Весной 1990 г. выборы в Верховные советы всех трех республик показали хотя и незначительное, но явное преимущество сторонников независимости. В Литве вновь избранный Верховный совет потребовал немедленной независимости (11 марта). В Эстонии и Латвии вновь избранные Советы также заявили (Эстония — 30 марта, а Латвия — 8 мая) о стремлении к независимости, но эти страны выступали за продолжительный период, во время которого следовало выработать оптимальную технологию перехода. Со стороны Москвы стали поступать декларации о том, что требовалось с конституционной точки зрения от союзной республики, желающей выйти из состава СССР. Эти «правила» предусматривали серию мер, делающих задачу фактически невыполнимой. Возникший таким образом тупик дал противникам независимости республик Прибалтики возможность заявлять, что новые, законно избранные Верховные советы предлагают теперь незаконные меры. Они утверждали, что присоединение республик Прибалтики в 1940 г. произошло по «воле народа», выраженной в действиях «народных парламентов», избранных в том же году, и, соответственно, нынешние Верховные советы действуют противозаконно. Сторонники независимости возражали, что сами выборы «народных парламентов» 1940 г. (почти полвека назад) были незаконными, поскольку к голосованию был допущен лишь строго определенный список. Дебаты по этому вопросу сосредоточивались на юридических вопросах, как если бы все участвующие были непоколебимо уверены в том, что законность в итоге восторжествует.

Несмотря на то что реальная власть оставалась в руках Москвы, летом и осенью 1990 г. во всех трех республиках росло стремление к независимости. Теперь на правительственные должности назначались люди, лояльные Верховным советам, сменяя поддерживавших партию. Те, кто продолжал оставаться в рядах партии, были вынуждены обозначить свою лояльность либо тому крылу партии, которое теперь ориентировалось на Верховные советы, либо их противникам, по-прежнему придерживающимся «линии Москвы». Подобный раскол уже произошел в литовской партии после декабря 1989 г.; в Эстонии и Латвии это случилось в 1990 г. Последовавшие одно за другим обсуждения (научные или приближенные к таковым) демонстрировали, что пребывание в составе СССР нанесло вред титульным нациям республик Прибалтики (эстонцам, латышам и литовцам), а также природной среде и экономике этих республик. Контраргументы, указывавшие на выгоды, которые обеспечивала принадлежность к более крупной экономической структуре, снабжавшей Прибалтику энергетическими ресурсами и распределявшей ее продукцию, оставались без внимания.

Во всех трех республиках центром стремления к независимости оставались вновь выбранные Верховные советы; эти органы все больше считались переходными, действующими до того момента, когда в условиях полной независимости пройдут настоящие парламентские выборы. Национальные активисты — избранные в качестве кандидатов от народных фронтов — были разнородной группой, включавшей в том числе множество бывших высокопоставленных партийных чиновников, теперь сделавших ставку на национальные силы. Это вызвало определенные разногласия среди сторонников национальной независимости, не входивших в новую элиту и полагавших, что истинно законное новое правительство должно состоять лишь из тех, кто не запятнал себя членством в коммунистической партии, а также включать пострадавших от репрессий советского периода. Негодование и чувство обиды возросло еще до того, как независимость была достигнута. Были предложены механизмы «чистки», но реализованы только некоторые из них, направленные против КГБ. Крайне правые национальные активисты, оказавшиеся в определенном смысле маргинализованными, продолжали подозрительно относиться к новой элите. Некоторые считали, что все движение народных фронтов в действительности было запланировано Москвой и спонсировалось местными органами государственной безопасности. На другом краю политического спектра находились представители Интернационального фронта, выступавшие за немедленное введение чрезвычайного положения: по их мнению, Горбачев должен был объявить военное положение и арестовать активистов движения за независимость, включая депутатов Верховных советов. Военные же (то есть Прибалтийский военный округ в Риге) молчали, поддерживая контакт с Верховными советами, наблюдая за событиями и ожидая приказов из Москвы.

К началу 1991 г. восточноевропейские страны уверенно освобождались от коммунистических режимов, и одна из них — Югославия оказалась ввергнутой в гражданскую войну. Некоторые из республик СССР последовали примеру Прибалтики и искали способы освободиться от власти Москвы, что часто приводило к жесткой конфронтации между властями и сепаратистами. В январе 1991 г. в Прибалтике также произошло несколько вспышек насилия: в Вильнюсе попытка вооруженных сил захватить центральную телевизионную башню привела к гибели 12 гражданских лиц, а в Риге события в Вильнюсе вызвали массовое стремление гражданского населения защитить свою независимость; сотни людей создали «живые барьеры» вокруг основных правительственных зданий. В конце января в столице Латвии четверо гражданских лиц были убиты в перестрелке с ОМОНом. Эти инциденты тут же транслировались средствами массовой информации по всему миру, хотя московское правительство отрицало их, демонстрируя плохо налаженные коммуникации и способствуя расколу местных властей. Лояльные Москве группировки в республиках Прибалтики продолжали считать, что текущая ситуация ведет к хаосу (что было существенным преувеличением), и продолжали просить у Москвы введения чрезвычайного положения. На протяжении следующих нескольких месяцев ситуация оставалась напряженной, поскольку так и не наблюдалось сколько-нибудь заметных признаков того, что планирует делать центр (если вообще планирует делать хоть что-нибудь). Московское правительство продолжало настаивать, что стремление прибалтийских республик к независимости является антиконституционным, однако предложенный в качестве альтернативы «конституционный» путь представлялся неприемлемым для народных фронтов. Процессы, запущенные в республиках Прибалтики благодаря развитию общественного мнения, привели к гораздо более серьезным последствиям, чем предполагалась изначально.

Летом 1991 г. многие в Прибалтике еще боялись грядущих репрессивных мер, однако никто не мог сказать, когда будут приняты эти меры и как они будут выглядеть. Девятнадцатого августа в Москве произошли драматические события: представители консервативного крыла руководства партии и военных кругов предприняли плохо скоординированную и неуверенную попытку переворота, направленного против реформаторов в руководстве партии, воспользовавшись моментом, когда Горбачев находился на отдыхе в Крыму. Через несколько дней эта попытка провалилась: заговорщики не смогли вовремя прибегнуть к насилию, не пользовались полной поддержкой вооруженных сил, к тому же во главе противников заговора быстро встал такой харизматичный лидер, как президент Российской Федерации Борис Ельцин.

Прибалтика быстро отреагировала на события в Москве: после двух дней неопределенности, когда представители интернациональных фронтов взяли на себя ответственность за происходящее и стали угрожать приведением в действе сил ОМОНа, Верховные советы (парламенты) Эстонии, Латвии и Литвы провозгласили полную независимость от СССР. В Таллине, Риге и Вильнюсе лидеры лояльных Москве группировок были арестованы за попытки свержения законно избранных правительств; их ошибка состояла в том, что они преждевременно сочли, будто путч увенчается успехом. Собственность некогда всемогущей коммунистической партии была захвачена полицейскими подразделениями, подчиняющимися Верховным советам, а саму партию объявили вне закона. На протяжении следующих двух недель три прибалтийские республики были признаны в качестве независимых государств правительством Российской Федерации, а также большинством правительств стран Западной Европы и США (2 сентября).