Вслед за Красной армией Прибалтику покидали тысячи беженцев, для которых победа Германии означала, как минимум, лишение свободы, а то и смертный приговор. Согласно оценкам, Литву покинули около 20 тыс. таких беженцев (или эвакуированных), Латвию — 40 тыс., а Эстонию — 25 тысяч. В их число входили советские правительственные чиновники, сотрудники органов внутренних дел, представители образованных кругов, выказавшие симпатии новом порядку, члены партии, а также сельские чиновники. Также Прибалтику покидали евреи (точное число неизвестно), понимавшие, чем им угрожает новый режим; многие из них ранее бежали в страны Балтии из оккупированной Польши. Исход советских правительственных чиновников из Прибалтики был хаотичным; поспешно исполнялись смертные приговоры по отношению к заключенным политическим противникам; официальные документы уничтожались (это удалось сделать не полностью); на пути на восток беженцы периодически подвергались партизанским атакам; раньше всех уезжали на поездах высокопоставленные партийные чиновники.

Это поспешное бегство означало также прекращение советизации; таким образом, социалистические преобразования не были завершены. Многие из тех, кто в 1940–1941 гг. смог приспособиться к советской системе, не успели покинуть Прибалтику и теперь были готовы к коллаборационизму. По мере того как в июне-августе 1941 г. советской власти в Прибалтике приходил конец, регион переставал быть линией фронта и становился источником снабжения немецких войск, направлявшихся к Ленинграду и далее на восток. Прибалтику «освободили» и тут же оккупировали снова. Эстонское, латышское и литовское общества были «обезглавлены» — депортации 13–14 июня 1941 г. лишили его всех сколько-нибудь значимых политических деятелей довоенного периода, советская политическая элита также покинула Прибалтику, а все разговоры о возрождении Эстонии, Латвии и Литвы как независимых государств были неактуальны для немецких оккупантов, имевших на регион собственные планы.

Рассчитывая на полную победу на Востоке, нацистский режим в Берлине разработал план реорганизации оккупированных восточных территорий. Трем Балтийским странам вместе с Белоруссией предстояло превратиться в административный регион «Остланд» (Ostland) с центром в Риге. Каждая из стран должна была представлять собой «генеральный округ» (Generalbezirk), а каждый округ, в свою очередь, подразделялся на более мелкие территориальные единицы. «Остланд» управлялся рейхскомиссаром, каждый округ — генеральным комиссаром, а каждое меньшее территориальное подразделение — гебитскомиссаром. Город Рига считался отдельной территориальной единицей, управляемой обербургомистром. Все эти чиновники были немцами, назначаемыми из Берлина, и жители оккупированных территорий полностью отстранялись от управления с самого начала немецкой оккупации. Данная система подчинялась Министерству оккупированных восточных территорий под руководством амбициозного и непредсказуемого рейхсминистра Альфреда Розенберга (этот член «ближнего круга» Гитлера родился в Эстонии и получил образование в Риге).

Планируя оккупацию, немцы с самого начала понимали, как можно использовать для формирования общественного мнения ненависть местного населения к политике советизации в период 1940–1941 гг. (названный потом «год террора»), и поэтому сделали несколько символических послаблений выражению национальных чувств. Так, на какое-то время было разрешено использование национальных символов — гимнов, цветов национальных флагов и другой символики, напоминавшей о национальном единстве до 1940 г.; однако было запрещено называть три Балтийские страны их довоенными наименованиями. Те, кто воспринимал немцев как «освободителей», готовы были поднять вопрос о восстановлении государственности (возможно, в связи с появлением марионеточного государства Словакии), но немецкие власти ясно дали понять, что будущее Прибалтики не станет обсуждаться до тех пор, пока Рейх находится в состоянии войны с коммунистами, а регион является важнейшим источником снабжения фронта. Это было уходом от ответа, поскольку никакие планы на будущее восточных оккупированных территорий не предполагали рассмотрения желаний населения этих земель. В действительности планы немецкого командования напоминали планы Германии времен Первой мировой войны: массовые депортации местного населения в глубины России, германизация оставшихся жителей и колонизация освободившихся территорий немецкими поселенцами. Таким образом, должны были реализоваться немецкие притязания на эту землю, декларированные еще в XIII столетии.

Хотя на бумаге схема управления «Остландом» выглядела рациональным способом контроля над оккупированной территорией, на практике эти земли управлялись довольно хаотично. Помимо военных, подчиненных своему командованию, и гражданских чиновников, подотчетных Розенбергу, здесь появилась третья группа ответственных лиц, когда экономическим управлением территорий стал руководить рейхсмаршал Герман Геринг. С самого начала оккупации в деятельности всех бюрократических структур участвовали также представители СС, подчинявшиеся рейхсфюреру Генриху Гиммлеру. Соперничество высокопоставленных нацистских чиновников в Берлине отражалось на управлении Прибалтикой, где постепенно сокращались полномочия чиновников Розенберга. Как выяснилось, последний не был ни талантливым администратором, ни успешным в интригах чиновником, и его Министерство оккупированных восточных территорий в Берлине стали презрительно называть министерством хаоса (Chaosministerium). Такая внутренняя борьба чиновников была характерна не только для Берлина; местные комиссары, управлявшие территориальными единицами, также постоянно спорили друг с другом из-за пересекающихся полномочий. Военные и эсэсовцы не могли договориться о том, что считать первостепенным — нужды войны или внутреннюю безопасность, а подчиненные Геринга пытались ввести пятилетний план экономической эксплуатации новых территорий.

Несмотря на ведомственные противоречия и внутреннюю борьбу, часть немецких оккупационных сил — те, что занимались государственной безопасностью (СС и СД), — проявляли полное единодушие относительно собственной миссии с момента вступления на территорию Прибалтики: миссия заключалась в уничтожении «нежелательных» элементов населения, таких, как функционеры прежнего, коммунистического режима, евреи, цыгане и душевнобольные. Этим занимались сотни сотрудников, иногда организованных в специальные подразделения — айнзатцкоманды (Einsatzkommandos) или айнзатцгруппы (Einsatzgruppen), — превративших первые полгода немецкой оккупации (с июня по декабрь) в наиболее кровавый период современной истории Прибалтики. С помощью различных средств пропаганды местному населению постоянно внушалось, что «коммунисты» и «евреи» — одно и то же; эта идея сочеталась с антисемитскими настроениями, долгое время бытовавшими среди местного населения. Таким образом, немецкие службы безопасности легко могли привлекать литовцев, латышей и эстонцев к «очистке» населения. Немцы командовали и обеспечивали большинство «акций» (как называлась эта организованная бойня), однако во многих случаях местное население действовало самостоятельно, без всякой внешней организации. Наиболее известными из подобных отрядов зачистки были «айнзатцгруппа А», возглавлявшаяся бригаденфюрером СС Вальтером Шталекером и действовавшая в Латвии, и «айнзатцкоманда 3» под командованием руководителя литовской СД Карла Егера. В Латвии, возможно, наиболее известной была команда Арайса (Arajs-kommando) — подразделение из двухсот латышей под руководством Виктора Арайса, получившего в свое время юридическое образование, а в 1940–1941 гг. считавшегося убежденным коммунистом. Однако после прихода немцев он стал главным палачом евреев в Латвии. В Эстонии, где до немецкого вторжения проживало чуть больше тысячи евреев, «чистки» носили менее систематический характер (но к ним также привлекались эстонцы).