Началась игра альянсов, лиг и тайных договоров. Поскольку "ни один принц не мог противостоять королю в одиночку"[60], мятежники прибегали к созданию альянсов, которые, приобретая значительные масштабы, неизбежно приводили к войне. Это был обычный ход событий повторявшийся при каждом из дворянских мятежей, сотрясавших королевство с середины XV века и позже. Как обычно, принцы начавшие войну объединили свои силы в одну армию, куда каждый из них привел несколько сотен копий. Целью развязанной войны был захват короля и власти, причём эти два устремления шли рука об руку, к тому же мятежники хотели раз и навсегда устранить супругов де Божё. Мятеж для принцев был благородным ритуалом, способом их самовыражения.

С 1484 по 1487 год лиги создаваемые обеими сторонами сменяли друг друга, а союзы регулярно заключались, разрывались и обновлялись. Очень часто в договорах, заключаемых обеими сторонами, через очень короткие промежутки времени встречались одни и те же имена. Герцоги Бурбонские и Лотарингские переходившие с одной стороны на другую, являются тому ярким примером.

Самая важная лига, созданная 13 декабря 1486 года, собрала вокруг герцогов Орлеанского и Бурбонского большое количество принцев и принцесс: Жан де Шалон, принц Оранский, Франсуаза де Динан, графиня де Лаваль и дама де Шатобриан, бретонский барон Жан де Рье, король, королева и принцесса Наваррские, герцог Бретонский, кардинал де Фуа, герцог Лотарингский, графы Ангулемский, Неверский, Дюнуа и Комменж, сеньоры д'Альбре, де Лотрек, де Понс и д'Орваль[61]. Бароны Бретани и южной Франции были представлены в этой лиге в почти полном составе. Завершил создание лиги союз заключенный 16 декабря 1486 года между Максимилианом Австрийским и герцогом Орлеанским, добавивший иностранного участника в борьбе против супругов де Божё[62].

14 февраля 1487 года настал черед Карла Ангулемского, до этого момента нечасто проявлявшего активность, заключить союз с принцессой Мадлен Французской, сестрой Людовика XI, королем Наварры Жаном д'Альбре и его женой Екатериной Наваррской, кардиналом де Фуа, графом Неверским, принцем Оранским и сеньорами д'Альбре, де Лотрек, де Понс и д'Орваль[63]. Хотя он уже был упомянут в договоре от 13 декабря 1486 года, второй принц в очереди наследования короны, чтобы придать лиге большую значимость, лично подтвердил ей свою приверженность. 10 февраля 1487 года Людовик Орлеанский в Нанте обнародовал манифест и вместе с Дюнуа и Франциском II возглавил мятеж.

Безумная война, последний из трех мятежей принцев против королевской власти в XV веке, сотрясала королевство и его бретонские, фламандские и южные окраины на протяжении почти четырех лет.

Первый этап войны начался в январе 1485 года, с битвы при Вернёе, и завершился поражением лигеров при Божанси в сентябре того же года. Людовик Орлеанский и его союзники были вынуждены капитулировать перед королевской армией. В результате граф де Дюнуа, один из лидеров лиги, был сослан в Асти, но герцог Орлеанский получил определенное снисхождение, поскольку адмирал де Гравиль и маршал де Жье пытались спасти его от унижения, рассчитывая заручиться его поддержкой в будущем. Но эта надежда оказалась тщетной.

В 1487 году король, по совету де Гравиля и, прежде всего, своей сестры Анны, решил перенести боевые действия в Гиень на земли сеньора Оде д'Эди, чтобы разгромить и этого мятежника. Идея оказалась мудрой и предприятие увенчалось успехом, могущественному гасконскому барону не удалось объединить свои силы с герцогами Орлеанским и Бретонским.

На севере королевская армия вошла во Фландрию, а затем и в Бретань, где её ждали сражения иного масштаба. Здесь на сцену официально вышли два иностранных государя, ставшие настоящей опорой мятежа: герцог Максимилиан Австрийский, давний враг Франции, который ещё в ноябре 1484 года заявил о своей оппозиции к супругам де Божё и Карлу VIII, и герцог Франциск II Бретонский, ближний кузен Людовика II Орлеанского, Дюнуа и Карла Ангулемского по своей матери Маргарите Орлеанской.

Королевству пришлось вести войну как внутри страны, так и на своих границах. Максимилиан через своих послов пытался разжечь ненависть к Франции в Бретани и Англии, где он подстрекал Ричарда III заявить претензии на французскую корону, а также в Испании, где советовал королю Арагона захватить графства Руссильон и Сердань. Таким образом, южные границы Франции оказались под угрозой со стороны Фердинанда II.

Эти последовательные или чередующиеся войны королевские войска выигрывали одну за другой: в 1486 году Максимилиан был вынужден прекратить борьбу после дезертирства своего союзника, герцога Бурбонского, которого удалось примирить с супругами де Божё. Кроме того, после решительной победы 28 июля королевской армии при Сент-Обен-дю-Кормье, 20 августа 1488 года, Франциск II Бретонский был вынужден подписать Саблейский мир, известный также как Фруктовый договор,

Это поражение значительно пошатнуло оппозицию, лишив её главных лидеров, попавших в плен. Выйдя из войны победителями, Анна и Пьер навязали Бретани бескомпромиссный мир, особенно в том, что касалось брака наследницы Франциска II, Анны Бретонской, который теперь мог быть заключен только с одобрения короля Франции. Теоретически этот пункт позволял исключить любые неуместные альянсы, не отвечающие интересам королевства.

В 1488 году на сторону королевской партии перебежали многие из бывших противников. Хотя война не была закончена, в королевстве установилось перемирие, поскольку партия принцев пыталась оправиться от поражений 1488 года. 4 сентября 1491 года, навязанный королем, мир в Ла-Флеш официально положил конец конфликту, разделив герцогов Бурбонского и Орлеанского и заставив их по очереди принести присягу верности.

На протяжении всей этой Безумной войны принцесса Анна занимала в замыслах мятежных принцев совершенно особое место. Было ли это признаком зависти к её положению в королевстве или причиной тому был её пол? Автор книги Старшая дочь фортуны (L'Ainsnée fille de fortune) объясняет эту ситуацию ревностью принцев, "завидующих тому, что она управляет королевством"[64]. Очень быстро вопрос о месте принцессы во главе королевства и рядом с королем стал одной из главных забот мятежников. По справедливому выражению Алена Бушара, супруги де Божё "полностью контролировала молодого короля, от имени которого они вели все дела королевства"[65]. Чем больше времени проходило, тем больше Анна, обладавшая желанной для принцев властью, становилась объектом их ненависти.

Заключаемые альянсы отражали стремление принцев отстранить от власти именно её. Близкий друг герцога Франциска II Бретонского бесцеремонно заявил:

Таким образом, противники Анны надеялись, отправить принцессу в её графство Жьен, чтобы управлять не своим домашним хозяйством в современном понимании этого термина, а своими сеньориальными владениями. Целью мятежников было заполучить в свои руки короля, чего можно было добиться, только устранив его сестру. Принцы решили "объединить усилия", чтобы "лишить её власти" и "изгнать от двора"[67]. Её боялись и с ней боролись, потому что власть была сосредоточена именно в её руках. Принцы даже пытались организовать на неё покушение, если верить Ланде, секретарю Франциска II Бретонского, который несколько лет спустя заявил, что многие хотели её смерти.