Джонсон отвечал на подобные возражения тем, что проводил различие между индивидуальной и коллективной изменой. Он не собирался, по крайней мере вначале, позволять отдельным предателям уйти невредимыми. Он хотел защитить южные штаты, а не лидеров Конфедерации. Но каким бы логически правдоподобным ни казался аргумент Джонсона, даже ему пришлось сделать из него исключение. В конце концов, он назначал временных губернаторов, назначал новые конституционные съезды штатов и требовал определенных условий для воссоединения: согласия на отмену рабства, отказа от сецессии и, позднее, отказа от долга Конфедерации. Ничего из этого, как отметил Шурц, не было частью современной конституционной теории. Если он мог сделать все это, спрашивали радикалы, то почему он не мог потребовать права голоса для чернокожего мужского населения?[65]

На практике Джонсон был готов расширить свои полномочия, если это отвечало его стремлению к быстрой реинтеграции и амнистии. С юридической точки зрения мало кто из назначенных им губернаторов Юга имел право занимать должность, а то и вовсе никто. В 1862 году Конгресс потребовал, чтобы все федеральные чиновники приносили так называемую «железную присягу» о том, что они верны Соединенным Штатам и всегда были верны им. Версии этой присяги были обязательны для конгрессменов и включены в новые конституции Теннесси, Миссури и Мэриленда. Амнистия не отменяла этого требования, но Джонсон предпочел проигнорировать закон. Когда стало очевидно, что квалифицированных назначенцев для вновь открываемых на Юге американских налоговых служб не найти, если требовать железной присяги, Джонсон заменил ее клятвой, в которой оговаривалась только будущая лояльность Соединенным Штатам.[66]

Несмотря на то что Джонсон проигнорировал клятву, он все же выбрал в качестве мишени главных мятежников. Он освободил от амнистии четырнадцать отдельных категорий мятежников; наиболее значимыми из них были высокопоставленные чиновники Конфедерации и те, кто владел налогооблагаемой собственностью стоимостью более 20 000 долларов. Эти высокопоставленные чиновники и богачи должны были подавать индивидуальные прошения о помиловании. Без помилования им запрещалось участвовать в государственных делах, а их имущество подлежало конфискации. Несмотря на всеобщую амнистию и назначения на Юге, Джонсон, похоже, всерьез не собирался наказывать людей, подтолкнувших Юг к восстанию, но к концу лета он стал помиловать сотни людей в день и возвращать им их собственность.[67]

Назначая оставшихся временных губернаторов бывших штатов Конфедерации в мае, июне и июле 1865 года, Джонсон снова проигнорировал требования о присяге; однако он выбрал людей, которые либо выступали против сецессии, либо не играли ведущей роли в ее ускорении, даже если впоследствии они служили Конфедерации. Он стремился укрепить юнионистов на Юге там, где мог их найти, и найти пособников среди более умеренных конфедератов, обычно старых вигов, там, где не мог. Его политика заключалась в том, чтобы сделать снисхождение «пружиной лояльного поведения и правильного законодательства, а не навязывать им законы и условия с помощью внешней силы». Кроме отмены рабства и отказа от сецессии, он не требовал обязательств по преобразованию Юга.[68]

Прокламации Джонсона ознаменовали начало президентской Реконструкции и усложнили запутанную политическую ситуацию. Часто казалось, что определяющим качеством президентской Реконструкции было спорадическое отсутствие в ней президента. Власть президента основывалась на его военных полномочиях. Когда беспорядки и насилие продолжались после капитуляции армий Конфедерации, военные полномочия и военное положение оставались в силе. Ни Джонсон, ни республиканский Конгресс не считали, что поражение армий Конфедерации означает мир. Военное время и военные полномочия сохранялись до тех пор, пока гражданское правительство не было полностью восстановлено. Джонсон мог вмешиваться и вмешивался, чтобы ограничить действие военного положения, но его вмешательство часто было фрагментарным и спорадическим.

Офицеры на местах обладали большой свободой действий. Как и во время войны, начальники военной полиции, прикомандированные к большинству северных армий, определяли свободу передвижения южан, контролировали их доступ к припасам и управляли городами и поселками. Согласно Закону о конфискации 1862 года, они могли конфисковать имущество нелояльных граждан на Юге и часто брали на себя организацию и надзор за трудом вольноотпущенников.[69]

После распада Конфедерации армия управляла Югом как завоеванной территорией на военном положении, и обязанности военных постоянно возрастали. Армия действовала как агентство по оказанию помощи, полиция, суд, бюро общественных работ и школьная система. Хотя прокламации Джонсона восстановили ограниченное гражданское правительство на Юге, они не положили конец военному положению, которое сохранялось в течение всего 1865 и большей части 1866 года. Двойная власть обеспечивала бесконечные столкновения юрисдикций между военными судами, управляемыми маршалами-провокаторами, судами, управляемыми Бюро свободных людей, и гражданскими судами.[70]

Джонсон активно враждовал с Бюро вольноотпущенников. Конгресс учредил Бюро по делам беженцев, вольноотпущенников и заброшенных земель 3 марта 1865 года, еще до убийства Линкольна. Создав это бюро, Конгресс наделил федеральное правительство новыми полномочиями, что он будет делать неоднократно. Еще более необычно то, что он создал и укомплектовал штат агентства, предназначенного для реализации этих полномочий. Конечно, это было временное учреждение, срок действия которого истекал через год после прекращения существования Конфедерации, но до тех пор Бюро свободных людей имело право регулировать «все вопросы, связанные с беженцами и освобожденными из мятежных штатов». На значительных территориях Юга полномочия Бюро в отношении беженцев позволяли ему оказывать белым в два-четыре раза больше помощи, чем черным. Его реальная власть зависела от военных. Одновременно на местах не работало более девятисот агентов.[71]

Бюро по делам вольноотпущенников находилось в ведении Эдвина Стэнтона и Военного министерства. Во главе его стоял генерал-майор Оливер Отис Ховард, «христианский генерал». Говард потерял руку на войне, но не веру в тысячелетнюю миссию Соединенных Штатов. Чувства Говарда и назначенных им суперинтендантов по отношению к вольноотпущенникам проистекали из евангельской веры северян в возвышение, личное и национальное спасение. Все первоначальные помощники Говарда были протестантами. Большинство из них получили высшее образование в то время, когда мало кто учился в колледжах, и практически все они были выходцами с Северо-Востока и Среднего Запада. Большинство из них служили в армии, но лишь немногие были кадровыми военными. Как и Говард, они не считали чернокожих равными себе, но разделяли его непосредственную цель — предоставить им возможности и справедливость, под которой они подразумевали «защиту, землю и школы». В отличие от радикальных республиканцев в Конгресс, Говард не делал акцент на голосовании. Его целью не было немедленное влияние чернокожих на политику.[72]

Женщины-аболиционистки, работавшие в бюро и за его пределами, были одними из самых решительных сторонников помощи освобожденным. Они связывали деятельность Бюро вольноотпущенников с более широкими стремлениями использовать правительство для проведения реформ и рассматривали трудоустройство женщин в бюро и других государственных структурах как шаг к равноправию и избирательному праву для женщин. Яростное отстаивание Джозефиной Гриффинг прав вольноотпущенников и женщин в бюро привело к ее увольнению.[73]