Толерантное отношение петербургского правительства способствовало тому, что некоторые представители ливонской и эстонской земельной аристократии стали весьма широко толковать свои права, особенно в отношении крестьян, живущих в их поместьях. Хорошо известен ответ ландрата О.Ф. Розена генерал-губернатору Лифляндии (1739), в котором было сказано, что «поскольку крестьяне душой и телом принадлежат их господину и подчиняются ему, то эта принадлежность распространяется и на имущество этих крестьян… В соответствии с этими правами все, что делает и выращивает крестьянин, делается не для него самого, но для его господина». Такое отношение стоит за целой серией перемен, которые в XVIII в. происходили в поместьях за счет крестьян. Трудовые повинности крестьян были увеличены с помощью различных толкований неясных мест в существующих законах (например, что конкретно понималось под «днем работы»?); повинности, существовавшие ранее только на уровне обычаев, стали фиксированными; поместья были переформированы так, чтобы уменьшить площадь крестьянских наделов и увеличить количество помещичьей земли (домена); трудовыми повинностями теперь облагалось не крестьянское подворье, а отдельные люди; были созданы новые повинности в форме частичной занятости; повинности, которые ранее приобрели форму денежных выплат, снова должны были выполняться в форме барщины. Поскольку жалобы на внутренние решения управляющих поместьями в рамках существующей юридической системы почти всегда признавались недействительными уже на самых ранних стадиях рассмотрения, у крестьян практически не было места, куда бы они могли прийти с жалобой. Лифляндский ландтаг оставался в этом отношении непреклонным, в 1765 г. провозгласив, что «крестьяне являются рабами (servi) своих господ в полном смысле, предусмотренном римским правом; можно требовать их возвращения [в случае побега], их можно подарить [другому владельцу], их можно продать. Даже несмотря на то, что [прежние монархи] пытались облегчить крепостное право, рыцарства определили, что это невозможно, поскольку крепостное право заложено в природе этих народов [эстонцев и латышей]». Многочисленные землевладельцы буквально воспринимали идею, что они являются владельцами душ своих крестьян. Эрудированный автор А.В. Хупель, комментировавший ситуацию в Лифляндии, писал в своей книге Topographische Nachrichten von Lief- und Ehstland («Топографические известия о Лиф- и Эстляндии»), опубликованной в Риге в 1770 г., что «крестьяне здесь не так дороги, как негры в американских колониях: сельскохозяйственного работника можно купить за 30–50 рублей, тогда как ремесленник, повар или ткач могут стоить до 100 рублей. Целая семья стоит примерно эту же сумму: кухонная прислуга редко стоит более 10 рублей, а дети продаются по 4 рубля за человека. Работники и их дети могут продаваться, покупаться или вымениваться на что-либо — лошадей, собак, курительные трубки и т. д.». В сельской местности ходили слухи, что в более крупных поместьях условия менее тяжелы, чем в малых, и в коронных поместьях — легче, чем в частных. Такие слухи становились причиной постоянных побегов крепостных крестьян на всем протяжении столетия. Постоянной причиной споров между землевладельцами стали отказы вернуть беглых крестьян. Сложно сказать, сколько именно из более чем 1100 владельцев и арендаторов поместий использовали свою власть на местах максимальным образом, однако в течение века количество земли, отданной в крестьянское пользование, сократилось, а трудовые повинности выросли — как в количественном отношении, так и с точки зрения интенсивности труда. У помещиков была масса стимулов для того, чтобы выжимать все возможное из подневольной рабочей силы, поскольку во второй половине столетия становилось все очевиднее, что для производимого ими зерна существует внешний рынок.

Ближе к концу XVIII в. уже не приходилось опасаться каких-либо реваншистских устремлений Швеции в регионе, и петербургское правительство предоставило рыцарствам большую свободу управления этими землями. Возможно, правительство и не имело никаких других вариантов, оказавшись не в состоянии наводнить присоединенные территории многочисленными российскими чиновниками. Существующая система была создана для того, чтобы транслировать вниз приказы, получаемые с самого верха — от абсолютного монарха и его советников, и справлялась с этим без проблем. Но в ней отсутствовали институты, которые могли бы проконтролировать, что решения царя выполняются именно таким образом, как предполагалось, особенно на стыке между повсеместно закрепощенным крестьянским населением и землевладельцами или арендаторами поместий. Система правосудия, в принципе, позволяла крестьянам жаловаться, однако эти жалобы должны были подаваться на немецком языке, поскольку низшие позиции в структурах правосудия были укомплектованы балтийскими немцами. Хотя периодически представители российской администрации объезжали подведомственные им территории с инспекциями, в конце концов, точность получаемой ими информации о положении дел на новых территориях зависела от честности тех людей, чьи интересы могли пострадать от нежелательного вмешательства верховной власти. Эстонцы и латыши из-за своего низкого социального положения были по определению исключены из административного аппарата; лишь к концу столетия несколько латышских предпринимателей из Риги сумели добиться успеха в суде, защищая свои «права». Во многих отношениях в период после 1721 г. петербургское правительство оставалось в сельской местности практически невидимой силой; и лишь в некоторых городах, особенно в Риге и Таллине, присутствие русских проявлялось в том, что в казармах были расквартированы русские солдаты. Только в восточных областях побережья, неподалеку от границы с Россией, правительство предпринимало попытки заселить пустующие земли, завозя крестьян из России, но даже там их количество было минимальным.

Одной из наиболее существенных причин такого несколько легкомысленного отношения России к этому региону было опустошение, постигшее его по время Великой Северной войны. Города, представлявшие несомненный интерес для Санкт-Петербурга как источники дохода, чрезвычайно пострадали. В крупнейших городах Эстонии: Тарту, Таллине, Нарве и Пярну— осталась лишь часть населения. Тарту (Дерпт) так и не восстановил своего довоенного населения, составлявшего до последних десятилетий XVIII в. около 2 тыс. человек, а Таллин вернулся к довоенным показателям (около 11 тыс. человек) только в 1782 г. В Ливонии население Риги в 1719 г. составляло около 8800 человек, однако оно крайне пострадало от чумы, случившейся в этом году, и в 1728 г. составило около 6100 человек. Так как этот город был наиболее экономически активным на новых территориях, к 1760 г. его население составляло около 14 тыс. человек, а к 1782 г. — уже 24 500; однако процесс восстановления занял почти два поколения. Многие сельские регионы также обезлюдели, что, разумеется, оказало негативное влияние на доходы земельной аристократии. Таким образом, Империя приобрела не столько территории, находящиеся на стадии экономического подъема, со значительной долей городского населения, сколько земли, существенно пострадавшие от депопуляции. Восстановление могло осуществиться только благодаря активным усилиям уцелевшего населения, использующего любые возможности, которые давала новая ситуация.

Договор 1721 г. не повлиял напрямую на статус других балтийских территорий — Речи Посполитой, герцогства Курляндского и Земгальского, а также Инфлянтов (бывшей Польской Ливонии). Речь Посполитая номинально оставалась независимым политическим образованием. Герцогская династия в Курляндии и ее земельная аристократия продолжали признавать польского короля своим сувереном, а Инфлянты по-прежнему управлялись из Кракова и Вильнюса. На картах этого периода указанные земли отображались с границами, отделявшими их друг от друга внутри Речи Посполитой, а также указывались их границы с бывшими ливонскими территориями, подчиняющимися России. Однако это не отражало реального положения вещей, поскольку во время Северной войны, и еще более — в последующие десятилетия, Романовы находили различные способы вмешательства в развитие этих земель, иногда по прямой просьбе польских монархов, а иногда действуя тайно. Российские политические лидеры считали Речь Посполитую и входящие в нее земли, как минимум, частью сферы своих интересов. В то же время существующие границы уважали все; так, например, генерал-губернатор Лифляндии Георг Браун (1762–1792), высказывался о крепостных, переселившихся из Лифляндии в Курляндию, как о бежавших «за границу».