Быстро развивавшиеся эстонская и латышская национальная литература (в широком смысле слова) становились все более светскими по характеру публикаций; процент религиозных трудов составлял 15 на латышском языке и 28 — на эстонском. История периодических изданий на эстонском и латышском языках, состоявшая из взлетов и падений, не дает возможности оценить число подписчиков, но общий тираж главных газет (недолго просуществовавшей Pēterburgas avīzes и долгожителя Baltijas vēstnesis на латышском и Parno Postimees на эстонском) совершенно определенно вырос с первоначальных нескольких тысяч экземпляров до количества, вдвое или даже втрое большего, к середине 80-х годов XIX столетия. Эта статистика не охватывает всех читателей, потому что книги и газеты переходили «из рук в руки», передавались от одной фермы к другой, что было широко распространенным явлением по свидетельству современников. В любом случае статистика убедительно подтверждает, что культурная ситуация в Прибалтике, существовавшая на протяжении столетий и характеризовавшаяся тем, что книги на местных языках создавались носителями других языков и составляли при этом незначительную долю общего количества публикаций, ушла в прошлое. Культурные пространства, в которых главными языками стали эстонский и латышский, были сформированы и четко очерчены, и возвращение к прошлому являлось столь же невозможным, сколь и возвращение эстонских и латышских крестьян к крепостной зависимости, в которой они находились в начале XIX в.

В Эстляндии, Курляндии и Лифляндии культурный национализм вышел на общественную арену в 50—60-х годах XIX в. достаточно спокойно — большинство основных манифестаций были разрешены российским правительством. Напротив, в литовских землях и Латгалии те же десятилетия отмечены насильственным проведением государственной политики, с которой не приходилось сталкиваться (и противостоять ей) эстонским и латышским националистам. После вступления на трон в 1855 г. Александр II вернулся на какое-то время к либерализму своего деда по отношению к польским и литовским землям, но это смягчение политики (по сравнению с временем Николая I) побудило многих жителей бывшей Речи Посполитой решить, что (снова) настало время свергнуть «русское иго». Восстание 1863–1864 гг., обычно называемое «польским», в действительности началось в 1862 г. на польских территориях в форме локальных беспорядков, закончившихся тем, что по приказу российского правительства зачинщиков забрали в солдаты. Эта мера вызвала более открытое противодействие, и к январю 1863 г. партизанские атаки против всего, что символизировало власть Российской империи, получили широкое распространение в польских, литовских и белорусских провинциях. Реакция петербургского правительства предсказуемо выразилась в их вооруженном подавлении, что вызвало протесты западных государств и, в свою очередь, ответный всплеск националистической реакции в российской прессе. Восставших жестоко покарали в мае 1864 г.; меры, предпринятые правительством, мало отличались от тех, которые осуществлялись после выступления 1830–1831 гг., однако с точки зрения культуры они были даже более суровыми. Восстание 1863 г. лишило его сторонников, будь то представители земельной аристократии или крестьянства, всякого положения в обществе; хотя число сражавшихся, возможно, в этот раз оказалось меньше, чем в 1830–1831 гг., вооруженные столкновения были более разбросаны территориально, а оружие, доступное революционерам, менее пригодно для боевого применения, чем раньше. Однако лучшая, чем раньше, организация и временные успехи стимулировали восставших к дальнейшим действиям. Но цели польских революционеров снова различались, как и во время восстания 1830–1831 гг. Когда к восстанию присоединились литовцы, действия стали еще менее целенаправленными: некоторые из них вступили в борьбу, чтобы сбросить «двойное иго» — польское и русское; польские повстанцы на литовских землях выражали презрение к целям литовцев, а множество крестьян, выступавших против привилегий землевладельцев, к какой бы национальности те ни относились, привнесли в происходящее элемент классовой войны. Число мятежников на литовских землях составляло, по оценкам, около 15 тыс. человек, тогда как российские войска насчитывали здесь 90 тыс. солдат. К весне 1864 г. произошло 119 столкновений с мятежниками в районе Каунаса, 38 — в районе Вильнюса и 17 — в Сувалкии. По иронии судьбы латгальские области Витебской губернии, где жили около 200 тыс. латышскоязычных крестьян, тоже были вовлечены в это значимое событие польско-литовской истории, поскольку в восстании участвовало польское и ополяченное литовское дворянство этого региона, — очевидно, из-за того, что исторически данная местность самоидентифицировалась как Польская Ливония. Поэтому крестьяне этой местности приняли участие в восстании в силу еще более сложного комплекса причин.

После начала восстания генерал-губернатором Виленской губернии был назначен генерал Михаил Муравьев (уже известный среди литовцев как «Вешатель»). Муравьев не колебался, назначая своим противникам максимальную меру наказания: в литовских землях было казнено, по меньшей мере, 129 человек, 972 — были осуждены на каторгу, 2956 — сосланы в Сибирь, 345 — отданы в солдаты, 864 — заключены в тюрьму и 4096 человек подвергнуты административной ссылке в другие части Российской империи, в результате чего они были вынуждены жить вдали от родины. Конфисковали около 1740 частных поместий действительных и предполагаемых участников восстания; около 6 тыс. жителей литовских земель погибли в сражениях с российской армией. С институциональной точки зрения расплатой за восстание стала широкомасштабная русификация, ставшая основой российской административной деятельности, особенно в области образования. Правительство также наложило значительные ограничения на участие католической церкви в начальном образовании и на ее контакты с другими церковными институтами, включая папский престол, в границах России. Само название «Литва» перестало существовать официально: в документах этот регион назывался «Северо-Западный край». Важное ограничение было наложено на печатное слово: на целых сорок лет после 1864 г. была запрещено публиковать какие-либо материалы на литовском языке с использованием латинского алфавита; в это время официально существовали лишь те литовские тексты, которые набирались кириллицей. Демонстрируя пренебрежение к этническим и языковым различиям между крестьянами, российские администраторы также запретили публикации на латгальском языке, который также основывался на латинском алфавите; таким образом, латышскоязычные латгалы приравнивались к литовцам. Эти суровые меры, направленные на культуру и интеллектуальную жизнь, конечно, не нанесли значительного ущерба давно существовавшей польской культуре: после разделов Польши конца XVIII в. значительная часть польского населения находилась на территориях Германии и Габсбургской империи, относительно спокойно относившихся к польской культуре. Но фактически все носители литовского языка жили на территории Российской империи, и все попытки подавить развитие языка и литературы с помощью новых государственных указов могли повлечь за собой катастрофические последствия, если бы население не принимало специальных мер, чтобы противостоять им.

Указанные специальные меры дали имя следующим сорока годам литовской культурной истории — это был период контрабанды книг. Попытки такого рода предпринимались исключительно частными лицами: контрабандисты (книгоноши) находили поставщиков в литовских общинах Восточной Пруссии («Малой Литвы»), различными способами провозили нелегальный товар через российско-прусскую границу и распространяли книги среди литовского населения российских провинций. Существующая статистика (по определению недостоверная) говорит нам, что этот процесс начинался медленно — в первые десять лет на территорию Империи попало контрабандным путем всего 214 наименований книг, тогда как за весь период (1864–1904) общее количество наименований составило около 4100. Большинство из них поступали из типографий и издательств, находившихся в Восточной Пруссии, но в последние десятилетия около 780 книг были изданы литовскими эмигрантами в США. Российскому правительству удалось конфисковать около 200 тыс. экземпляров нелегально провезенных книг; это, вероятно, означало, что значительно большее их количество достигло своей цели. Масштаб сети книгонош остается неизвестным, но, согласно данным российской полиции, 2854 человека были задержаны за такую контрабанду (86 % из них были крестьянами, 6 — горожанами, 6 — дворянами и 2 % имели неопределенный статус). Правительство финансировало публикацию около 50 книг на литовском языке, где использовалась кириллица, но они не только не пользовались популярностью, но и в некоторых случаях сжигались в знак протеста. Российское правительство сделало несколько исключений, разрешив публикацию нескольких сборников литовских народных песен с использованием латиницы. Таким образом, термин «национальное пробуждение» не часто использовался литовцами по сравнению с его распространенностью в балтийских губерниях, поскольку наиболее выраженные аспекты этого пробуждения проявлялись на полностью нелегальной основе.