В темнице Иоанну было одиноко и даже горько. Мало кому из его сторонников было позволено видеться с ним. Он страстно желал увидеть Иисуса, однако ему приходилось довольствоваться рассказами тех своих последователей, которые уверовали в Сына Человеческого. Часто его одолевали сомнения в Иисусе и его божественной миссии. Если Иисус является Мессией, то почему же он ничего не делает для освобождения его из невыносимого заточения? Более полутора лет этот суровый человек — дитя Божьего приволья — томился в презренных застенках. И это заключение стало огромным испытанием его веры в Иисуса и преданности ему. Действительно, весь этот опыт явился великим испытанием самой веры Иоанна в Бога. Много раз его посещали невольные сомнения в подлинности даже своей собственной миссии и деятельности.

Когда прошло несколько месяцев со времени его заточения, Иоанна навестила группа его учеников. Сообщив ему о публичной деятельности Иисуса, они сказали: «Вот видишь, Учитель, тот, кто был с тобою в верховье Иордана, процветает и принимает всех к нему приходящих. Он даже пирует с мытарями и грешниками. Ты показал ему героический пример, однако же он ничего не делает для твоего освобождения». Но Иоанн ответил своим друзьям: «Этот человек может сделать только то, что дано ему его Отцом небесным. Вы хорошо помните мои слова: „Я не Мессия, но я послан пред ним, чтобы подготовить ему путь“. Это я и сделал. Невеста может принадлежать только своему жениху, а друг жениха, стоящий рядом и внимающий ему, премного радуется, слыша голос жениха. Вот и исполнилась эта радость моя. Ему должно возрастать, а мне становиться всё меньше. Я — от мира сего, и я произнес свою проповедь. Иисус Назарянин пришел на землю с небес, и он выше всех нас. Сын Человеческий снизошел от Бога, и он возвестит вам слова Божьи. Ибо сполна одарил Сына духом Отец небесный. Отец возлюбил Сына своего и вскоре одарит его властью над всем. Верующий в Сына имеет жизнь вечную. И эти слова мои истинны и неизменны».

Слова Иоанна настолько поразили его учеников, что они удалились в молчании. Иоанн также был глубоко взволнован, ибо он понял, что произнес пророчество. После этого он уже никогда полностью не сомневался в миссии и божественности Иисуса. Но его горько разочаровало то, что Иисус не послал ему весточки, не пришел навестить его и не воспользовался хотя бы крупицей своего великого могущества, чтобы освободить его из заточения. Однако Иисус знал об этом всё. Он любил Иоанна огромной любовью, но зная теперь о своей божественной сущности и всех великих вещах, уготованных Иоанну после отбытия из этого мира, а также зная, что дело Иоанна на земле было завершено, он заставил себя не вмешиваться в естественное течение жизни великого проповедника и пророка.

Долгое и томительное ожидание в заточении было невыносимо. За несколько дней до смерти Иоанн вновь направил доверенных посланников Иисусу, спрашивая: «Завершен ли мой труд? Зачем я гибну в темнице? Ты ли Мессия, или ждать нам другого?» И когда два этих ученика передали послание Иисусу, Сын Человеческий ответил: «Идите к Иоанну и скажите ему, что не забывчивость моя позволила этому случиться, ибо нам должно исполниться праведностью. Расскажите Иоанну, что вы видели и слышали, расскажите, что нищим благовествуют, и, наконец, расскажите возлюбленному глашатаю моей земной миссии, что он будет премного благословен в век грядущий, если не будет поколеблен и не усомнится во мне». Это известие стало последним, которое Иоанн получил от Иисуса. Оно чрезвычайно утешило его и имело большое значение в укреплении его веры и подготовке к трагическому концу жизни во плоти, столь быстро постигшему его после этого незабываемого события.

Поскольку в момент своего ареста Иоанн трудился в южной Перее, он был сразу же доставлен в крепость Махерон, где находился в заключении вплоть до своей казни. Ирод правил Переей, равно как и Галилеей, и в те времена его перейские резиденции находились как в Юлии, так и в Махероне. В Галилее официальная резиденция переместилась из Сепфориса в новую столицу — Тивериаду.

Ирод не освобождал Иоанна, поскольку боялся, что тот поднимет восстание. Он не предавал его смерти, поскольку опасался массовых волнений в столице — тысячи переян считали Иоанна святым человеком, пророком. Поэтому Ирод держал назорейского проповедника в темнице, не зная, что с ним делать. Иоанн несколько раз представал перед Иродом, однако наотрез отказался покинуть владения Ирода или воздержаться от всякой публичной деятельности в случае своего освобождения. А новое, постоянно нараставшее беспокойство из-за Иисуса Назарянина подсказывало Ироду, что не время отпускать Иоанна на свободу. Кроме того, Иоанн вызывал глубокую ненависть Иродиады — незаконной жены Ирода.

Ирод неоднократно говорил с Иоанном о царстве небесном, и хотя порой содержание этих разговоров производило на него сильное впечатление, он боялся освободить Иоанна из тюрьмы.

Ввиду того, что в Тивериаде всё еще велось широкое строительство, Ирод проводил много времени в своей перейской резиденции, питая особую слабость к крепости Махерон. Прошло несколько лет, прежде чем были готовы все общественные здания и официальная резиденция в Тивериаде.

Отмечая день своего рождения, Ирод устроил роскошный пир в махеронском дворце для своих старших офицеров и других чиновников, занимавших высокие посты в советах правления Галилеи и Переи. Поскольку прямые обращения Иродиады к Ироду с требованием казнить Иоанна ни к чему не привели, она решила добиться смерти пророка коварством.

В разгар вечернего застолья и развлечений Иродиада вывела к гостям свою дочь и попросила исполнить для них танец. Ирод, которому чрезвычайно понравилось выступление девицы, подозвал ее к себе и сказал: «Ты очаровательна. Я очень доволен тобой. Сегодня, в день моего рождения, проси меня о чём угодно — всё будет твоим, хоть полцарства». Ирод говорил всё это, находясь под сильным воздействием изрядного количества вина. Девушка отошла в сторону и спросила у своей матери, чего ей следует попросить у Ирода. «Подойди к Ироду и попроси голову Иоанна Крестителя». И молодая особа, вернувшись к праздничному столу, сказала Ироду: «Я прошу, чтобы ты тотчас подал мне на подносе голову Иоанна Крестителя».

Страх и скорбь охватили Ирода, однако из-за клятвы, данной им в присутствии всех сидящих с ним за столом, он не смог отказать в просьбе. И Ирод Антипа отправил стражника, велев ему принести голову Иоанна. Так в ту ночь Иоанн был обезглавлен в темнице, и стражник принес голову пророка на подносе и подал его девушке в дальнем углу парадного зала. И девица передала поднос своей матери. Когда ученики Иоанна узнали об этом, они пришли за его телом и, положив его в гробницу, отправились к Иисусу и рассказали ему о случившемся.