С другой стороны, переговоры и начертание новых границ, завершившие ливонские конфликты, вообще никак не вовлекали коренное население (теперь в массе своей крестьянское). Эстонцы и латыши больше не имели права голоса в вопросах, где именно должны проходить границы — вокруг ли их территорий или прямо по ним, и к началу XVII в. литовцы стали играть значительно меньшую роль в государстве, которое продолжало называться Литвой. В любом случае новые территории Речи Посполитой носили названия герцогства Курляндии и Земгале, а также Польской Ливонии (Инфлянты). Окончательное решение о разделе территорий между Швецией и Речью Посполитой привело к двухсотлетнему периоду, когда эстонско- и латышскоговорящие крестьяне северного побережья жили в различных государствах с разными типами управления и культурами.

Курляндия-Земгале (далее — Курляндия) стала герцогством в 1562 г., во время Ливонских войн, когда Готхард Кеттлер, последний магистр Ливонского ордена (1559–1561) секуляризовал орден, превратив его в объединение крупных титулованных землевладельцев, и стал первым герцогом курляндским. Династия, основателем которой он стал, просуществовала до 1737 г. Кеттлер искал покровительства у Речи Посполитой и в 1561 г. признал себя вассалом ее короля, Сигизмунда II Августа. Как было принято в таких случаях, достигнутые договоренности были оформлены в виде документа под названием Pacta Subjectionis, регламентирующего отношения между правительством герцога и королевским правительством в Кракове. Пакт детально структурировал сеньориальновассальные отношения между королем Речи Посполитой и герцогом курляндским, а также признавал религией курляндского населения лютеранство. Управление герцогством отдавалось напрямую в руки герцогской династии и лояльной ей земельной аристократии — в обоих случаях немецкого происхождения. Это изменение политических ориентиров (переход лояльности от Священной Римской империи — сюзерена Ливонского ордена — к королю Речи Посполитой) было выгодным для правящих классов Курляндии, поскольку подчинение Польше давало им защиту от шведских грабительских набегов — рудиментов ливонских конфликтов. Соглашение также закрепило сложившийся баланс социополитической власти в Курляндии в пользу магнатов-землевладельцев, как это было и в Речи Посполитой.

К счастью для герцогов курляндских, на территории их владений не было крупных городов, боровшихся с их властью (господство над Ригой перешло к Швеции), так что во многих отношениях Курляндия была сельской провинцией, управляемой в основном герцогской семьей и земельной аристократией, которая предсказуемо часто оказывалась в напряженных отношениях с герцогами. Правительство располагалось в небольшом городе Митава (латышек. Елгава), где и оставалось до превращения Курляндии в российскую провинцию (1795). Делегированное земельной аристократии право управления на местном уровне дало ей возможность ужесточить условия труда зависимых крестьян и наложить ограничения на их передвижение, что являлось характерными признаками крепостного права.

Управление еще одной новой территорией, Польской Ливонией (Инфлянтами), осуществлялось совместно королевством Польским и Великим княжеством Литовским, так что каждое правительство вносило свой вклад в назначения местной администрации. Хотя изначально в Польской Ливонии в значительном количестве были представлены немецкоязычные землевладельцы, с течением времени их число уменьшилось из-за переселения на их земли польских (и ополяченных литовских) аристократов; помимо этого, некоторые из немецких аристократических семей ополячивались сами. Земельная аристократия здесь не имела выраженного интереса к коллективной защите своих прав, как это происходило в Курляндии, что сделало северо-восточные земли в значительной степени открытыми влиянию с юга. К середине XVII в. крестьянство Польской Ливонии также столкнулось с ужесточением норм подневольного труда и ограничениями на передвижение и, таким образом, оказалось закрепощенным в той же степени, что и курляндское. Поскольку Польская Ливония управлялась напрямую (здесь не было местного герцогского дома, как в Курляндии), она испытывала более значительное и свободное влияние других культур и сталкивалась с большей мобильностью населения, характерной в целом для Речи Посполитой. В значительно большей степени, чем в Курляндии или Шведской Ливонии, здесь имело место смешение латышских крестьян, земельной аристократии различного этнического происхождения и мобильных этнических групп (например, евреев); в результате язык латышского крестьянства Польской Ливонии приобрел черты, отличающие его от латышского языка западных ливонских земель.

В конце XVI — начале XVII столетия все население восточного побережья Балтики прямо или косвенно испытывало на себе влияние предприимчивости и авантюризма своих правителей. Среди наиболее бесстрашных из них следует отметить шведских королей из династии Ваза. Начиная с 20-х годов XVI в. они стремились сделать Швецию державой, доминирующей в Северной Европе, и добивались этой цели, положив конец торговой монополии ганзейских городов (30-е годы XVI в.), вступив в Ливонские войны (60-е годы XVI в.) и получив контроль над северными эстонскими территориями. К началу второго десятилетия XVII в. им удалось отрезать России доступ к Балтийскому морю (Столбовский мир 1617 г.). Война с Речью Посполитой сделала Швецию хозяйкой земель, оставшихся от Ливонии (20-е годы XVII в.), но воинственный пыл ее правителей не угас. В 30-е годы XVII в. Швеция под властью Густава II Адольфа (1594–1632) участвовала на стороне протестантов в чрезвычайно разрушительной Тридцатилетней войне, раздробившей Священную Римскую империю. Приобретение Ливонии было всего лишь частью грандиозных колониальных планов монархов династии Ваза, в рамках осуществления которых появилась недолго просуществовавшая шведская колония в Новом Свете (ныне американский штат Делавэр). Восточное побережье Балтики стало, фигурально выражаясь, ареной колониальных захватов, где местным высокопоставленным администраторам часто приходилось следить, чтобы их решения не вступали в противоречие с большой политикой Стокгольма и Кракова. Но даже в этом контексте было бы преувеличением сказать, что Ливония стала полностью шведской. Между далекими монархами и простым народом побережья существовал огромный, стремящийся к привилегиям и оппортунистически настроенный слой немецкоговорящих землевладельцев и городского патрициата, чья лояльность текущему сюзерену оставалась под вопросом.

Территория к северу от Даугавы, контролируемая Швецией, перешла под ее власть постепенно, по частям: провинция Эстония — во время Ливонских войн, а остаток Ливонии — по Альтмаркскому миру 1629 г. Эстонскоговорящее население, в основном крестьянское, оказалось разделенным на две части административной границей, разделявшей провинцию Эстония и Шведскую Ливонию; латышскоговорящее, тоже главным образом сельское, население было разделено границами между Шведской Ливонией и Курляндией на юге и Шведской и Польской Ливонией (Инфлянты и Латгале) на востоке. Город Рига формально подчинился Швеции в 1621 г.; его статус рассматривался отдельно. В каждой из территорий, находившихся под контролем Швеции, управленческий аппарат имел которые отличия, но и Эстония, и Шведская Ливония управлялись генерал-губернаторами, назначаемыми королем Швеции, — один имел резиденцию в Ревеле (Таллине), а другой — в Риге. Изначально задачей генерал-губернаторов была интеграция этих «колоний» и «реформирование» их в соответствии с принципами шведской политики, культуры и экономической системы. Но до того, как усилия в данном направлении дали результат, генерал-губернаторы столкнулись с оппозицией земельной аристократии и городского патрициата. В намерения землевладельцев (несколько менее выраженные, чем желания городского населения) входило сохранить статус-кво и абсолютный контроль над своими владениями и живущими в них крестьянами (теперь главным образом крепостными).