Много пережила Данилова обитель на протяжении своей 700-летней истории. Большую роль она сыграла в 1591году в отражении нападения крымского хана Казы-Гирея. В 1606 году у Данилова монастыря произошло сражение отрядов бунтовщиков под предводительством Ивана Болотникова с армией царя В. И. Шуйского, а через столетие близ святой обители был казнен Илейко Муромец — один из самозванцев, казацкий «царевич Петр». В Смутное время поляки сильно разорили монастырь, и он выжил в немалой степени благодаря щедрым вкладам, которые дарили ему все государи в память о своем предке.

В XVII веке Русская православная церковь причислила князя Даниила к лику святых. По преданию, этому событию предшествовало знаменательное событие. Святой благоверный князь Даниил явился во сне царю Алексею Михайловичу в ореоле славы. Это посчитали за небесное знамение, и 30 августа 1652 года патриарх Никон с собором епископов в присутствии царя торжественно вскрыл гробницу князя. Так были обретены нетленные святые мощи князя Даниила, которые были с особым почетом перенесены в монастырский храм_Святых Отцов Семи Вселенских соборов и упокоены в деревянной гробнице у правого клироса. По церковному преданию, во время обретения мощей князя Даниила Александровича произошло немало чудесных исцелений.

Данилов монастырь обнесли новой красивой стеной из кирпича с башнями, в соборном храме освятили придел во имя св. Даниила Московского, а на его гробницу сделали серебряный оклад. Его украли наполеоновские воины, однако уже в 1817 году св. мощи князя Даниила были положены в новую серебряную раку. На стене поместили икону св. князя Даниила, писанную в полный рост на бывшей верхней крышке его деревянной гробницы.

В XVIII веке, в память о первой, древнейшей церкви обители, над притвором и папертью соборного храма возвели трехъярусную церковь св. Даниила Столпника, а в следующем столетии были выстроены колокольня и новые храмы, в том числе и церковь Св. Живоначальной Троицы. Она была построена в стиле позднего классицизма О.И. Бове, незадолго до его смерти и стала одним из последних сооружений великого архитектора. Храм был возведен на высоком подклете. В наше время в нем находится церковь Рождества Иоанна Предтечи.

Троицкий собор — самый большой собор монастыря. Он вмещает более трех тысяч человек

Шли годы, неспешная молитвенная монашеская жизнь продолжалась заведенным веками порядком, обитель богатела и одновременно благоустраивалась. Традиционно значительная часть средств, поступавших в монастырь, расходовалась на дела благотворительности и милосердия. В 1902 году в бывшем братском трехэтажном корпусе была открыта и освящена больница-приют для немощных и престарелых иноков мужских монастырей Московской епархии. Больничные палаты соединялись с надвратной подколокольной церковью преподобного Симеона Столпника и стеной монастыря особой пристройкой и лестницей с аркой. В самой церкви, до этого холодной, по проекту архитектора П.А. Виноградова было устроено водяное и духовое отопление с вентиляцией; деревянные лестницы и подоконники заменены на каменные — из тарусского мрамора.

Так выглядел Даниловский монастырь в 1883 году

После переустройства надвратной церкви во все воскресные и праздничные дни в ней стали совершаться богослужения, в которых участвовали престарелые и немощные монашествующие, что «доставляло им высокое религиозное утешение». Здесь же ученики церковноприходской школы при монастыре читали и пели на клиросе, а некоторые приглашались на колокольню и помогали даниловским звонарям благовестить.

В XIX–XX вв. на территории обители располагалось одно из древнейших московских кладбищ. Здесь обрели место своего последнего упокоения многие иерархи Церкви, а также такие выдающиеся деятели русской культуры, как славянофилы Ю.Ф. Самарин и А.С. Хомяков, поэт Н. Языков, музыкант Н.Г. Рубинштейн, художник В.Г. Перов, знаменитый писатель Н.В. Гоголь; а также купцы: Захаровы, Куманины, Овчинниковы, Хлебниковы; представители старинных дворянских родов: Волконские, Вяземские, Голицыны, Львовы, Мещерские, Урусовы и другие.

Разрушенный надвратный храм Симеона Столпника

За свою долгую историю монастырь повидал много. После революции 1917 года обитель была оплотом православия и продержалась поразительно долго — вплоть до осени 1930 года.

По иронии судьбы, первый московский монастырь был закрыт самым последним в Москве. Монастырские храмы подверглись опустошению и перестройкам, была разобрана монастырская колокольня. Сокрушительная буря революции подорвала самые основы народной жизни. Государственной религией был объявлен атеизм, началась война против Бога и Церкви.

Храм Воскресения Словущего в Даниловской слободе

31 мая 1931 года в присутствии специальной комиссии были вскрыты захоронения Гоголя, Рубинштейна, Перова, Хомяковых и Языкова. Их прах перенесли на Новодевичье кладбище, а художника Василия Перова перезахоронили на кладбище Донского монастыря. После этого старинный монастырский некрополь с оставшимися могилами был варварски уничтожен, а на его территории устроили детскую колонию НКВД для детей репрессированных лиц и многочисленные склады.

На монастырском дворе установили памятник Ленину, и вместо монахов в стенах древнейшей московской обители поселились «малолетние преступники».

По свидетельству очевидцев, колонистам было очень тесно в бывших иноческих кельях, и порой им приходилось даже обедать прямо на могильных плитах вместо столов. В результате дети часто болели и умирали. Их хоронили здесь же, в обители святого Даниила.

После закрытия монастыря большинство монахов обители были сосланы в лагеря или расстреляны. Оставшаяся на свободе часть братии служила в храме Воскресения Словущего в Даниловской слободе (храм к югу от монастыря), а в 1932 году его закрыли и передали под различные учреждения. Мощи святого князя Даниила бесследно исчезли, и дальнейшая их судьба неизвестна.

В 1937 году правительство приняло решение о повсеместном истреблении архиереев и священнослужителей, где бы они ни находились — в лагерях, в ссылках, под следствием или на свободе. Все кровавое «мероприятие» было приравнено к военной операции, с привлечением войсковых подразделений.

Арестованных приговаривали по двум категориям: по первой — к расстрелу, по второй — к 10 годам заключения в исправительно-трудовом лагере. Мало кто из архиереев и священнослужителей Русской Православной Церкви пережил этот период. Большинство епархий были разгромлены полностью. Чудом оставшихся в живых священнослужителей оставались единицы.

Более семидесяти лет на месте монастыря царила «мерзость запустения». То, что не уничтожили люди, разрушило время. Казалось, обитель погибла безвозвратно. Но Господь судил иначе. «В смутных обстоятельствах нам не предупредить Господа, хотя бы все приходило в страшную гибель… — писал святитель Иоанн Златоуст еще в 404 году. — Если он творит несущее сущим, нигде и никогда не являющемуся дарует бытие, тем легче Ему поправить то, что есть и что давно было».

Новейшая история Свято-Данилова монастыря связана с празднованием 1000-летия крещения Руси. В 1982 году Святейший Патриарх Московский и всея Руси Пимен обратился в Политбюро с просьбой выделить для устройства официальной резиденции Московской Патриархии один из московских монастырей. Предлагалось на выбор четыре монастыря. Патриарх Пимен, который всегда почитал святого князя Даниила, без колебаний выбрал разрушенный к тому времени монастырь святого Даниила. Однако, несмотря на патриарший выбор, Брежнев незадолго до смерти подписал указ о возвращении Патриархии Донского монастыря. Через неделю после «исторической подписи» Леонид Ильич умер, и церкви отдали Данилов монастырь. Так, по воле Судьбы и Бога, самый первый московский монастырь, основанный первым великим князем Москвы, открывался вновь самым первым в нашем городе.