Лидеры трех балтийских правительств были в затруднительном положении, поскольку к концу весны 1940 г. стало ясно, что «хорошее поведение» и приверженность нейтралитету ничего им не принесли. Советский Союз усердно работал над тем, чтобы спровоцировать в Литве инциденты, которые затем интерпретировал как свидетельство невыполнения Литвой обязательств по соглашению; особенно частыми такие инциденты стали в мае. Шестнадцатого мая одна из центральных газет СССР, «Известия», опубликовала статью, где было сказано, что «нейтралитет малых государств, не имеющих возможности защищать его, является чистой фантазией. Таким образом, у малых стран очень мало шансов выжить и остаться независимыми». Текст выглядел как отвлеченные размышления о современной геополитике, но в то же время статью можно было прочесть и как декларацию о намерениях. Другая статья в центральной газете компартии «Правда» 28 мая обвинила Эстонию в «чрезмерном нейтралитете». Но, хотя еще в мае балтийские дипломаты сохраняли веру в то, что непрерывные переговоры с Москвой помогут сохранить нормальное положение вещей, в конце месяца литовское правительство в циркулярной телеграмме дипломатическому корпусу сообщило о назначении представителя Литвы в Риме Стасиса Лозорайтиса «руководителем всего дипломатического представительства страны за границей» в случае, если «здесь произойдет катастрофа». Наделяющее аналогичными полномочиями послание было направлено 17 мая послу Латвии в Лондоне Карлису Зариньшу. Таким образом, эти дипломаты хотя и не становились официальными представителями правительств в изгнании, тем не менее могли остаться независимыми голосами своих стран в случае, если правительства окажутся под советским контролем. В Латвии в конце мая — начале июня местные хоровые общества начали готовиться к национальному певческому празднику, который должен был состояться 16 июня в Даугавпилсе (рус. Двинск).
В мае 1940 г. немецкая армия вторглась в Нидерланды, Бельгию, Люксембург и Францию, и к концу июня последняя запросила перемирия, которое было подписано 22 июня. Британская армия была отозвана с континента к концу мая (Дюнкерк). СССР воспользовался событиями, чтобы 14–16 июня предъявить послам Эстонии, Латвии и Литвы ультиматумы, в которых эти три государства обвинялись в невыполнении условий соглашений и в стремлении создать антисоветскую коалицию. От правительств Пятса, Ульманиса и Сметоны потребовали допустить на территории их стран неограниченное количество советских войск и сформировать новые правительства. Немедленно собравшиеся чрезвычайные совещания трех правительств сочли ситуацию безнадежной; только Сметона настаивал на вооруженном сопротивлении, но почти не получил поддержки своих министров и военачальников. Сметона и его семья эмигрировали в Германию, а президенты Ульманис и Пятс остались на своих постах. Четырнадцатого июня советская армия пересекла границу Литвы, 17 июня — Эстонии и Латвии. В столицы стран Балтии прибыли три высокопоставленных советских чиновника: Владимир Деканозов — в Каунас, Андрей Вышинский — в Ригу и Андрей Жданов — в Таллин, при этом последний должен был контролировать весь процесс захвата. В последующие недели советский план гладко претворялся в жизнь. Президенты Ульманис и Пятс согласились расформировать свои кабинеты, и во всех трех странах были созданы новые (фактически, марионеточные) правительства, состоявшие в основном из эстонцев, латышей и литовцев, не имевших значительного опыта в управлении, но знакомых населению.
В Литве новое правительство возглавил журналист Юстас Палецкис (1899–1980), в Латвии — биолог Август Кирхенштейн (18721863) и в Эстонии — врач и поэт Йоханнес Варес (1890–1946). Все они, как и члены их новых кабинетов, ранее отличались левыми или оппортунистскими взглядами и демонстрировали дружелюбное отношение к Советскому Союзу; несколько человек разделяли коммунистические убеждения. За советскими войсками следовали подразделения спецслужб, включая НКВД, и немедленно начались аресты потенциальных противников нового порядка. Антанас Меркис (1887–1955), исполнявший обязанности президента Литвы после эмиграции Сметоны, был выслан в СССР 17 июля, Ульманис — 22 июля, и Пятс — 30 июля. Многие известные люди продолжали исчезать из своих домов и с рабочих мест, после чего о них никто никогда не слышал. В эти июльские недели на государственную службу на всех уровнях назначались кадры, лояльные новому режиму, — члены компартии, тайные коммунисты, подпольно действовавшие во всех трех странах, а также прибывавшие из СССР. Было необходимо, чтобы новые национальные лидеры имели эстонские, латышские и литовские фамилии, — для поддержания иллюзии, что народ сам сверг авторитарные правительства (в советской терминологии — «фашистские клики»). Для этого оказались весьма полезными коммунисты и сочувствующие балтийского происхождения, покинувшие родину во время войн за независимость и сделавшие карьеру в СССР. Их ряды значительно поредели во время предпринятой Сталиным чистки «старых большевиков» в 1936–1938 гг.; пережившие ее (и согласные на любые условия) получили приказ вернуться на родину и занять предложенные посты. Некоторые из них прибыли в страны Балтии заранее, чтобы вести подпольную работу. Все они имели нужные фамилии, были лояльными аппаратчиками, но часто очень плохо говорили на местных языках (если вообще их знали). В первые недели, когда более востребованы были местные коммунисты и сочувствующие, они были не так заметны; их роль возросла позже, когда процесс «советизации» завершился.
Однако теперь главной задачей новой власти было провести парламентские выборы, чтобы продемонстрировать волю «угнетаемых» до сих пор «трудящихся масс». Выборы были проведены в всех трех странах 14–15 июля: на них были допущены только левые кандидаты, а представителей конкурирующих политических группировок арестовали или просто отстранили. Семнадцатого июля было объявлено, что депутаты, представлявшие «трудящихся», получили 99,2 % — в Литве, 97,6 — в Латвии и 92,9 % — в Эстонии. Участие в голосовании являлось обязательным, и во всех трех странах целенаправленно напечатали внутренние паспорта, чтобы проконтролировать, участвовал ли каждый гражданин в этом «изъявлении народной воли». На первых заседаниях 21 июля новые законодательные органы провозгласили свои государства советскими социалистическими республиками и проголосовали за то, чтобы послать в Москву делегации с просьбами о присоединении к СССР. Так и произошло, и Верховный Совет «удовлетворил просьбу» Литвы — 3 августа, Латвии — 5 августа и Эстонии — 6 августа. За три месяца три страны были трансформированы из независимых государств в союзные республики — неотъемлемые части новоявленной империи.
Скорость, с которой исчезла эстонская, латышская и литовская государственность, поражала воображение, и населению потребовалось некоторое время, чтобы понять, что власть над его будущим находится теперь в руках Москвы. Впрочем, это становилось реальным по мере того, как новые правительства в процессе советизации издавали один указ за другим. Прежняя политическая терминология: «парламент», «кабинет», «президент» — была заменена новыми незнакомыми словами: «Совет народных комиссаров», «Президиум», «Совет министров», «Председатель», «первый (второй) секретарь», «Центральный (исполнительный) комитет». Множество политических партий были заменены единственной всемогущей партией — коммунистической (самозваным «авангардом пролетариата»). В каждой из трех республик была собственная партия с многоуровневой структурой, присутствующая на уровне «ячеек» и «бюро» во всех неправительственных организациях. Политическая философия пролетарского государства («диктатура пролетариата») предоставляла партии «руководящую и направляющую роль», что на практике подчиняло правительство партии. Таким образом, существовало две параллельные структуры власти, хотя, в принципе, один человек мог занимать должности в обеих. Партийные организации Эстонской, Латвийской и Литовской Советских Социалистических Республик, в свою очередь, подчинялись ВКП(б) — Всесоюзной коммунистической партии (большевиков) — и ее Генеральному секретарю — Иосифу Виссарионовичу Сталину.
