Шведская монархия нашла способ сосуществовать со своей собственной аристократией на шведской земле. Однако продолжающиеся оппозиционные настроения ливонской и эстонской знати по отношению к пожеланиям Стокгольма были, мягко выражаясь, раздражающими, и шведским правителям необходимо было быть внимательными. Как показал недавний опыт, местные власти не сохраняли явно выраженной лояльности шведской короне: хотя и шведские короли, и их прибрежные колонии были протестантскими, последние легко могли перенести свою лояльность на католических монархов Речи Посполитой или даже в крайнем случае русских православных царей. Ни одна из упомянутых держав не смирилась с долгосрочным присутствием Швеции в восточной части Балтики.

Насколько нелегко было установить в шведских ливонских владениях режим абсолютной власти короля Швеции, настолько же проблематично было вести там соответствующую экономическую политику. Такая политика была ближе всего к тому, что позже будет названо общим термином «меркантилизм», хотя на протяжении XVII столетия в разных странах политика такого рода была весьма различной и нигде не применялась как единая доктрина. Основной идеей меркантилизма является представление, что центральное правительство должно быть глубоко вовлечено в процесс содействия экономического росту. Это, в свою очередь, означало поощрение коммерческой деятельности, государственный протекционизм и поддержку предприятий путем предоставления им монопольных прав, учреждение колоний ради эксплуатации их растущего населения, а также увеличение налоговых сборов, поступающих из всех источников в распоряжение центрального правительства. Однако ни одно из правительств, участвовавших в управлении побережьем в XVII в., включая шведскую монархию, не соответствовало в полной мере критериям аппарата, способного эффективно направлять подобную экономическую деятельность. Земельная аристократия и города с подозрением относились к любым видам централизации, исходившим от королевского двора, а деятельность отдельных состоятельных людей была чаще направлена на личное обогащение, чем на процветание государства. Меркантилизм требовал веры в то, что сильная центральная власть является благом для страны, а облеченные властью жители побережья с легкостью признавали, что деятельность в интересах центральных правительств в Кракове и Стокгольме может уменьшить их собственный контроль на местном и региональном уровнях.

Однако центральные правительства не могли отказаться от своих попыток. Например, один из представителей курляндской герцогской династии Кетлеров, Якоб (1638–1658), пытался сделать свою страну колониальной державой посредством обретения небольшой подконтрольной территории в Западной Африке под названием Гамбия и острова Тобаго в Карибском море; он надеялся, что эти земли принесут герцогству выгоду. Экономическая деятельность Якоба проявлялась также в финансировании небольших мануфактур в Курляндии. С помощью протекционистских мер Якоб стремился, чтобы экспорт превышал импорт; также он пытался чеканить собственную монету и приглашал на жительство в провинцию искусных ремесленников. Существуют некоторые разногласия относительно того, что именно этот правитель пытался обогатить подобными мерами — Курляндское герцогство как государство или же свою собственную семью, однако в любом случае его политика находилась в меркантилистском русле. К несчастью, все эти меры оказались неустойчивыми. К концу правления Якоба Курляндия была развита экономически не более, чем другие территории побережья.

Хотя шведская экономическая политика в Эстонии и Ливонии отличалась теми же характеристиками, что и политика герцога Якоба в Курляндии, с точки зрения шведского правительства, его собственные действия имели больший потенциал для обогащения государственной казны. Все предприятия облагались налогами в пользу короны, в дополнение к чему была разработана система лицензий и монополий. Курляндия рассматривалась как конкурент, и контроль над торговыми потоками, идущими как в Эстонию и Ливонию, так и через них, был направлен на то, чтобы изменить вектор с Курляндии на эстонские и ливонские города. Города в целом пользовались поддержкой как центры активной деятельности, способной пойти на пользу шведской короне. Река Даугава была признана главным торговым путем, ведущим к русским землям, и в этом качестве защищалась и охранялась. Государство финансировало и поддерживало кораблестроение и мелкотоварные мануфактуры. Были стандартизированы меры веса и измерения на всех территориях под контролем Швеции, а также прекращены бесконечные некогда споры о сферах деятельности между гильдиями. Морская торговля на Балтийском море (которая шла с эстонскими и ливонскими портами и через них) осуществлялась благодаря портам на основной территории Швеции. Рост населения, ожидаемо следующий за экономическим развитием, считался благом для государства, так как большее количество населения приравнивалось к усилению государства. Однако местная реакция на подобное вмешательство государства была неоднозначной. Города побережья и их торговая элита воспринимали тесную связь между собственными интересами и государственной политикой и в целом подчинялись указаниям правительства; землевладельческая аристократия возмущалась вмешательством правительства в то, что происходит в сельской местности, и видела в росте могущества городов угрозу своим собственным возможностям. Не существует надежной статистики экономического развития на территориях, принадлежавших Швеции в XVII в., однако есть вероятность, что большую часть этого столетия все показатели были позитивными.

Шведская администрация Эстонии и Ливонии, проводя меркантилистскую экономическую политику в интересах городов, добилась расширения их роли в регионе, для чего в противном случае могло потребоваться значительно больше времени. Коммерческая деятельность Шведской Ливонии была сконцентрирована в Риге, хотя и портовые города Эстонии — например, Таллин и Нарва — также расширили круг своей деятельности на протяжении XVII столетия Рижские купцы, все еще организованные в гильдии, действовали в качестве посредников в импортных операциях, осуществлявшихся по Даугаве. Товары прибывали как с самого побережья, так и из восточных русских княжеств, а также из Великого княжества Литовского, с которым Рига еще со времен Гедимина имела хорошие, хотя и часто прерывающиеся торговые отношения.

К середине XVII в. торговый патрициат Риги не хотел более терпеть ограничений, которые накладывало на него членство в Ганзейской лиге, и принял у себя голландские корабли, чтобы развивать торговлю с Западной Европой. Удерживая баланс между лояльностью и отстаиванием своих интересов (не забывая оказывать должное уважение центральному правительству в Стокгольме), рижские купцы настаивали на том, чтобы все экспортные товары проходили через их руки. Такая политика противоречила интересам землевладельцев, имевших свои коммерческие интересы и начавших выращивать зерно на экспорт, — они стремились иметь дело с иностранными купцами напрямую. Такое кажущееся лицемерие — сопротивление внешнему контролю над торговлей и усиление контроля на местном уровне — было повсюду типичным для городов с доминирующим торговым элементом, но городской патрициат преподносил это как реализацию своих традиционных прав. В Риге и других городах под властью Швеции пышно расцвел местный контроль над производством на уровне гильдий, гильдейских организаций и братств. Предпринимательская активность в городе и на прилегающих подчиненных ему территориях считалась незаконной, если не была разрешена специальной лицензией или предоставлением монопольного права. Разумеется, все эти дающие и использующие подобные разрешения городские корпорации находились под управлением людей немецкого происхождения, которые, тем не менее, допускали проникновение «негерманцев» в различные сферы, носящие вспомогательный характер и хуже организованные (транспорт, кораблестроение, поддержание городской инфраструктуры). Хотя укрепленная стенами Рига с архитектурной точки зрения выглядела как немецкий ганзейский город и языком делового общения там был преимущественно немецкий, общее его население (12 тыс. человек) было полиэтничным, и доля латышей, по оценкам, составляла 40–50 %.