Чтобы придать новый, более сильный импульс объединению с Римом, католические миссионеры стали тенденциозно истолковывать историю обращения Армении. Они подчеркивали и символически интерпретировали приход Григория Просветителя в Рим перед его проповедью христианства на родине. Порой они сознательно прибегали к обману. Примером этого служит широко известное «Послание о дружбе и единстве между великим Кесарем Константином, Верховным Понтификом св. Сильвестром, Тиридатом, царем Армянским и св. Григорием, Просветителем армянского народа, писанное в лето Господне 316» — средневековая подделка, призванная доказать подчиненность армян Риму во времена крещения царя Трдата.
Виднейшие армянские епископы и монахи были крайне возмущены таким поведением католиков. Те, кто прежде высоко ценил богословские знания братьев-объединителей, решительно выступили против них. Исайя Нчеци обвинил своего бывшего ученика Иоанна Кернаци в том, что он смущает души армянских верующих. Сопротивление действиям братьев-объединителей и их стремлению к латинизации Армянской церкви сосредоточилось вокруг вардапета Григория Татеваци (1346-1410).
Григорий был человеком широко образованным; он составил философскую энциклопедию, написал толкования на Священное Писание и на некоторых греческих философов, а также обширный сборник проповедей. При нем монастырь в Татеве достиг высокого духовного и культурного уровня; Григорий воспитал целое поколение образованных монахов, ревностных защитников национальной самобытности Армянской церкви, способных представить убедительные аргументы при обсуждении вопросов, которые поднимали братья-объединители.
Через несколько лет после того, как объединители начали активно проповедовать, напряженность в отношениях между их сторонниками и противниками достигает такой остроты, что не только католикос Иаков, но и сам Бартоломео да Поджо, и даже папа Иоанн XXII призывают стороны к примирению.
В 1336 году Иоанн Кернаци написал трактат О заблуждениях армян, в котором смешал доктринальные вопросы с проблемами, касающимися обряда, традиций, церковной дисциплины, и, не делая различий, приписал мнимые заблуждения всей Церкви и армянскому народу.
Между тем на Западе Папа в Авиньоне попытался организовать новый крестовый поход. Сведения об этих приготовлениях так обеспокоили египетского султана Мелик-Нассера, что он стал искать возможность ослабить Киликию, которая всегда была опорным пунктом для крестоносцев. И вот, в 1337 году, когда истек срок мирного договора, заключенного 15 лет назад с армянским католикосом, мамелюки вторглись в Киликию, разрушая города и деревни. Прежде чем заключить новый мирный договор с царем Левоном, они заставили его поклясться на Евангелии, что он не будет более поддерживать никаких отношений ни с западными дворами, ни с папством.
Несмотря на это, царь продолжал в секретных посланиях взывать к Западу о военном вмешательстве. Левон IV овдовел в 19 лет, убив в припадке ярости первую жену, и женился затем на нормандке, дочери Фридриха II Сицилийского, вдове своего союзника — франкского короля Кипра Анри II Лузиньянского. И теперь, презрев запреты мамелюков, он отдал важнейшие посты в управлении двором Лузиньянам, призванным с Кипра. Когда католикос Иаков из Сиса упрекнул его за то, что своей прозападной политикой он подвергает угрозе безопасность народа, царь в ответ сместил его и назначил на его место епископа Мхитара (1341-1355).
Под покровительство нового католикоса бежит Нерсес Балиенц, монах, который был изгнан предыдущим католикосом за дурное поведение и затем примкнул к братьям-объединителям. Он полагал, что новый католикос занимает пролатинскую позицию, но Мхитар отверг его. После этого Нерсес Балиенц укрылся в Авиньоне, где ему удалось приобрести большой вес при папском дворе и где он сочиняет трактат О 117 заблуждениях армян, еще более грубо составленный, чем труд Кернаци. Много раз папство просило и получало все новые разъяснения от армянских иерархов об отличительных особенностях Армянской церкви. Обещания военной помощи использовались для того, чтобы добиться от Армянской церкви пролатинских уступок в области обрядов и вероучения.
В киликийском армянском дворе возрастало противостояние между прозападной и антилатинской партиями. После смерти Левона IV, который не оставил потомства и, как уже говорилось, женился на вдове Анри II Лузиньянского, латинофилы возвели на трон Ги де Лузиньяна (1342-1344). Новый монарх был сыном армянской княжны Забель (Изабеллы), сестры царя Хетума II, и младшего Лузиньяна Амори Тирского, брата Анри II. Вместе с братом Жаном де Лузиньян, Ги состоял на службе в Византии. После кончины царя Жан приехал в Армению и в течение некоторого времени был ее правителем. Вскоре Ги, человека храброго и гордого, короновали, и он получил имя Константина II. Антилатинская партия естественно отнеслась с глубокой враждебностью к этому царю — «иноземцу».
Новый государь настаивал, чтобы католикос Мхитар созвал Собор, который бы удовлетворил папские требования; затем он категорически отказался от уплаты податей мамелюкам и, нарушая их запрет, послал дипломатические миссии к Папе, к королям Франции и Англии. В ответ мамелюки напали вновь, но Ги удалось отразить это нападение и не дать им проникнуть в царство. Однако 13 ноября 1344 года поднявшие мятеж подданные убивают Ги де Лузиньяна; вместе с ним насильственную смерть принимают 300 франков из его свиты.
«Чужаку» Ги де Лузиньяну, который в действительности наполовину принадлежал династии Хетумянов, приходит на смену Константин III (1344-1363), не имеющий уже никакого отношения к царскому роду. Этот очередной царь, поставленный «западниками», также будет стремиться к согласию с папством. В 1344-1345 годах архиерейский Собор Армянской церкви, собравшийся в Сисе, отвечая на просьбы Папы прояснить богословские и обрядовые моменты, опровергает одно за другим все обвинения в «заблуждениях», выдвинутые Нерсесом Балиенцем. Но в 1352 году папа Климент VI умирает, а его преемник Иннокентий VI посылает именно Балиенца в Сис для того, чтобы в тысячный раз получить «пояснения» от католикоса Мхитара. Наконец в 1354 году тому самому католикосу Иакову из Сиса, которого 13 годами раньше, по воле царя, сменил Мхитар, удается лично разъяснить новому Папе позиции Армянской церкви. Вернувшись на родину после кончины Мхитара, Иаков вновь занимает кафедру католикоса (1355-1359) и полное согласие с Римом оказывается как будто восстановленным.
Однако, пока шли сложные переговоры между Сисом и Авиньоном, мамелюки продолжали свои грабежи в Киликии. Население из-за этого было изнурено, да и царь и католикос были разочарованы тем, что после долгого ожидания и бесконечных усилий так и не получили никакой конкретной поддержки от католиков в борьбе с мамелюками.
В 1361 году, когда папство выдвинуло новые требования о полном уподоблении армянских обрядовых особенностей латинским, царь Константин III разорвал все соглашения с авиньонским двором, а католикос Месроп I на очередном Соборе в Сисе отменил все пролатинские новшества, принятые в 1307 году.
Такими были постоянно меняющиеся обстоятельства, сопутствовавшие безуспешным попыткам объединения киликийских армян с Римской церковью.
Константина III, который умер в 1363 году, не оставив наследника, через два года сменил царь Константин IV (1365-1373), посаженный на трон антилатинянами. Он мало занимался делами царства и ничего не делал для того, чтобы избавить страну от мусульман. Будучи человеком деспотичным и грубым, он не пользовался любовью народа и в конце концов умер насильственной смертью.
В 1374 году прозападная партия возложила корону на сына Жана Лузиньянского, Левона, который находился при кипрском дворе. Левон долго колебался, прежде чем согласиться занять киликийский трон: государственная казна пуста, страна разорена, мамелюки и туркмены свободно разъезжают по всей Киликии. Наконец, уступая давлению двора, Левон согласился стать новым царем и приехал в Сис. Будучи ревностным католиком, он потребовал, чтобы традиционная армянская церемония помазания на царство была повторена в соответствии с латинским обрядом.