Почти в одно время были поданы три челобитные, по совпадению также от двадцати двух человек, с другой стороны: от томских служилых, задержанных в Москве. В них они писали, что приехали в Москву «от города по выбору в челобитчиках, з градцкими заручными челобитными, бить челом тебе, государю, обо всяких грацких нужах и на твоево государева на прежнего воеводу на князя Осипа Ивановича Щербатого и на ево ушьников и советников». Однако по наущению князя Осипа посажены в тюрьму или отданы за пристава или на поруки и теперь «наги и босы и голы… а что, государь, было куплено для твоей государевой службы ружья и ратной збруишка, и то, государь, все на хлебе съели». Просили провести сыск по Уложению и дать милостивый указ и не верить ложным градцким смутчикам, а верить челобитным от всего города. Писали, что тобольские сыщики нарушают государев указ о справедливом сыске, ведут следствие, дружа Щербатому…

В Сибирском приказе князь Трубецкой допросил тридцать четыре человека из томских служилых людей, оказавшихся в Москве по службе либо с челобитными. Два десятка из них он определил как явных противников Осипа Щербатого и намеревался доложить государю, что за ними в этом деле вина явная и их надлежит наказать. Остальных четырнадцать человек можно было отпускать в Томск.

Следствие Скворцова и Ерохина в Томске наконец-то сдвинулось с мертвой точки. Помог им в том поп Богоявленской церкви Сидор Лазарев, духовный отец Осипа Щербатого и Михаила Ключарева. Ответы его сверяли с тем, что писали в своих отписках Щербатый и Ключарев. Всё, что Сидор рассказывал, совпадало с тем, что писали бывший воевода и дьяк. Среди главных заводчиков смуты, он назвал Федора Пущина, Ваську Мухосрана, Степана Володимерца, Степана Паламошного, Федора Батранина и Михаила Куркина. Однако при этом Сидор говорил, что за заводчиками пошел почти весь город… Назвал он и тех, кто не признал подлинными государевы грамоты, которые привез Федор Пущин из Москвы. Такие же показания дал дьякон Троицкой церкви Иван Кирьянов. По его словам, Щербатому отказал весь мир, в том числе и многие остяки.

Допросили попа Спасской церкви Верхней слободы Ипата. Ничего нового он не добавил. А на вопрос, за что били подьячего Василия Чебучакова, сказал, что не упомнит…

Ценные и нужные первые показания от служилых дали те, кто бунтовщиков не поддерживал, но и не был ими посажен в тюрьму. Это были дети боярские Степан Неверов, Семен Лавров, Григорий Копылов, Григорий Пущин и жилецкий человек Иван Каменный.

Получалось, что князь Осип Щербатый и дьяк Михаил Ключарев писали правду о том, что случилось в городе.

Однако все оказалось непросто с рядовыми казаками. Большинство из них отвечали, что они уже отвечали перед Волынским и Коковинским и «в другой раз сказывать нечево». Первую «отказную сказку» подали казаки Иван Чернояр, Филипп Помельцев, Мартын Рожнов и Тренка Епифанов.

Однако следствие стало вести легче, когда еще до ледостава десять человек во главе с Федором Пущиным были все-таки высланы из города в Сургут. Помогли новые воеводы Никифор Осипович Нащокин и Аверкий Федорович Болтин с дьяком Петром Михайловым, сменившие Волынского, Коковинского и Ключарева. Новые воеводы пригрозили Пущину, что вызовут из Тобольска команду и отправят их насильно, если надо будет, то с боем…

Но томские казаки и без Федора Пущина продолжали стоять на своем и от показаний отказывались. Заодно с ними были и жилецкие и оброчные люди. Так, февраля в 17 день 7160 (1652) года жилецкий целовальник Кузьма Батура, а с ним еще дюжина человек подали сыщикам отказную сказку, в которой они писали, «что послали к государю к Москве о сыску все грацкие люди челобитчиков… чтоб государь пожаловал их, велел сыскивать по своему государеву указу повальным обыском. А до томских грацких челобитчиков про сыскное дело им Степану и Петру не сказывать. А как-де челобитчики их с Москвы в Томский приедут, и кому государь укажет сыскивать, и они к сыску готовы, а до челобитчиков-де им к сыску не хаживать». Через несколько дней такими же словами отказали в показаниях пешие казаки Елисей Долгий и Степан Свияженин.

Скворцов решил допросить еще попа, бывшего духовным отцом у Бунакова, Меркурия. Но тот сказал, что не упомнит, какие речи говорил Волынскому и Коковинскому, и опасается наказанья за «рознь». Напрасно его убеждали, что то, что было говорено, когда в городе был Федор Пущин, не действительно. Но Меркурий стоял на своем…

А конный казак Дружина Шелковников имел наглость сказать, что ничего не знает о челобитчиках, ходивших с Федором Пущиным в Москву, но зато хорошо помнит, как жители слободы Верхней ходили с блюдом по городу, собирая деньги на взятки Щербатому… Но такие свидетельства Степану и Петру были не нужны. Картина бунта пред ними все более и более прояснялась…

Декабря 10-го дня 7160 (1651) в Сибирском приказе состоялась первая очная ставка между бывшими томскими воеводами Осипом Ивановичем Щербатым и Ильей Никитовичем Бунаковым. Их посадили на лавках друг против друга. Илье от изразцовой печи, возле которой он оказался, скоро стало жарко и он отодвинулся ближе к двери. Очную ставку проводил сам глава Сибирского приказа Алексей Никитович Трубецкой в присутствии дьяка Григория Протопопова и подьячего, записывавшего расспросные речи за столом у окна. Хотя на дворе стоял день, на столе горели три свечи, ибо в комнате было сумрачно настолько, что травную роспись на сводчатом потолке было не разглядеть.

— Сказывай, — сурово обратился Трубецкой к Бунакову, отводя от груди костяшками левой руки русую окладистую бороду, — чего для ты в Томском городе бунт учинил и от места воеводе князю Осипу Ивановичу отказал?

— Бунта я не учинивал и князю Осипу от места не отказывал! А отказали ему от места всем городом служилые люди, ибо на него объявлено было великое государево дело! О том в челобитной от всего города было писано, и государь о том сведом и челобитчиков с Федором Пущиным принял и обещал справедливый сыск учинить… Я же продолжал служить с дьяком Патрикеевым, как и ранее, чтоб городу разоренья, а государю убытку не было!..

— Отчего же ты служил не в государевой приказной избе, а в воровской избе Девятки Халдея? — язвительно спросил Щербатый.

— Оттого, что ты, изменник, скрал государеву печать и грамоты, и унес к себе на двор и списывался с калмыцкими контайшами… И за то твое воровство я отвечать не хотел! — огрызнулся Бунаков.

— Какое мое воровство?

— О том в челобитных градских писано? Разорение и взятки твои люди не стерпели!..

— На меня мир не жалуется!.. А верстал в казаки лишь казачьих детей и не за деньги… А за деньги ты сам многих верстал!..

— Хватит собачиться! — прервал их Трубецкой и обратился к Бунакову: — Для чего ты князя Осипа называешь изменником?

— Изменником его называю по статейным спискам Немира Попова и Василия Бурнашева, которые к вам присланы, и где измена объявилась… В статейном списке Немира Попова сказано по словам князца белых калмыков Коки Абакова, что ему подали писанное по-калмыцки письмо князя Осипа к контайше черных калмыков, где Осип просит контайшу воевать вместе Коку и обещает прислать томских ратных людей… Еще писал к контайше непристойными словами: «государю царю» и братом его себя называл… О том писано в статейном списке Василия Бурнашева. А Немиру Попову Кока говорил: «Какой-де у вас воевода Щербатый, у которого казака увидит коня доброго — отоймет, увидит жену добру — к себе емлет…» Говорил, потому-де не присылал в Томск своих людей, что их грабил воевода.

— Наговор это и ложь, никакой измены нет! Я в посольском дворе с калмыками один никогда не сиживал, всегда при делах с калмыками были подьячие, служилые люди и толмачи! И письма к контайше я не писал, да и по-калмыцки писать не умею!.. После Попова и Бурнашева было посольство к Коке сына боярского Семена Лаврова, и Кока меня в том посольстве очистил!.. А статейный список Бурнашева ложный, составлен по его Илейки затее!..