Вначале Армению завоевывают персы-сефевиды. Но в 1515 году османский султан Селим I наносит поражение персидскому шаху Измаилу и овладевает несколькими областями на юге и в центре страны. До середины века османы, возглавляемые султаном Сулейманом I Великолепным, трижды входят в Армению, причем последняя кампания завершается в 1554 году пожаром Еревана. В тот же период сефевиды совершают постоянные набеги на армянские провинции, уже присоединенные к Османской империи.

Наконец, в 1555 году персы и турки заключают мир, проведя первый раздел Армении. Но в 1578 году османские войска возвращаются и занимают еще одну ее часть. По свидетельству тогдашнего историка, епископа Григора Даранагци, между 1585 и 1590 годами османы выселили 60 000 армян из Ереванской провинции и еще 40 000 из Нахичевана. На протяжении всего XVI века они также в результате многократных набегов похитили десятки тысяч мальчиков и подростков для пополнения ими янычарских войск, состоявших из насильственно обращенных в ислам пленников-христиан.

Поскольку новому шаху Аббасу I не удалось противостоять туркам, в 1590 году он заключил с ними мир, уступив все Закавказье. Однако в 1603 году, собрав сильное и прекрасно подготовленное войско, он совершил новую попытку вернуть Армению. На сей раз ему сопутствовала удача, и он овладел Ереваном и утраченными прежде территориями. Но уже через год он отступает, превращая в пустыню земли, которые вынужден оставить туркам. Он уничтожает на своем пути все армянские города и деревни, сжигает поля и уводит в Иран огромное число жителей, вероятно, от 50 000 до 100 000, хотя некоторые историки называют цифру 300 000.

Иранские всадники гнали необозримый человеческий караван к реке Аракс и к персидским территориям. В ходе этой первой в армянской истории массовой депортации тысячи мужчин и женщин встретили свою смерть по дороге или при пересечении реки.

XVI век завершился жестоким голодом (1599-1600), охватившим всю восточную часть Османской империи, включая Армению. В те же годы (между 1590 и 1610) армянские территории, принадлежавшие османам, постоянно разорялись ордами кочующих разбойников, которых прозвали джелали, — их появление стало следствием тяжелого экономического кризиса, который прошел по всей империи.

После мирного договора, подписанного в 1618 году и сразу же нарушенного, военные столкновения между османами и сефевидами за обладание Арменией будут продолжаться до 1639 года, когда Турция и Персия осуществят второй раздел страны: более крупная ее часть, западная, отойдет к Турции; восточная и северная Армения (Ереван и провинции Арарат и Сюник) перейдут к Персии [см. карту № 6]. Этот раздел будет оставаться в силе до XIX века.

После полутора веков непрерывных войн (которые, к тому же, последовали за эпохой анархии и набегов туркмен) Армения была обескровлена. Страна оказалась почти опустошенной, обезлюдели целые области, из городов бежали купцы и ремесленники, а на полях, покинутых армянскими крестьянами, паслись стада курдских кочевников.

Конец конфликта между Персией и Турцией не принес облегчения армянскому народу, который как при османском, так и при сефевидском иге пережил голод, эпидемии, массовую резню, депортации. Обе империи разделили приобретенные армянские территории на небольшие провинции, управляемые пашами (в Турции) или ханами (в Персии).

Во время войн османов-суннитов и сефевидов-шиитов религиозный конфликт между ними в известной мере отвлекал внимание враждующих сторон от христиан: пока мусульмане самозабвенно сжигали друг у друга мечети, им, в общем-то, было не до Армянской церкви. Однако все меняется после того, как происходит раздел Армении между персами и турками. Теперь армянские христиане в обоих исламских государствах в полной мере почувствуют, что значит быть подданными второго сорта.

В Турции армянам запрещено селиться в центре городов; из-за этого армянские ремесленники, рабочие и купцы днем работают в центре, а вечером, когда ворота закрываются и в городе остаются одни турки, возвращаются в свои жилища, расположенные в окрестностях города. Так возникают места компактного проживания армян в ближайших окрестностях больших турецких городов. Армяне обязаны носить одежду сине-белых тонов, чтобы их можно было внешне отличать от турецкого населения; как и всем христианам, им отказано в праве свидетельствовать в суде против граждан исламского вероисповедания, а также ездить верхом на лошади.

Что касается положения армян в Персии, вначале шах Аббас демонстрировал большую терпимость к тем, кого повелел переселить из родных мест. Он разрешил им заложить рядом со столицей город Новая Джульфа (Нор-Джуга), где могли жить одни армяне. Однако его преемники поведут менее либеральную политику по отношению к армянам и к христианам вообще. Согласно сефевидскому декрету XVII века, в случае, если христианин принимает ислам, он приобретает право унаследовать все имущество семьи, включая ту его часть, которая причитается родственникам, оставшимся христианами.

Османская империя своей прочностью была обязана сильной централизованной власти султана и унаследованной от Византии административной системе. Однако в основе режима лежала эксплуатация подвластных христианских народов, которые постепенно организовывались в миллеты — этнические общины. Именно христианское население несло на себе основное бремя налогов, именно оно поставляло империи мальчиков для янычарских отрядов и девочек для гаремов.

Сложный бюрократический аппарат, перенятый у византийцев, породил повсеместную коррупцию, так что любое разрешение и право для армянского населения и Церкви нужно было за большие деньги выторговывать у турецких чиновников. Османы отдали юг Армении курдским кочевникам, которые продолжали грабежи и злоупотребления, совершаемые ими и раньше.

Хотя Османская империя была несравненно более цивилизованной, чем туркменские или сельджукские орды, тем не менее турецкое владычество этих веков вновь несло армянам всякого рода унижения и страдания.

Армянам, проживавшим в Персии, также довелось испытать дискриминацию и лишения, но в целом иранское владычество было более гуманным, чем турецкое. Памятуя о зверствах сельджуков и туркмен, армяне явно предпочитали сефевидов очередным тюркским поработителям; в некоторых случаях они даже обращались к персидским властям с просьбой об освобождении провинций Армении от власти османов.

Так, даже во время похода Аббаса в 1603-1605 годах, который стал причиной ужасающей бедности в Армении, некоторые города встречали персидского шаха как освободителя. Жители процветающего города Джульфа (Джуга) воздали ему тогда великие почести и одарили богатыми дарами. Именно там, заметив трудолюбие и предприимчивость армян, шах задумал с их помощью построить новую столицу Исфаган, а также оживить торговлю по всей Персии. Однако для этого он совершил страшное деяние — предпринял массовое насильственное переселение армян, стоившее жизни тысячам людей и превратившее в пустыню целую область.

В период персидского и турецкого ига экономика Армении не только никак не развивалась, но находилась в катастрофическом состоянии. Вплоть до XVIII века отсталость будет очень серьезной: примитивные методы ведения сельского хозяйства, почти плачевное состояние торговли... Демографическое обескровливание Армении продолжалось — тысячи персидских и турецких армян покидали историческую родину.

С запустением деревень теряли власть (а впоследствии и вовсе исчезли) нахарары, основным источником богатства которых было землевладение. Уход со сцены этой древней феодальной знати существенно изменил социальную структуру Армении. На некоторое время единственным относительно благополучным классом оставалось духовенство; впоследствии, когда начнется известный экономический подъем, впервые заявит о себе городская буржуазия.