Погруженный в процесс быстрого крещения столь огромного числа новообращенных, Иоанн не поднимал головы и увидел Иисуса только тогда, когда Сын Человеческий оказался непосредственно перед ним. Когда Иоанн узнал Иисуса, он приостановил на время обряд, чтобы поприветствовать своего родственника во плоти, и спросил: «Но отчего, приветствуя меня, ты сошел в воду?» Иисус ответил: «Чтобы принять от тебя крещение». Иоанн возразил: «Это я должен креститься у тебя. Так почему же ты пришел ко мне?» Иисус прошептал Иоанну: «Пусть пока будет так, ибо нам положено показать пример моим братьям, стоящим здесь вместе со мной, и чтобы люди узнали, что мое время исполнилось».

Категорично и властно звучал голос Иисуса. Иоанн затрепетал от волнения, приготовившись крестить Иисуса Назарянина в Иордане в полуденный час в понедельник, 14 января 26 года н. э. Так Иоанн крестил Иисуса и двух его братьев, Иакова и Иуду. После этого Иоанн отпустил остальных, объявив, что он возобновит крещение в полдень на следующий день. Когда люди расходились, четыре человека, всё еще стоявшие в воде, услышали странный звук, и вскоре над головой Иисуса на мгновение возникло видение, и они услышали голос: «Вот Сын мой возлюбленный, к которому я благоволю». Разительная перемена произошла во всём облике Иисуса, и, молча выйдя из воды, он покинул их, направившись к восточным холмам. И ни один человек не видел Иисуса в течение сорока дней.

Провожая Иисуса, Иоанн успел рассказать ему о посещении Гавриилом Елисаветы еще до того, как они появились на свет, — историю, которую он не раз слышал от своей матери. Он оставил Иисуса, продолжавшего свой путь, сказав: «Теперь я знаю наверняка, что ты — Освободитель». Но Иисус ничего не ответил.

Когда Иоанн вернулся к своим ученикам (к этому времени рядом с ним постоянно находилось около двадцати пяти или тридцати человек), они увлеченно обсуждали только что произошедшее событие, связанное с крещением Иисуса. Они пришли в еще большее изумление, после того как Иоанн поведал им о явлении Гавриила к Марии незадолго до рождения Иисуса, а также о том, что Иисус не произнес ни слова, когда он рассказал ему об этом. В тот вечер дождя не было, и эти тридцать или более человек проговорили под звездным небом далеко за полночь. Они желали знать, куда ушел Иисус и когда они увидят его снова.

После случившегося в тот день по-новому зазвучала проповедь Иоанна, провозглашавшая грядущее царство и долгожданного Мессию. Эти сорок дней, проведенные в ожидании, — ожидании возвращения Иисуса, — были напряженным временем. Но проповедь Иоанна продолжала звучать с огромной силой, и примерно в это же время его ученики начали проповедовать толпам народа, собиравшимся вокруг Иоанна у Иордана.

В течение этих сорока дней ожидания появилось множество слухов, которые распространялись в округе и достигли даже Тивериады и Иерусалима. Желание увидеть того, кого считали Мессией, притягивало к лагерю Иоанна тысячи людей — однако Иисус исчез. А когда ученики Иоанна заявили, что странный Божий человек ушел в горы, многие усомнились во всей этой истории.

Примерно через три недели после того как Иисус покинул их, на место событий у Пеллы прибыла новая делегация, посланная иерусалимскими священниками и фарисеями. Они прямо спросили Иоанна, является ли он Илией или тем пророком, о котором говорил Моисей. И когда Иоанн ответил «нет», они решились спросить: «Мессия ли ты?», — и Иоанн ответил: «Нет». Тогда пришедшие из Иерусалима сказали: «Если ты не Илия, не пророк и не Мессия, то что же ты крестишь людей и поднимаешь весь этот шум?» И Иоанн ответил: «Пусть слышавшие меня и получившие от меня крещение скажут, кто я, но говорю вам: я крещу водой, но среди нас был тот, кто вернется, чтобы крестить Святым Духом».

Эти сорок дней были трудным временем для Иоанна и его учеников. Какими будут взаимоотношения Иоанна с Иисусом? Люди искали ответа на множество вопросов. Начало проявляться политиканство и эгоистическое желание выдвинуться. Вспыхивали ожесточенные споры вокруг различных идей и представлений о Мессии. Будет ли он военным руководителем и царем, как Давид? Разобьет ли он римские армии подобно Иешуа, разгромившему ханаанеев? Или же он придет для установления духовного царства? Иоанн и меньшая часть спорящих склонялись к мнению, что Иисус пришел для установления царства небесного, хотя ему было не совсем ясно, в чём именно заключалась миссия по созданию этого царства.

Это были напряженные дни в жизни Иоанна, и он молился о возвращении Иисуса. Некоторые из учеников Иоанна организовали поисковые партии, готовые отправиться на розыск Иисуса, однако Иоанн запретил им делать это, сказав: «Наши дни — в руках Бога небесного; он направит своего избранного Сына».

Наступило раннее утро субботы, 23 февраля, когда во время утренней трапезы Иоанн и его ученики обратили свой взор на север и увидели приближавшегося к ним Иисуса. Когда он подошел, Иоанн взобрался на большой камень и своим звучным голосом прокричал: «Вот Сын Божий, освободитель мира! Это тот, о ком я сказал: „Вслед за мной идет человек, который превосходит меня, ибо он существовал до меня“. Для этого пришел я из пустыни проповедовать покаяние и крестить водой, возвещая приближение небесного царства. И вот идет тот, кто будет крестить вас Святым Духом. И видел я, как божественный дух снизошел на этого человека, и услышал голос Божий: „Вот Сын мой возлюбленный, к которому я благоволю“».

Иисус попросил их вернуться к еде и сел вместе с Иоанном, чтобы разделить с ним трапезу. К тому времени его братья, Иаков и Иуда, уже вернулись в Капернаум.

На следующий день, ранним утром, он покинул Иоанна и его учеников и отправился назад в Галилею. Он ничего не сказал им о том, когда они увидят его вновь. На вопросы Иоанна о его собственных проповедях и миссии Иисус только ответил: «Мой Отец будет направлять тебя ныне и впредь, так же как и в прошлом». И два великих человека расстались в то утро на берегах Иордана, чтобы уже никогда не встретиться во плоти.

Поскольку Иисус отправился в Галилею, Иоанн чувствовал побуждение повернуть назад, на юг. Поэтому воскресным утром, 3 марта, Иоанн и оставшиеся ученики вышли на юг. Тем временем около четверти ближайших последователей Иоанна направились в Галилею в поисках Иисуса. Печаль и смущение охватили Иоанна. Он уже никогда не проповедовал так, как до крещения Иисуса. Какое-то чутье подсказывало ему, что ответственность за грядущее царство более не лежит на его плечах. Он чувствовал, что его труд подходит к концу. Он был безутешен и одинок. Однако он проповедовал, крестил и продолжал идти на юг.

Иоанн остановился на несколько недель неподалеку от деревни Адам, и именно здесь он выступил с достопамятной критикой Ирода Антипы за незаконное присвоение чужой жены. К июню этого года (26 года н. э.) Иоанн вернулся на переправу у Бетании. Больше года прошло с тех пор, как здесь, у этой переправы через Иордан, он впервые начал проповедовать грядущее царство. На протяжении нескольких недель после крещения Иисуса характер проповедей Иоанна постепенно менялся. Его призывы превратились в проповедь милосердия к простым людям, в то время как он с новой силой обличал продажных политических и религиозных правителей.

Ирод Антипа, на чьей территории Иоанн вел свои проповеди, стал опасаться, что Иоанн и его ученики поднимут восстание. К тому же Ирода возмущало то, что Иоанн во всеуслышание критиковал его семейные дела. Учитывая всё это, Ирод принял решение посадить Иоанна за решетку. Так, ранним утром 12 июня, до того как толпы людей собрались, чтобы услышать проповеди и увидеть крещение, Иоанн был арестован людьми Ирода. Шли недели, но Иоанн оставался в заточении. Его ученики разбрелись по всей Палестине, и многие из них отправились в Галилею, чтобы присоединиться к последователям Иисуса.