С конца 1480-х годов герцогиня Бурбонская стала уделять внимание своему герцогству, хотя и не задерживалась там надолго. Затем ей приглянулся Мулен. В 1490 году честолюбивая принцесса организовала своему брату торжественный въезд в город, а визиты супругов в Мулен стали все более регулярными, да и сам король, похоже, оценил герцогскую столицу настолько, что вернулся туда на Рождество в сопровождении своей невесты Маргариты Австрийской.

Если 1488 год стал для супругов де Божё годом победы и апогея их власти в королевстве, то 1491 год был для них не менее значимым. Анна, лишившись сына и наследника, умершего в 1476 году, до этого момента не могла обеспечить дом Бурбонов детьми. Но 10 мая 1491 года родилась Сюзанна, и теперь все внимание и надежды были сосредоточены на этой девочке. У принцессы не было никаких сомнений, что Бог дал ей наследницу благодаря заступничеству святого Франческо да Паоло, калабрийского монаха, чья харизма и влияние при дворе, со времен царствования Людовика XI, были непревзойденными. С тех пор Анна не переставала укреплять семейное наследие Бурбонне, которое в будущем должно было достаться её дочери.

В 1488 году Анна и Пьер унаследовали герцогство, находившееся в зените своего могущества и славы. Оно больше напоминало суверенное государство, состоявшее не только из Бурбонне, но и Оверни, Форе, Божоле, Ла Марша и других графств и сеньорий, полученных или приобретенных супругами[203]. Анне достались, подаренные её отцом, графство Жьен и виконтства Туар и Шательро. В декабре 1489 года принцесса и её муж приобрели баронство Бурбон-Ланси, что стало первым шагом к расширению герцогства, которым Анна занималась всю вторую половину своей жизни. Продолжая политику территориального расширения, супруги приобрели виконтства Мюрат и Карла, а в 1505 году Сюзанна унаследовала от Матье де Бурбона (внебрачного сына герцога Иоанна II) сеньорию Ла-Рош-ан-Ренье. Во главе этого огромного государства Пьер и Анна Бурбонские утвердились как самая могущественная пара после короля и королевы Франции.

Следуя своему идеалу доброго правления, Анна взялась за модернизацию своих земель. Это новаторское начинание, призванное укрепить её власть, касалось как управления, так и экономики.

Чтобы успешно управлять герцогством, прежде всего необходимо было улучшить пути сообщения и организовать новые. Так, была построена дорога, соединяющая Мулен с Лионом через Роанн и Лапалис, что дало герцогству экономический толчок благодаря близости к Лионским ярмаркам. Была реконструирована и другая важная дорога, соединяющая две столицы (Мулен в Бурбонне и Риом в Оверни) через Сен-Пурсен, Монферран и Ле-Пюи, как и дороги, связывающие герцогство с Буржем и долиной Луары. Развивались речные пути, ведущие в Тур, Орлеан и даже Париж.

Благодаря этой политике модернизации супруги Бурбонские превратили Мулен в важнейший товарно-перевалочный пункт в сердце королевства, что только способствовало росту влияния их столицы. В то же время герцогиня предприняла меры по наведению порядка на дорогах, борясь с разбойниками и другими нарушителями. Королевским указом 1491 года был назначен специальный прево ответственный за борьбу с бандитизмом на дорогах, а Анна, чтобы предотвратить возможные нападения, напомнила о необходимости содержать в надлежащем порядке городские укрепления. Герцогский указ от 25 августа 1494 года подтвердил обязанность каждого жителя Божоле по очереди нести вахту на стенах замков и городов[204]. Для принцессы Анны, как главы государства, сохранение мира и стабильности было приоритетной задачей.

Герцогская чета не пренебрегала и экономическим развитием своих владений. Об этом свидетельствуют шахты по добыче сульфата железа, меди и цинка в Вальторте (Божоле), которые Пьер Бурбонский и капитул Божё совместно эксплуатировали до 1514 года[205]. Другой пример — использование их лесных владений, расположенных на севере той же сеньории, и введение в 1517 году, по инициативе герцогини, систематической охоты на волков, пожиравших "скот и даже людей"[206]. Наконец, внимание, было уделено и торговле зерном, что было крайне важно в то время, когда голод был обычным явлением. Так, в 1501 году, когда в Божоле свирепствовал голод, Пьер отправил в Мулен аудитора, чтобы продать имеющуюся в запасе пшеницу и разузнать о бедняках, которым должны были предоставить зерно в долг и по более низкой цене. Наконец, чтобы сдержать рост цен и бороться с голодом в своей сеньории, герцог запретил экспорт зерна в Лион, хотя этот запрет вызвал недовольство правительства города на Роне, потребовавшего его отмены. Благодаря этим мерам герцог, как и его жена, стали восприниматься своими подданными как "добрые принцы".

Налогообложение также было одним из основных животрепещущих вопросов. После смерти Пьера в 1503 году герцогиня отправилась в поездку по добрым городам и созвала Провинциальные Штаты, чтобы наладить отношения дружбы и сотрудничества со всеми своими подданными. Поскольку младшая ветвь дома Бурбонов, Монпансье, тоже претендовала на герцогство, Анна постаралась предстать перед людьми во всём своём великолепии и могуществе, чтобы показать кто здесь настоящая и законная герцогиня. Хотя принцесса предоставляла добрым городам льготы и охотно вступалась за них в Парижском Парламенте во время судебных тяжб, она требовала взамен регулярной уплаты налогов, без которых её герцогство не могло ни функционировать, ни просто выжить. Поэтому в сентябре 1513 года она потребовала уплаты налогов, а затем в сентябре 1516 года созвала Провинциальные Штаты в Риоме, чтобы собрать причитающиеся ей подати. В сентябре 1521 года Анна вновь потребовала уплаты задолженностей по налогам, что свидетельствует о трудностях, которые она, несмотря на свою власть, испытывала в отстаивании своих прав[207]. Кроме того, ей пришлось столкнуться с конкуренцией в области налогообложения со стороны королевских чиновников. Так, жители герцогства Овернь предпочитали вести переговоры с королевским бальи, находившимся в Монферране, а не с сенешалем Риома, представлявшим герцогиню[208].

Помимо налогового вопроса, герцогиня пыталась сохранить свои права и привилегии от посягательств королевской власти, которую она сама когда-то помогла укрепить, но чьи интересы теперь шли вразрез с её собственными.

Сыграв однажды решающую роль в управлении государством, Анна приступила к модернизации экономики и администрации своего герцогства. Обширность подвластной герцогине территории, означала, что культурная, языковая и правовая рознь препятствовала объединению и созданию эффективной и современной администрации.

Что мы подразумеваем под термином "современная", который может показаться несколько анахроничным? Около 1500 года, на заре эпохи Возрождения, современным считалось все, что основывалось на письменном слове и законе. Мы затронули эту тему, когда говорили об институционализации регентства, но динамика была глобальной. Такая остроумная и властная женщина, как Анна, очень рано осознала силу письменного слова. В герцогстве, где говорили как минимум на трех языках, принцесса старалась поощрять использование французского языка всеми жителями. Счета должны были вестись на французском, чиновников набирали при условии, что они свободно им владеют, а нотариусов поощряли использовать именно его, а не латынь[209]. Ордонанс 1518 года, касающийся Божоле, свидетельствует о том, насколько для герцогини была важна языковая унификация. Этим ордонансом, целью которого была реформа системы правосудия в Божоле, Анна, для составления всех процессуальных документов ввела французский язык. Судя по всему, герцогиня стала предтечей в своём административном и политическом управлении, поскольку подобное решение было принято почти за двадцать лет до эдикта Франциска I в Виллер-Котре, который установил французский язык в качестве официального языка для административных актов[210].