Наконец, именно в период арабского владычества, в эпоху великого насилия и вызванного им культурного застоя, Церковь дает стране святого Степаноса Сюникского (Сюнеци, ок. 688-735) — ученого, философа, богослова, переводчика и музыканта.

Родившись в семье священнослужителя из Двина, Степанос получает прекрасное для своего времени образование: он воспитывается в доме армянского патриарха, затем — в монастыре и, наконец, поступает в знаменитую Сюникскую школу. Окончив ее, он завершает свое образование на родине, затем продолжает учебу в Афинах, Константинополе и позднее — в Риме. Овладев в совершенстве греческим и латинским языками, он, по свидетельству одного из Житий, усваивает «всю философскую науку иноземных мудрецов». Затем его рукополагают в епископа Сюникского. Не дожив до пятидесяти лет, он трагически погибает, приняв смерть от руки женщины, которую, как утверждает предание, он отлучил от Церкви за прелюбодеяние.

Степаносу Сюникскому принадлежит множество переводов греческих отцов, а также многочисленные толкования на книги Ветхого и Нового Завета. Кроме того, он сыграл важную роль в развитии армянской литургической музыки.

В Армении, подвластной халифату, в течение всего VIII века не раз предпринимались попытки поднять восстание против арабов. Как правило, выступления возглавляли выходцы из знатных семей; однако эти семьи нередко враждовали друг с другом и не могли достичь полного единства, которое бы позволило им выступить вместе против поработителей.

Так, если в начале века род Багратуни стоял во главе повстанческого движения, позднее, получив от арабов в 744 году титул правителей Армении, он стал поддерживать оккупантов в борьбе против других нахараров и повстанцев. В 747-750 годах Мамиконяны поднимают народ на восстание, потопленное в крови Абул-Аббасом, первым халифом из рода Аббасидов. При его преемниках не прекращаются грабежи и насилие; взимаемая дань достигает чудовищных размеров: как сообщают летописцы, с живых берут налоги и за мертвых. В 762 году восстают Арцруни, которые из своей неприступной крепости Нкан постоянно совершают набеги на арабов.

Наконец, в 774 году восстание приобретает всеобщий характер; объединившимся, наконец, армянским князьям из семей Багратуни, Мамиконянов, Арцруни, Камсараканов, Аматуни удается победить четырехтысячное войско халифа и осадить арабские цитадели Карин и Арчеш. Однако весной следующего года новая, уже тридцатитысячная, арабская армия разбивает отряды восставших. Итог мятежа печален: князья Мушег Мамиконян, Саак и Смбат Багратуни погибают в бою, а братья Амазасп и Саак Арцруни через несколько лет принимают мученическую кончину от рук арабов. После разгрома восстания Мамиконяны и Камсараканы уходят с политической сцены армянской истории, а их земли вскоре отходят к роду Багратуни, вновь ставшему верным халифату.

Новые привилегии, дарованные Багратуни, приводят к тому, что этот род к концу столетия берет под контроль весь север и большую часть территории страны. В их зону влияния не входит только южная область Васпуракан, где власть принадлежит соперничающему роду — Арцруни.

Тем временем, с середины IX века громадная арабская империя начинает распадаться на множество малых и больших эмиратов и соответственно теряет прежнее могущество.

На сей раз постепенное возвышение двух княжеских семей позволит Армении использовать свое промежуточное положение между распавшимся арабским государством и Византией и добиваться все большей независимости от тех и от других.

В 862 году Ашот I Багратуни получает от халифа титул ишханац-ишхан — «князя князей». Фактически он правит государством как царь, и действительно, в 885 году, по предложению католикоса, халиф дарует ему царскую корону, которую признает также византийский император Василий I. Ашот никогда не получит права чеканить монету, но во всем остальном правит, как царь. Он состоит в переписке с другими монархами и с патриархом Константинопольским Фотием, который, в свою очередь, обменивается письмами с католикосом Захарией. Последний в 862 году созывает в Ширакаване Собор, на котором утверждаются 15 канонов, определяющих веру Армянской церкви.

От Ашота I трон переходит к Смбату I Багратуни (890-914). Однако в 908 году арабский эмир Юсуф из области Атропатена, расположенной на юго-востоке Армении, от имени халифа дарует Гагику Арцруни, правителю Васпуракана, корону «царя Армении». После этого Юсуф вторгается со своими войсками в земли, управляемые Багратуни, убивает Смбата, разоряет область и в течение многих лет держит в страхе ее жителей.

Сын убитого царя (и внук Ашота I), Ашот II Багратуни, который благодаря своей храбрости получит прозвище «Железный» (по-армянски Йеркат), будет в течение семи лет вести жестокую борьбу с завоевателями. Потерпев от Ашота ряд поражений, в 922 году халифат вынужден послать ему в дар корону и присвоить титул шахиншаха — «царя царей», возвысив его над многочисленными конкурирующими с ним царьками.

Таким образом, в X веке Армения де-факто существует как вполне независимая от халифата страна, хотя и разделенная на два основных царства, возглавляемых двумя соперничающими династиями: на севере — царство, собственно именуемое Арменией, во главе с Багратуни, чья столица будет находиться вначале в Карсе, а затем в Ани; на юге — царство Васпуракан во главе с Арцруни со столицей в Ване. К ним следует добавить большое количество других княжеств, более или менее независимых, принадлежащих остальным династиям. В результате возникает типичное феодальное государство, в котором местные сюзерены заботятся лишь о собственных интересах; время от времени между областями и местными князьями вспыхивают междоусобные войны.

И все же, находясь в раздробленном состоянии, Армения, начиная с 930 года, вступает в полосу мира и процветания, которая будет длиться целое столетие и даст поразительные плоды как в области культуры, так и экономики.

В этот период оба царства процветают; развивается сельское хозяйство, возрождается торговля. Армянские купцы успешно торгуют с Киевской Русью; целые поселения армян возникают в Киеве, в Новгороде и в других русских городах. В 961 году столицей Багратуни становится город Ани, расположенный на пересечении важных торговых путей. Большое значение приобретают также такие города как Двин, Карс, Нахичеван, Ван и другие.

Значительным экономическим ростом отмечено царствование Ашота III Багратуни (называемого Милосердным, 953-977), который и перенес столицу в Ани. Он основал монастыри Санахин и Ахпат, ставшие подлинными шедеврами зодчества. Эти монастыри впоследствии сыграют важную роль в духовном и культурном становлении народа.

Соперничество между двумя главными династиями некоторым образом отражается и на Церкви. В 969 году, обеспокоенный прохалкидонскими симпатиями нового католикоса Ваана, который «заключил с иверами союз о вероисповедании», Ашот III собирает в своей крепости Ани многих епископов и монахов. Они, «доподлинно убедившись в пагубных еретических намерениях его [Ваана] (поскольку он распорядился привезти иконы, чтобы восстановить секту халкидонитов)», отлучают католикоса и избирают на его место Степаноса III. Но Ваан находит убежище на острове Ахтамар в Васпуракане, где уже до него жили другие католикосы и где он получает поддержку рода Арцруни. Духовенство некоторое время пребывает в смятении, однако конфликт разрешается сам собой в результате кончины обоих католикосов.

Период наивысшего расцвета династии Багратуни, несомненно, приходится на царствование Гагика I Багратуни (989-1020). Именно при нем в столице Ани возводится великолепный собор, а город приобретает легендарную славу «города тысячи и одной церкви». Архитектор Трдат, по проекту которого был построен этот собор, станет настолько известен, что вскоре его пригласят в Константинополь для реставрации купола храма Св. Софии, разрушенного в 995 году в результате землетрясения. В XI веке в Ани открывается университет.