Положительным фактором для армянской экономики этого периода было существование очагов проживания соотечественников в разных странах мира, что побуждало армян Персии и Турции заниматься торговлей. В обеих империях такое стремление находило поддержку у самих мусульманских властей, которые с презрением относились к торговле. Этот факт будет иметь крайне важные последствия для экономического и культурного подъема Армении в XVII-XVIII веках.

Удручающими в этот период были и обстоятельства культурной жизни страны. Кажется, на целые десятилетия предано забвению создание рукописей, строительство церквей и монастырей. Культура выживает лишь в больших монастырских комплексах, избежавших грабежей и притеснений со стороны завоевателей или сумевших после них выжить. В XV веке выделяются своим вкладом в культуру монастыри Татев в Сюнике и Мецоп в области Ван. Здесь трудился один из выдающихся учителей своего времени, монах Товма из Мецопа (1378-1446), который был также крупным историком: он оставил нам Историю Тамерлана и его преемников.

Позднее, в период османского и персидского ига, монастырь Татев постепенно потеряет свою славу. Но другие большие древние монастыри снова выступят в качестве цитаделей духа и культуры: это Санаин и Ахпат на севере страны (в области Лори, входившей в состав Грузии), а также Эчмиадзин и пещерный монастырь Гехард.

В первой половине XV века, когда, из-за вторжения Тамерлана, Константинополь на время получает передышку от османских тисков, проводится Флорентийско-Феррарский собор. Прежде чем ответить на просьбы о военной помощи, исходившие от византийского императора Иоанна IV Палеолога, папа Евгений IV открывает в 1438 году Собор в Ферраре. Впоследствии, из-за быстрого распространения чумы в этом городе, Собор перемещается во Флоренцию. На этом Соборе представители греческой, армянской и коптской Церквей заключают унию с латинской Церковью.

Впрочем, этот акт остался чисто номинальным и не имел никаких последствий: сами греческие епископы, которые в Италии под давлением императора Иоанна Палеолога подписали унию, отвергли ее по возвращении в Константинополь; Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский патриархи дважды, в 1443 и 1450 годах, созывали Соборы, осудившие унию с Римом. Когда митрополит Московский Исидор возвратился в город с Собора в сопровождении клириков, несущих перед ним латинский крест, и провозгласил акт о присоединении к Риму, а затем за литургией молился о Папе, а не о греческом патриархе, в городе вспыхнул бунт. Митрополита взяли под стражу, но ему удалось бежать и достичь Рима. Тем временем Собор Русской церкви снял с него сан митрополита, объявил еретиком и отверг флорентийскую унию; Исидор был последним греком на московской кафедре, а Русская церковь с тех пор стала фактически автокефальной.

Наконец, так и не дождавшись военной поддержки, Константинополь в 1453 году пал под напором турок. Некоторые православные усмотрели в этом унижении Нового Рима, взятого мусульманами, Божие наказание за унию с латинянами. Именно тогда, между прочим, появилось новое учение «Москва — третий Рим», получившее развитие в Русской церкви в XVI веке: два Рима, столицы первых двух христианских империй в истории, пали, захваченные безбожниками-варварами, из-за того, что осквернили себя ересью. Третий Рим — это Москва, а третья христианская империя — Великая Русь царей, то есть кесарей. И неважно, что всего через несколько лет после того, как утвердилось это учение, таким христианским кесарем «по божественному праву» станет не кто иной, как Иван Грозный, лишенный благословения Церкви святителем Филиппом, митрополитом московским; процветающая Московия уверена в себе: «Два убо Рима падоша, а третий стоит, а четвертому не быти».

В Армении отвержение Флорентийского собора не приведет к созданию мистико-богословских учений с их неизбежными политическими последствиями; уже не раз в армянской истории представители католикоса подписывали акт о присоединении к Риму, и вновь, как и прежде, полнота Церкви не приняла этого акта, который, подобно многочисленным предыдущим, останется фактом чисто формальным. Впрочем, Флорентийский собор имел прямые и крайне важные последствия для иерархического устроения Армянской церкви. Но рассмотрим более подробно, как развивались события.

В 1439 году Армянская церковь получает приглашение для участия на Флорентийском соборе. Католикос Сиса Константин VI (1430-1439) незамедлительно отправляет нескольких делегатов в Италию, где они подписываются под документом о присоединении к Риму. То же самое делает и подавляющее большинство представителей других восточных Церквей. Не поставил свою подпись лишь Марк, митрополит Эфесский. Во время Собора католикос Константин умирает. Таким образом, акт о присоединении получает и обнародует уже его преемник, Григорий IX Мусабекян.

Уния, принятая представителями католикоса Сисского, вызвала большое недовольство монахов Великой Армении. Обеспокоенные очередным давлением латинян на Сисскую кафедру, многие крупные церковные деятели (в частности, католикос Ахтамарский и учитель Товма из Мецопа) задаются целью вернуть местопребывание главы Церкви в Эчмиадзин. К тому же, после захвата Киликии мамелюками в 1375 году, католикосу Сисскому приходится жить в столь же ненадежной области, как и Великая Армения.

И вот, в 1441 году, собрание духовенства и мирян, проводившееся в Вагаршапате, избирает Католикоса Всех Армян. Им становится отшельник Киракос Вирапаци (то есть из пещеры).

Католикос Сисский, Григорий Мусабекян, уже пожилой человек, которому новоизбранный Киракос свидетельствует свое глубокое почтение, как будто соглашается с восстановлением престола в Эчмиадзине. Однако после его смерти на Сисскую кафедру избирается новый католикос. Киракос же, не готовый к роли иерарха, вскоре слагает с себя полномочия, или, что более вероятно, их с него снимают. После этого Эчмиадзинскую кафедру ненадолго займет католикос Ахтамарский, и длительное время она будет находиться в плачевном состоянии.

В последующие десятилетия и века католикосы избираются как на Сисскую, так и на Эчмиадзинскую кафедру, что не означает раскола Церкви. Более того, сложившаяся ситуация сыграет положительную роль, ибо в условиях разделенной Армении каждый из католикосов будет пребывать в «своей» империи: один — в Османской, другой — в Персидской.

Событие 1441 года в последующие века истолковывались по-разному. Некоторые Киликийские католикосы, полагая, что в XV веке не было перемещения действующего католикоса, а прошли параллельные выборы, отстаивали свое право на первенство над всей Церковью. С другой стороны, восстановление Эчмиадзинского престола в 1441 году действительно выражало волю нации, и кафедра, некогда принадлежавшая Григорию Просветителю, скоро была признана всеми, включая Киликийского католикоса, главным престолом Армянской церкви.

Однако Киликийский католикосат продолжал существовать, все отчетливее приобретая поместное значение.

В середине XV века покоритель Константинополя, султан Фатих Мехмед II, чтобы лучше контролировать своих подданных из числа христиан, собрал их в этническую общину (миллет) и сделал ее главой (патрик) греческого православного патриарха. В 1461 году султан учредил Армянский патриархат в Стамбуле и вызвал в столицу епископа города Бурса, который стал таким образом духовным главой армян и представителем другого миллета — всех дохалкидонских христиан.

Итак, в середине XV века в Армянской церкви сосуществовало несколько важных духовных центров: Эчмиадзинский католикосат, первый по чести (как кафедра св. Григория Просветителя и его преемников), и другие, поместные престолы, осуществлявшие духовное руководство в тех местах, которые находились вне зоны досягаемости Эчмиадзинского католикоса. Помимо Киликийского, это были Ахтамарский и Агванкский католикосаты, а также две патриаршие кафедры — Константинопольская и Иерусалимская.