Советизация проникла во все сферы жизни Балтии. Постепенно были закрыты все неправительственные организации (за исключением получивших специальные разрешения), и их собственность перешла к «трудящимся массам», то есть к новым властям. С религиозными организациями, особенно с католической церковью, обращались осторожнее, но, тем не менее, они оставались под наблюдением и сталкивались с массой запретов. Крупные промышленные предприятия, банки и вся земля были национализированы, банковские счета заморожены, и все сбережения, превышавшие определенную сумму, конфискованы. Стоимость прежних валют — литов, латов, крон — провозглашалась эквивалентной российскому рублю. Была проведена аграрная реформа, в соответствии с которой мало- и безземельные крестьяне получили земельные наделы размером до 10 га; разговоры о коллективизации пресекались, новые власти обещали сохранить частные фермерские хозяйства. Послы трех стран за границей были отозваны; тех, кто не вернулся, объявили предателями, а их имущество конфисковали. Образовательные учреждения также оказались под контролем новой власти, и везде был введен обязательный курс изучения марксизма-ленинизма. Газеты были закрыты или подвергнуты жестокой цензуре, радио стало голосом «партии и правительства». Иностранные дипломаты покинули побережье, и три республики оказались в определенном смысле отрезаны от всех внешних контактов. Вооруженные силы трех стран были расформированы или включены в состав Красной армии, члены офицерского корпуса либо заключены в тюрьму, либо казнены, либо депортированы. На территории новых советских социалистических республик были введены Конституция СССР и советские законы. Изначально большинство населения осталось на своих рабочих местах, включая правительственных чиновников, но были назначены новые управленцы. Для новых властей были не так важны опыт и способности, как «правильные» политические взгляды и лояльность Советскому Союзу. К концу 1940 г. все оставшиеся институты трех стран лишились своих прежних, «буржуазных» руководителей. Переход завершился тем, что улицы в крупных городах стали переименовывать в честь прошлых или действующих деятелей коммунистической партии.
Эти перемены происходили в Эстонии, Латвии и Литве в разные сроки, но по одной и той же схеме. Повсюду шли аресты, друзья и коллеги исчезали в неизвестном направлении, и люди быстро поняли, что задавать лишние вопросы опасно. Новый гражданский режим был прикрыт советскими военными: сформирован Прибалтийский военный округ со штабом в Риге, и советское военное присутствие стало частью ежедневной жизни как в столицах, так и в сельской местности. Реакция гражданского населения на все эти перемены была неоднозначной, и в ней преобладало чувство беспомощности. Некоторые считали, что новое правительство не станет демонстрировать ужасы и жестокости времен становления большевистского режима в Советской России, поскольку сейчас население не подвергается таким опасностям, как во время Гражданской войны в России (1919–1921). Другие заняли оппортунистскую позицию, заявив, что их угнетали при предыдущем правительстве и теперь они поддерживают новый, социалистический порядок. Кто-то ожидал улучшения жизни и приветствовал перемены с энтузиазмом. Поскольку было невозможно определить, кому можно, а кому нельзя доверять, противники нового порядка (особенно имеющие семьи) молча исполняли все новые правила и предписания, как могли, и ждали, что будет дальше.
Пакт о ненападении, заключенный Гитлером и Сталиным в августе 1939 г., предоставил СССР свободу действий на Балтийском побережье, и Германия никак не препятствовала его оккупации. Иначе отреагировали западные демократические страны: 23 июля 1940 г. США отказались признавать оккупацию, как и Великобритания в 1941 г.; в столицах этих двух стран продолжали существовать дипломатические миссии прежних правительств Эстонии, Латвии и Литвы. «Политика непризнания» продолжалась и после Второй мировой войны. К ней присоединились другие государства, и в результате довоенные республики Балтии оказались в странном положении: они не существовали как независимые государства де-факто, но продолжали существовать де-юре. Новые правители стран побережья предприняли множество шагов, чтобы стереть память о довоенных государствах: их символика (флаг, герб) была запрещена; составлены списки книг, опубликованных до 1940 г., которые затем изымались из библиотек; репутация довоенных писателей (за исключением тех, кто теперь служил новым правительствам, или провозгласил свою лояльность им) очернялась, как и все связанное с периодом межвоенной независимости. Историки Советской Прибалтики начали переписывать историю первой половины XX в., характеризуя период 1918–1940 гг. как время правления «буржуазно-фашистских диктатур», а события лета 1940 г. — как «социалистическую революцию», давшую власть «трудящимся массам». Долгосрочная цель всех этих мер состояла в том, чтобы заглушить народную память и избавиться от «буржуазно-националистического» сознания; поскольку в 1940–1941 гг. существенное большинство населения Прибалтики могло легко сравнить две эпохи, приходилось запрещать негативные высказывания о новом порядке.
Трансформация стран Балтии в советские прибалтийские республики продолжалась в первой половине 1941 г., и растущая изоляция населения этого региона, вызванная строгим контролем информации, вызывала множество слухов. Один из них, возможно порожденный отчаянием, состоял в том, что Германия готовится напасть на Советский Союз, но было трудно найти этому неопровержимые доказательства. Сложно судить, насколько Сталин верил в подобную возможность, однако (по внешним или внутренним причинам) политика «зачистки» прибалтийских республик от всех возможных видов оппозиции вышла на новый уровень. Хотя за одиннадцать месяцев, прошедших после июня 1940 г., тысячи жителей были заключены в тюрьму, депортированы или казнены, количество жертв возросло до десятков тысяч лишь за одну ночь (с 13 на 14 июня 1941 г.). Это первые массовые депортации из Прибалтики, направленные на то, чтобы убрать из местного населения целые группы людей, которыми оказалось сложно управлять новому правительству. Акция была направлена против членов некоторых довоенных организаций (национальной гвардии, бойскаутов), а также против тех, кто занимал важные позиции в довоенных правительствах и просто известных (на национальном, региональном или местном уровне) людей, способных влиять на общественное мнение в силу своего положения или популярности. Списки этих людей были составлены партийными чиновниками или местными функционерами, лояльными новым правительствам. Арестованных доставляли на периферийные железнодорожные станции и в товарных вагонах вывозили в различные пункты назначения в глубине СССР.
В результате депортации 13–14 июня население Латвии лишилось 15 424 человек, в Эстонии число жертв составило примерно 10 тыс., а в Литве — около 18 тыс. человек. Депортации не включали таких специальных мер, как судебные процессы над высланными; исчезновение этих людей из Прибалтики казалось новому правительству достаточным. Из всех потрясений, которые новая власть принесла населению региона, массовые депортации были наиболее травматичными, поскольку от них пострадало наибольшее количество людей в городах и сельской местности во всех социальных группах. Внезапные ночные аресты и высылка большого числа людей, считавшихся «врагами рабочего класса», стали одним из наиболее эффективных инструментов массового запугивания, но, как выяснилось, новому режиму не довелось воспользоваться его плодами. Двадцать второго июня вермахт Третьего рейха начал операцию «Барбаросса», и около 3 млн немецких солдат вторглись в СССР, создав линию фронта протяженностью 3500 км. Группа армий «Север» (Nord), включавшая в свой состав около 650 тыс. солдат, нацелилась на Ленинград, прошла Литву, 1–2 июля достигла Риги и 7 июля пересекла границу Эстонии. Прибалтику в указанный период защищали советские вооруженные силы (около 380 тыс. солдат), и, как в Первую мировую войну, данный регион оказался в эпицентре конфликта между Германией и Россией (теперь — Советским Союзом). Несмотря на подавляющее численное преимущество, войскам вермахта не удалось захватить Прибалтику до конца августа, хотя в эти два месяца немецкие войска неуклонно продвигались вперед. Советской стороне мешала недостаточная готовность к войне, а также то, что во всех трех прибалтийских республиках значительное количество гражданских лиц, пользуясь случаем, создавали партизанские отряды, чтобы наносить максимальный вред советским войскам. Наиболее эффективное выступление такого рода произошло в Литве в июне. По оценкам, в нем участвовало 16–20 тыс. человек, достаточно организованных, чтобы нанести Красной армии значительный урон и даже создать временное правительство (просуществовавшее недолго). В Латвии 6–8 тыс. партизан смогли уничтожить около 800 советских солдат, а также захватить в плен около 1500. По мере того как Красная армия и гражданские чиновники покидали Прибалтику, в более чем 20 городах и во множестве латышских уездов (pagasti) власть переходила к этим «национальным» силам. В Эстонии партизанские силы составляли около 5 тыс. человек; они уничтожили около 500 советских солдат, втягивая отступающие советские войска в новые бои. Целью партизанской борьбы было продемонстрировать немецким войскам и чиновникам, что местное население стремится освободиться от советской власти столь же сильно, как Германия хочет разгромить Красную армию. Однако прибывающие в Прибалтику немецкие чиновники воспринимали ситуацию по-другому; везде, где устанавливалась немецкая власть, партизан быстро разоружали и не давали возможности создать какие-либо формы управления, кроме насаждаемых Германией. Если местное население (Einheimische) и могло осуществлять какие-то властные полномочия, оно должно было делать это только в рамках институтов, созданных и одобренных Третьим рейхом и действующих на соответствующих принципах.
