмяна; 175 000 армян погибли в ходе боевых действий.

Перед войной Армения уже была страной, пережившей глубокие изменения. Помимо коллективизации, она в значительной мере подвергалась урбанизации и индустриализации. Церковь, которая всегда была центром жизни в селе, уступала место каноническим советским формам общественной жизни: партии, профсоюзу, комсомолу, колхозу... Она решительно теряла свое влияние и находилась на грани исчезновения.

Но с началом войны ситуация вновь меняется: чтобы воздействовать на чувства населения, Сталин неожиданно берет на вооружение классический аргумент, используемый в любой войне, — патриотизм, на котором прежде стояло клеймо «реакционной идеологии».

Кроме того, он открыто обращается за помощью к Церкви, в первую очередь — русской, а затем и ко всем остальным Церквам, действующим в стране. В июне 1941 года патриарший местоблюститель Сергий (Страгородский) и другие иерархи Русской церкви призывают верующих положить жизнь за Родину. Взамен Сталин официально позволяет Русской церкви вести скромное, но законное существование. За воззванием русского духовенста почти сразу же (через месяц) последовало такое же — к армянскому народу, со стороны архиепископа Геворга Чорекчяна, единственного к этому времени оставшегося в живых армянского архиепископа, который после этого станет местоблюстителем. В это время Сталин разрешает вновь открыть семинарию и типографию католикосата и возобновить публикацию официального журнала, который получит название Эчмиадзин; одновременно власти закрывают антирелигиозные периодические издания и упраздняют Союз безбожников.

В сентябре 1943 года Сталин принимает (впервые со времени революции) трех русских митрополитов, а в апреле 1944 года — архиепископа Геворга.

Наконец, в июне 1945 года государство дает разрешение на созыв Собора для избрания католикоса. На сей раз собрание проходит в обстановке намного более торжественной, чем в 1932 году. В его работе участвуют два патриарха, Иерусалимский и Константинопольский, и католикос Киликийский — в соответствии с совместным соглашением, заключенным в 1941 году. Вместе с тем, состав Собора так же хорошо «продуман», как в 1932 году: подавляющее большинство делегатов представляют (на деле почти недействующие) приходы Советского Союза, Румынии и Болгарии. Немногие участники, приехавшие из других стран, — это редакторы прокоммунистических газет и подобные им проверенные лица. Собрание направляет письмо «гениальному вождю» советского народа, которое заканчивается заявлением против Ватикана — «агента немецкого империализма».