Возбужденное этой агитацией, общество возмущалось нерешительностью военного министра Мерсье, который сомневался в виновности Дрейфуса и медлил с преданием его суду. Под этим давлением министр, боявшийся испортить свою служебную карьеру, решил предать Дрейфуса военному суду. Во время разбора дела в суде членам его была подсунута пачка документов («секретное досье»), будто бы уличающих подсудимого; между ними находилась похищенная из германского посольства заметка, где говорилось о получении плана укрепления Ниццы при помощи «канальи Д.» («ce canaille de D.»), и военных судей старались убедить, что этой начальной буквой обозначен Дрейфус. Все было подстроено так, чтобы суд вынес Дрейфусу, упорно отрицавшему свою вину, обвинительный приговор. Признанный виновным в государственной измене, Дрейфус был приговорен к публичному разжалованию (degradation) и бессрочному заключению (22 декабря 1894). Церемония разжалования совершилась при большом стечении народа на Марсовом Поле в Париже. Когда был прочитан приговор суда об исключении «изменника» из армии, Дрейфус воскликнул: «Вы осудили невинного. Да здравствует Франция, да здравствует армия!» Он продолжал выкрикивать эти слова, когда офицер срывал с него эполеты и ломал шпагу над его головою, а разъяренная толпа кричала: «Смерть изменнику!» В угоду толпе власти делали все возможное, чтобы превратить пожизненное заключение осужденного в длительную смертную казнь. Дрейфуса отправили за океан, на один из островов Французской Гвианы (Кайенна) в Южной Америке, который вследствие своего губительного климата назывался «Чертов остров» (île du Diable). Жена Дрейфуса хотела последовать за ним в ссылку, но ей, вопреки закону, отказали в этом. Оторванный от мира, подавленный презрением целой нации, у которой он искал славы, Дрейфус был как бы заживо погребен на пустынном, скалистом острове посреди океана.
Тяжело было положение французских евреев после осуждения Дрейфуса. Клеймо презрения, наложенное на одного человека, легло на всех его соплеменников. Антисемиты и клерикалы приобрели твердую почву под ногами. Они теперь могли клеветать сколько угодно в публичных собраниях, с парламентской трибуны и в печати. Они требовали удаления евреев от государственной службы, готовясь постепенно добиться полной отмены гражданского равноправия. «Изменник Дрейфус» стал в этих кругах общества синонимом еврея вообще. Само французское еврейство, национально обезоруженное долгим процессом ассимиляции, не могло противопоставить своим врагам организованную общественную силу. Только реабилитация осужденного могла изменить отношения французов к еврейству, но путь к этому был чрезвычайно труден, ибо восстановить честь невинно пострадавшего значило бы разоблачить махинации генерального штаба и военного министерства, т. е. поколебать престиж Франции перед иностранцами — перед союзной Россией и враждебной тройственной коалицией. И действительно, когда после двухлетнего томления узника на Чертовом острове началась борьба за пересмотр его дела, в стране поднялась такая политическая буря, которая не раз грозила крайнею опасностью всему французскому еврейству.
Среди офицеров французского генерального штаба нашелся один честный человек, который решился распутать клубок лжи и подделок, опутавший дело Дрейфуса. Назначенный начальником разведочного бюро в 1896 году, полковник Пикар (Picquart) ознакомился с содержанием того «секретного досье», которое было тайно предъявлено суду перед осуждением Дрейфуса, и убедился, что там нет никаких подлинных документов, уличающих осужденного. В то же время Пикару удалось напасть на след действительного преступника. Была перехвачена городская телеграмма, адресованная военным агентом германского посольства на имя французского майора Эстергази (Esterhazy) и свидетельствовавшая о причастности последнего к делу шпионажа. Вскоре выяснилось, что и «бордеро» есть дело рук этого беспутного офицера, который издавна продавал агентам иностранных государств секретные документы французского военного министерства. Вопрос заключался в том, был ли Эстергази единственным шпионом, или Дрейфус был его соучастником. Пикар уже был на пути к выяснению невиновности еврейского капитана, но встретил на этом пути отчаянное сопротивление со стороны своего помощника по бюро разведок, коменданта Анри (Henry), приятеля Эстергази и сочинителя тех подлогов, которые привели к осуждению Дрейфуса. Выяснение вины Эстергази могло бы погубить самого Анри, и он для устранения опасности прибег к новой подделке и закулисному воздействию на бульварную прессу. В одной газете появилось известие, что в главном штабе имеется еще один тайный документ, где фамилия Дрейфус обозначена полностью в связи с актом измены. В ответ на это еврейский публицист Бернар Лазар, сотрудник парижских прогрессивных журналов, опубликовал брошюру («La vérité sur l’affaire Dreyfus», 1896), в которой доказывал, что никаких подлинных документов, изобличающих Дрейфуса, в генеральном штабе нет и что само предъявление подобных апокрифов военному суду без ведома подсудимого и его защитника было грубым нарушением закона. Тут и многие из политических деятелей стали догадываться, что в деле Дрейфуса что-то неладно. Честные депутаты парламента и публицисты стали доискиваться правды, которая грозила большими неприятностями деятелям военного ведомства и реакционных партий. Началась ожесточенная борьба в парламенте, обществе и печати между шовинистами-антисемитами и ревизионистами, или «дрейфусарами», сторонниками пересмотра судебного процесса.
Три года (1896-1899) длилась эта борьба вокруг «дела» («l’affaire»), ставшего центральным политическим вопросом Франции, принципиальным спором между республиканцами и реакционерами, между гуманистами и «националистами». Министерства составлялись и падали в связи с перипетиями «дела»: особенно часто менялись военные министры. Спасая репутацию своего ведомства, военные министры прибавляли к старым обманам новые. Военные власти вели следствие против Эстергази так, что этот заведомый шпион был оправдан судом (январь 1898). Против этой позорной политики поднял свой голос популярный писатель Франции, изобразитель ее современного быта, Эмиль Золя. Он опубликовал в газетах резкий протест в виде письма на имя президента республики Фора (Faure) под заглавием «Я обвиняю» («J’accuse»). Золя обвинял министров, генералов и военных судей в ««совершении величайшего преступления против человечности», жертвою которого является невинный узник Чертова острова. «Я обвиняю, — писал Золя, — первый военный суд в нарушении закона, в осуждении обвиняемого (Дрейфуса) на основании секретного документа. Я обвиняю второй военный суд в том, что он прикрыл это беззаконие и в свою очередь совершил преступление, оправдав заведомого преступника (Эстергази)». Протест Золя произвел в стране огромное впечатление. На скамью подсудимых было посажено все военное ведомство, идол милитаристической Франции. Золя был предан суду присяжных и приговорен за оскорбление военного суда к тюремному заключению на год с уплатою штрафа; кассационный суд утвердил этот приговор, и формально не мог иначе поступить: романист бросил людям обвинение в подделке документов, не имея возможности это доказать, так как секретные документы находились в руках самих обвиняемых и, как военная тайна, не подлежали оглашению. После приговора суда Золя бежал в Англию, чтобы не доставить новой радости врагам правды и выжидать вдали от Парижа исполнения своего пророчества: «Правда идет, и ничто ее не остановит» (La vérité est en marche etc.).
Вся тяжесть борьбы за правду легла теперь на полковника Пикара. За первые свои попытки в деле разоблачения патриотических подлогов он подвергся гонениям от своего военного начальства, но все-таки продолжал свою работу. В открытом письме на имя премьер-министра Бриссона он изъявил готовность доказать, что тайный документ о «шпионе-еврее» сфабрикован в генеральном штабе, а запись о «каналье Д.» относится не к Дрейфусу, а к другому лицу. Но доказательства Пикара не хотели слушать в военном министерстве и предпочли упрятать искателя правды в тюрьму... Между тем произошло событие, которое поколебало антидрейфуса рскую позицию даже в военных кругах. Главный подделыватель Анри вынужден был сознаться перед своим начальником Буадефром, что документ о «шпионе-еврее» им подделан ради патриотической цели — спасения чести армии. Заключенный в тюрьму Анри, предвидя раскрытие других своих подлогов, перерезал себе горло бритвою и умер (31 августа 1898). В то же время бежал за границу и Эстергази, которому теперь грозила опасность заместить Дрейфуса на Чертовом острове. Всем честным людям стало ясно, что пересмотр дела Дрейфуса неизбежен, но прежде, чем это было достигнуто, французским евреям пришлось пережить еще немало тревог.