Это требование показалось оскорбительным армянским иерархам и вызвало у них сильное недовольство. Левон V царствовал всего лишь год. Привилегии, которыми он оделил франков и Католическую церковь, стали причиной неприязни со стороны многих подданных. Двор и народ все больше отдалялись друг от друга.

В 1375 году мамелюки, твердо решившие любой ценой покончить с последним христианским государством в этих краях, с огромным войском вошли в Киликию и взяли Сис. Левон V, лично оказывавший героическое сопротивление, был выдан врагу, став жертвой заговора, к которому, вероятно, был причастен сам католикос. Левона выслали в Египет, откуда он смог освободиться лишь спустя много лет. Свои дни последний царь армянской Киликии закончил в 1393 году в Париже. Он похоронен в королевской усыпальнице Сен-Дени, рядом с французскими государями.

Между тем в XII веке небольшой очаг независимой жизни армян на Кавказе вновь запылал огнем. Немало знатных армян в то время находилось при дворе своих грузинских кузенов-Багратидов, которые, выплачивая дань сельджукам, сохраняли целостность своего государства. В частности, князья Захара и Иванэ из армянской феодальной семьи занимали весьма важные посты: один командовал кавалерией, другой стоял во главе царской администрации. В 1122 году армяно-грузинские войска царя Давида Строителя (1089-1125) отвоевывают Тифлис у мусульман, которые до этого владели городом в течение четырех веков. Во время блестящего царствования царицы Тамары (1184-1213) были освобождены древняя столица Ани и вся северная и центральная часть Армении. В Ани утвердились потомки Захарэ; в определенный момент подвластная им территория доходила до озера Ван.

Грузия при Давиде Строителе и царице Тамаре достигает вершины своего могущества. В эту эпоху творит великий национальный поэт Шота Руставели. Зависимость от грузинской короны земель, управляемых Захарянами и другими знатными армянскими семьями, с политической точки зрения лишь формальна. Армения наряду с Грузией переживает культурное возрождение. С XII по XIV век Ани вновь становится наиболее активным армянским культурным центром; здесь возводятся новые храмы, новая крепостная стена. В XIII веке население Ани достигает ста тысяч человек. В это же время (XII-XIV) расцветают большие монастыри.

Признаки дружбы с грузинской короной различимы и в искусстве Великой Армении. Армянские церкви, построенные в эту эпоху, растут в высоту, развивается настенная живопись.

По инициативе братьев Захарэ и Иванэ, один из которых остался в Армянской церкви, а другой перешел в халкидонскую Грузинскую, созываются два Собора Армянской церкви (в Лори и в Ани). Они хотят устранить трения между двумя Церквами, вызванные давлением грузинского государства на некоторые армянские монастыри, не желающие принять халкидонские догматы.

Представителем антихалкидонского направления был вардапет Ованес Саркаваг (1045-1129), создавший школу в Ахпате. Человек обширнейших знаний, он имел многочисленных и замечательных последователей. Его духовным наследником был Мхитар Гош (ок. 1130-1213), один из основателей знаменитого монастыря Нор Гетик, который в его честь именовался Гошаванк. Мхитару Гошу, выдающемуся учителю и мыслителю своего времени, обязан своим появлением Судебник средневековой Армении, которым долго пользовались на всем Кавказе и в различных поселениях армянской диаспоры. Это произведение было переведено на многие языки и оказало влияние на развитие права, в частности, на Руси. Из-под пера Мхитара также вышло немало богословских трудов и ряд назидательных басен.

Большое значение для этого периода имело также творчество вардапета Киракоса Гандзакеци (ок. 1200-1271), который учился в школе, основанной Гошем, а затем был пленником у монголов; он составил примечательные Четьи Минеи и Историю Армении, из которой мы узнаем драгоценные сведения о событиях той эпохи.

Но в тот же исторический момент, когда мамелюки начали свои набеги на Киликию, Великая Армения столкнулась с грабежами и притеснениями со стороны другого кочевого народа. В это время на Кавказе появились монголы.

Под предводительством Чингисхана и его преемников «народ лучников» (так именуются монголы в тогдашних армянских летописях) завоевывает Китай, Туркестан, Русь, Персию и Кавказ и продвигается на запад, намереваясь захватить господство над всем миром.

Захват Армении произошел в 1236-1244 годах. В 1236 году монголы взяли Ани и разрушили его. Древняя столица Багратидов уже никогда не вернется к былому великолепию, но в течение еще одного века некоторая культурная жизнь все же будет здесь продолжаться. Монгольское нашествие нанесет тяжелый экономический урон Армении. Кочевой и воинственный народ, монголы очень медленно будут приспосабливаться к оседлой жизни. Воровством, грабежами, взятием заложников и разрушениями они сильно затрудняли жизнь крестьян и горожан. Армения превратилась в поле боя между различными монгольскими племенами. Подати, которыми новые поработители обложили армянскую знать, были столь непомерны, что многие семьи продавали свои владения и эмигрировали, главным образом, — в новые крымские поселения.

Однако, при том, что монгольское иго было весьма жестоким и вело к значительному обнищанию населения, оно полностью избавило Армению от прежних ненавистных поработителей, турок-сельджуков (1243). Благодаря этому, несмотря на катастрофическое экономическое положение, религиозная и культурная жизнь в Армении продолжала развиваться на протяжении всей второй половины XIII и первой половины XIV века. Возникли большие университеты в Татеве, Гладзоре, Гошаванке. Армянские вардапеты переходили из одного университета в другой, не забывая посещать и Киликию.

С самого начала своего господства над Арменией монголы проявляли известную симпатию к христианству и явную неприязнь — к исламу.

В результате армяне, жившие как на исторической родине, так и в Киликии, в конце концов заключили союз с монголами против египетского султаната. Монголы выделяли армян из всех покоренных народов, относясь к ним с особым уважением. Армения, оказавшись частью монгольского царства, вновь приняла на себя роль перевалочного пункта в торговых связях между Европой и Дальним Востоком. Европейские путешественники и купцы стали пересекать страну по пути в Монголию, Китай, Индию.

Что касается Церкви, то монгольское иго в некоторой степени принесло ей возрождение, поскольку новые властители весьма почитали служителей любой религии или культа.

После того как Хетум I заключил соответствующие соглашения с Великим ханом, в 1258-1260 годах монгольские и армянские войска под предводительством Улагу (женатого на несторианской христианке) впервые отвоевали у мусульман ряд древних христианских центров: Алеппо, Дамаск, Эдессу, Кесарию, Себастию. Многие христиане увидели тогда в союзе с монголами якорь спасения от кошмара мусульманских завоевателей.

Эти настроения еще больше укрепились, когда в 1299 году войска монгольского повелителя Персии илъхана Газана при участии армян и грузин освободили Иерусалим, нанеся поражение египетским мамелюкам, которые в этот период были главными врагами восточных христиан. И вновь христианский мир смотрел на завоевателей с Востока как на освободителей веры. Недаром Газан, который, между прочим, первым из монгольских повелителей Персии примет ислам, во многих средневековых летописях изображается как паладин христианства, одержавший победу над «сарацинами» (так называли тогда христиане мусульманских воинов).

В эту эпоху многие армяне, в частности, династия Прошян, сотрудничали с монголами и состояли в дружеских отношениях с двором ильханов. Но преемники Газана, мусульмане, подвергали христиан жестоким гонениям. Впрочем, ханская империя уже вступила в пору упадка, что, в частности, помогло вскоре Грузии завоевать независимость.