Захария умер после продолжавшейся несколько месяцев болезни, в июле 12 года н. э., вскоре после того как Иоанну исполнилось восемнадцать лет. Это событие привело Иоанна в сильное смятение, ибо обет назорея запрещал прикасаться к покойнику даже в своей собственной семье. Хотя Иоанн решил подчиниться ограничениям данного им обета и не осквернять себя покойником, он не был уверен в том, что выполнил все требования назореев. Поэтому после похорон своего отца он отправился в Иерусалим, где в отведенном для назореев углу женского двора принес жертвы, требуемые для очищения.

В сентябре этого года Елисавета и Иоанн совершили поездку в Назарет, чтобы навестить Марию и Иисуса. Иоанн почти уже решил приступить к делу своей жизни, однако не только слова Иисуса, но и его пример убедили его вернуться домой, чтобы заботиться о матери и дожидаться, когда «пробьет час для дела Отца». Иоанн, получивший большое удовольствие от этой поездки, распрощался с Иисусом и Марией. В следующий раз он встретился с Иисусом только при его крещении в Иордане.

Иоанн и Елисавета вернулись домой и начали составлять планы на будущее. Поскольку Иоанн отказался от пособия для священнослужителей, которое причиталось ему из средств храма, к концу второго года, фактически потеряв свой дом, они решили отправиться на юг вместе с отарой овец. Поэтому летом того года, когда Иоанну было двадцать лет, они переехали в Хеврон. В так называемой «пустыне Иудейской» Иоанн пас своих овец у ручья, питавшего более крупный водный поток, который впадал в Мертвое Море у Ен-Геди. Местная колония объединяла не только назореев пожизненного и временного посвящения, но и многих других пастухов-аскетов, собиравшихся в этих местах со своими отарами и общавшихся с назорейским братством. Они кормились разведением овец и подарками богатых евреев.

Со временем Иоанн стал реже возвращаться в Хеврон и всё чаще посещал Ен-Геди. Он настолько отличался от большинства назореев, что ему было трудно по-настоящему сдружиться с членами братства. Однако он очень полюбил Абнера — признанного вождя и главу колонии в Ен-Геди.

В долине, через которую протекал небольшой ручей, Иоанн построил не менее дюжины каменных укрытий и ночных загонов, устроенных из наваленных друг на друга камней, в которых он мог стеречь и охранять свои отары овец и коз. Жизнь пастуха оставляла Иоанну много свободного времени для размышлений. Он подолгу разговаривал с Ездой — осиротевшим мальчиком из Беф-цура, которого он в некотором роде усыновил и который присматривал за отарами, когда Иоанн отправлялся в Хеврон, чтобы навестить мать и продать овец, или посещал Ен-Геди для участия в субботних богослужениях. Иоанн и мальчик жили очень простой жизнью, питаясь бараниной, козьим молоком, диким медом и местными съедобными акридами. Этот обычный рацион дополняли продукты, которые время от времени доставлялись из Хеврона и Ен-Геди.

Елисавета держала Иоанна в курсе дел в Палестине и в мире, и в нем всё больше крепло убеждение в быстром приближении конца старого мира, а также в том, что ему предстояло стать глашатаем приближения новой эры — «царства небесного». Этот суровый пастух был особенно неравнодушен к писаниям пророка Даниила. Сотни раз перечитывал он описание возвышенного видения Даниила, которое, как говорил ему Захария, отражало историю великих царств мира — Вавилона, Персии, Греции и вплоть до Рима. Иоанн видел, что языковое и расовое многообразие Рима уже никогда не позволит ему превратиться в действительно прочную и нерушимую империю. Он полагал, что Рим уже разделился на Сирию, Египет, Палестину и другие провинции; он читал далее, что «в правление этих царей Бог небесный установит царство, которое никогда не будет разрушено. Царство это не будет передано другому народу, но сокрушит все эти царства и приведет их к концу, а само будет стоять вечно». «И дана ему была власть и слава и царство, чтобы все народы, племена и языки служили ему. Владычество его вечно, оно не прейдет, и царство его будет нерушимым». «Царство же и власть и величие царственное по всей поднебесной дано будет народу святых Всевышнего, чье царство вечно, и все властители будут служить и повиноваться ему».

Иоанну так и не удалось в полной мере справиться с путаницей, вызванной тем, что он узнал от своих родителей об Иисусе, а также этими отрывками из Писаний. Он читал у Даниила: «Видел я в ночных видениях кого-то, кто выглядел как Сын Человеческий и кто шел с облаками на небесах, и дана ему была власть и слава и царство». Однако эти слова пророка противоречили тому, чему его учили родители. Не соответствовал этим словам Писаний и его разговор с Иисусом во время их свидания, когда Иоанну было восемнадцать лет. Несмотря на эту путаницу, его мать всегда пыталась развеять сомнения своего сына, убеждая Иоанна в том, что его дальний родственник — Иисус Назарянин — является истинным Мессией, что он явился, дабы воссесть на трон Давида, и что ему (Иоанну) предстоит стать его предтечей и главной опорой.

На основании всего того, что Иоанн слышал о порочности и нечестивости Рима, развратности и моральной опустошенности империи, того, что ему было известно о злодеяниях Ирода Антипы и правителей Иудеи, он склонялся к вере в скорый конец эпохи. Этому суровому и благородному дитя природы казалось, что эпоха человека уже близится к своему закату и наступает рассвет новой и божественной эпохи — царства небесного. В своей душе Иоанн всё больше ощущал себя последним из старых пророков и первым из новых. И он буквально дрожал от желания выйти и провозгласить всем людям: «Покайтесь! Оправдайтесь перед Богом! Готовьтесь к концу; будьте готовы к установлению нового и вечного мирового порядка — царства небесного».

17 августа 22 года н. э., когда Иоанну было двадцать восемь лет, его мать скоропостижно скончалась. Друзья Елисаветы, зная о назорейских запретах на прикосновение к покойнику даже в своей собственной семье, сделали все приготовления к ее похоронам еще до того, как послали за Иоанном. Когда Иоанн получил известие о смерти матери, он распорядился, чтобы Езда перегнал его отары в Ен-Геди, и отправился в Хеврон.

Вернувшись в Ен-Геди с похорон своей матери, он передал свои отары братству и на время уединился для поста и молитвы. Иоанн знал только старые методы приближения к божественности; он знал только то, что писали об этом такие личности, как Илия, Самуил и Даниил. Идеалом пророка был для него Илия. Илия был первым из учителей Израиля, которого стали считать пророком, и Иоанн искренне верил в то, что ему было суждено стать последним в этом долгом и прославленном ряду небесных посланников.

Иоанн жил в Ен-Геди в течение двух с половиной лет, и он убедил большую часть братства в том, что «приблизился конец эпохи», что «грядет царство небесное». Всё его раннее учение было основано на современном ему иудейском представлении о Мессии как обещанном освободителе еврейского народа от господства иноверных правителей.

В течение всего этого периода Иоанн проводил много времени за чтением священных книг, найденных им в обиталище назореев в Ен-Геди. Особенно сильное впечатление произвели на него Исайя и Малахия — на то время последние из пророков. Он читал и перечитывал пять заключительных глав из Исайи, и он верил этим пророчествам. После этого он читал у Малахии: «Вот, я пошлю вам Илию пророка до наступления великого и страшного дня Господня; и он обратит сердца отцов к детям и сердца детей к отцам их, чтобы я не пришел и не поразил землю проклятием». Только это обещание Малахии о том, что Илия вернется, не давало Иоанну приступить к проповеди грядущего царства и призвать своих собратьев-евреев бежать от будущего гнева. Иоанн был готов возвещать приближение царства, однако в течение более чем двух лет его удерживало ожидание прихода Илии. Он знал, что не является Илией. Что имел в виду Малахия? Буквальным или образным было его пророчество? Как он мог узнать истину? Наконец, он решился поверить в то, что поскольку первого из пророков звали Илия, последний будет известен под тем же именем. Тем не менее, его не оставляли сомнения — сомнения достаточные для того, чтобы не позволить ему когда-либо называться Илией.