Два католикосата будут ссориться до 80-х годов, и некоторые епархии тех стран, где партия Дашнакцутюн достаточно сильна, перейдут под власть католикоса Киликийского (в Иране, Греции, Южной Америке и в 1961 году в США).

Но именно 14 февраля 1956 года, когда в Антелиасе идут выборы католикоса, в Москве разворачиваются чрезвычайно важные события — открывается XX съезд КПСС. В последний день съезда, 25 февраля, Никита Хрущев на закрытом заседании выступает со знаменитым докладом о культе личности.

Возвратившись в СССР из Антелиаса, где его публично и без обиняков назвали агентом КГБ, католикос Вазген беседует с главой советского государства Булганиным. После этой беседы Вазген объявляет об открытии новых армянских церквей в СССР: в Москве вновь открывается часовня на армянском кладбище, которая впоследствии войдет в состав епархии Нор-Нахичевана и в 1966 году станет центром российской епархии Армянской церкви. В том же 1956 году само агентство ТАСС объявляет о пастырских визитах католикоса (впервые за всю советскую эпоху) в епархии Ленинакана и Нор-Нахичевана, где соберутся тысячи верующих.

Таким образом, Армянская церковь оказывается в относительно привилегированном положении по сравнению с другими Церквами в СССР.

Идут годы десталинизации. Но если новая линия партии, поощряемая ее генеральным секретарем, для многих представителей интеллигенции означает надежду на долгожданную идеологическую свободу, то в отношении религии дело обстоит совсем иначе. Никита Хрущев, постановивший за двадцать лет построить в Советском Союзе коммунизм, в 1958 году начинает агрессивную антирелигиозную кампанию: закрываются половина церквей, большая часть семинарий и почти все монастыри, в государственной печати почти ежедневно появляются нападки на Церковь и веру. Назначается год, когда последний поп будет помещен в музей, а в 1961 году Юрий Гагарин, вернувшись из космоса, рассказывает о том, что не нашел там следов Бога...

С конца 50-х годов все Церкви в СССР становятся объектом новой волны преследований и ограничений; на этот раз, однако, борьба с религией ведется совершенно другими методами. Во время войны были ликвидированы различные ассоциации по пропаганде атеизма. Так, в 1947 году был закрыт Союз Воинствующих Безбожников, а популярный журнал Безбожник не выходил с лета 1941 года. Конечно, на заре 60-х годов, в период оттепели и терпимости по отношению к инакомыслию, невозможно было вернуться к старым методам борьбы, например, печатать карикатуры образца 20-х годов, на которых высмеивались толстые попы. Нужно было придумать что-то новое. Так, кампания против религиозных предрассудков приобретает отныне научную окраску: в сентябре 1959 года основывается журнал Наука и религия; в борьбе с религией участвуют и другие многотиражные издания, такие как Знание — сила, Наука и жизнь; в Армении тоже существуют подобные местные издания, например, журнал Гителик. В различных высших учебных заведениях наряду с кафедрами марксизма-ленинизма и диалектического материализма открываются кафедры научного атеизма.

К этому власти добавляют законы, ограничивающие деятельность Церкви, а государственные чиновники прибегают к самым немыслимым бюрократическим придиркам. Например, священник может служить только в одном приходе, многие культовые сооружения запрещается использовать по назначению по «причинам» санитарного характера, из соображений безопасности или в целях «сохранения художественного наследия» (после чего им спокойно дают превратиться в развалины); закрываются церкви, находящиеся вблизи школ, поскольку они посягают на атеистическое воспитание молодежи, закрываются храмы, которые посещает большое количество верующих, потому что они «создают помехи уличному движению», и так далее. Некоторых священников арестовывают как тунеядцев, паразитов на теле общества. Через средства массовой информации партия широко пропагандирует случаи вероотступничества.

После мучительных выборов 1956 года, проходивших в атмосфере конфликта между двумя католикосатами, Зарех, стремясь к сохранению своей автономии, все же начинает вести диалог с Эчмиадзином. Однако 8 февраля 1963 года, через несколько дней после того, как Зареху исполняется 48 лет, сердечный приступ обрывает его жизнь. Делегаты от подчиненных Антелиасу епархий Ливана, Сирии, Кипра, Ирана, Греции и США почти единогласно избирают нового католикоса, самого близкого помощника и единомышленника Зареха, ливанского архиепископа Хорена Барояна.

В 1961 году патриархом Константинопольским становится Шнорк Галустян.

Начиная с послевоенного периода, и особенно в 60-е и 70-е годы в СССР интенсивно развивается промышленность. Впервые с начала века в России наступает длительный период мира, благодаря чему весь Советский Союз делает большие успехи в техническом и экономическом развитии. Это непосредственно относится и к Армении, в которой увеличивается численность населения: с конца войны до начала 80-х годов население почти утроилось — так, в 1945 году оно составляло 1 187 000 человек, а в 1979 — 3 031 000. Очень быстро идет процесс урбанизации: в Ереване в начале века было 30 000 жителей, а в 80-х годах их уже миллион. Это значит, что в столице сосредоточено более трети жителей страны.

Значительный прогресс наблюдается в сельскохозяйственной и пищевой промышленности: увеличивается производство зерна, свеклы, табака и хлопка. В 60-е и 70-е годы развивается металлургическая и химическая промышленность: строятся гидроэлектростанции, расширяется добыча сырья. Намечается прогресс в атомной энергетике.

Такое быстрое развитие промышленности создает новые проблемы, экологические: уже в 1956 году замечается снижение уровня воды в озере Севан по причине строительства гидроэлектростанции; строительство химических предприятий приводит к тому, что в 70-е годы пять из семи самых загрязненных городов Советского Союза оказываются в Армении; несколько аварий происходит на атомной станции в Мецаморе, расположенной всего в 30 километрах от Еревана, что само по себе рискованно, учитывая высокую сейсмическую опасность Армянского нагорья.

Однако интенсивное развитие промышленности не способствует усилению независимости республики от центрального правительства Москвы: экономика Армении находится в большой зависимости от других советских республик, что особенно проявится в момент распада СССР. Кроме того, с индустриализацией приходят в упадок кустарный промысел, сельское хозяйство и другие основные элементы традиционной экономики Армении. Однако параллельно продолжают существовать подпольные предприятия и черный рынок, процветающие на протяжении всего советского периода.

12 августа 1961 года, когда в Берлине начинается строительство стены, КПСС объявляет новую кампанию за репатриацию армян. Теперь в СССР приезжают в основном армяне из Ирана и с Ближнего Востока (с Кипра, из Египта, Сирии, Ливана). За 10 лет прибывает более 26 000 человек, и в отличие от первой волны репатриантов они находят в Союзе более благоприятные условия жизни — не только по причине прогресса, которого добилась страна, но и благодаря лучшей организации государством приема возвращающихся.

За советский период армяне проявляют себя не только как неустанные труженики, прекрасные строители и мужественные бойцы в Отечественной войне, но и как выдающиеся ученые, врачи, художники, композиторы.

В 60-е и 70-е годы с новой силой проявляется национальное сознание армян. Наперекор тесным канонам социалистического реализма, целая плеяда художников возвращается к темам и способам выражения классического армянского искусства: поэты Сильва Капутикян, Ованес Шираз, Паруйр Севак, живописцы Минас Аветисян и Мартирос Сарьян, кинематографисты Генрих Малян и Сергей Параджанов, композиторы Арам Хачатурян и Арно Бабаджанян. Многие из этих художников и композиторов проявляют большое мужество и инициативу, пытаясь обратить внимание общественности к национальным проблемам. Они пишут письма советским руководителям, особенно по поводу Карабаха: например, письмо, отправленное Хрущеву 19 мая 1963 года, обращение от имени населения к правительству Советской Армении от 19 сентября 1967 года, письмо писателя Серо Ханзадяна Леониду Брежневу от 15 октября 1977 года.