После этих событий власть во Флоренции практически захватил Савонарола. Он учредил старую, республиканскую форму правления и новый Великий совет, состоящий из 500 человек. Для этого был специально перестроен большой зал в палаццо Синьория, его так и называют – «зал Пятисот». Джироламо продолжал каждый день проповедовать в кафедральном соборе, в другие церкви уже не вмещались все желающие послушать его речи. На этот раз, по его словам, ему было видение огненного креста, который раскачивался над Флоренцией и трансформировался в огненный меч, угрожающий гибелью всем не покаявшимся. Очевидно, он обладал даром гипноза: люди выходили из храма с горящими огнем глазами, бежали домой, хватали предметы роскоши, дорогие платья, картины, статуи, все, что попадалось под руку, и сжигали это все на кострах, которые пылали по всему городу. Наконец, Савонарола провозгласил синьором и королем Флоренции Иисуса, сам же он был в глазах народа избранником Христа.

Население Флоренции разделилось на 3 партии: плаксы (piagnoni) – приверженцы Савонаролы, беснующиеся (arrabiati) – они выступали против монаха, и паллески (от слова palle – шары), которые остались верны Медичи. Савонарола организовал отряд мальчиков, которые врывались в знатные дома с целью следить за исполнением десяти заповедей. Кроме того, они бегали по городу, отбирая игральные карты, кости, светские книги, флейты, духи и тому подобные вещи. Эти подростки срывали драгоценности с женщин и мужчин, рвали их дорогую одежду, потом все это предавалось торжественному сожжению на так называемом «костре тщеславия», разведенном на площади Синьории. Сначала сложили огромную пирамиду из безделушек, париков, духов, книг, статуй, бюстов, зеркал, посуды, драгоценностей, манускриптов, книг Боккаччо и Петрарки, картин с изображениями обнаженной натуры и всего прочего. Увенчало пирамиду чучело Сатаны с козлиными копытами, острыми ушами и бородкой. Затем все это подожгли и продолжали бросать туда другие предметы «тщеславия», которые находили. Боттичелли бросил тогда в костер несколько своих картин собственноручно, устыдившись своей ранней, мифологической живописи. И еще один художник, Баччо делла Порта, сжег свои прежние полотна, вступил в доминиканский орден и взял имя брат Варфоломей. С тех пор и он, и Боттичелли писали только религиозные алтарные образа на мрачные темы: Распятие, избиение Христа, снятие с креста, положение во гроб и другие. Савонарола добился своего: флорентийцы начали носить скромные одежды и отказались от драгоценностей, соблюдали посты, за покаянием и отпущением грехов выстраивались очереди. Вместо праздников и карнавалов устраивали религиозные шествия с пением псалмов, жизнь во Флоренции потекла мрачная, угрюмая и однообразная. Савонарола решил превратить Флоренцию в «град Божий».

Слух о его проповедях дошел до папы Александра VI, Савонарола не щадил и его. Он обвинял святого отца в разврате, инцесте, коррупции, симонии, продаже индульгенций и всех прочих грехах. Зная о популярности монаха, понтифик сначала решил его задобрить и пригласил в Рим. При этом он пообещал Джироламо кардинальскую шапку, но Савонарола гордо отказался и продолжал бичевать всю семью Борджиа в своих выступлениях. Тогда Александр VI назвал учение Савонаролы «подозрительным» и отлучил его от церкви. Монах запротестовал, и 19 июня 1497 года появилось его «Послание против лживо испрошенной буллы об отлучении». В своем послании папе он отказывался повиноваться отлучению, «противному христианской любви и заповедям Господним». Савонарола заявил, что несправедливо отлученный имеет право апеллировать ко Вселенскому собору. Потом он предал папу анафеме и, в свою очередь, отлучил Александра VI от церкви. Этого святой отец уже стерпеть не мог: он объявил Савонаролу еретиком и приказал привезти его в Рим силой или арестовать и посадить в тюрьму. Правительство побоялось арестовывать монаха, но запретило ему выступать перед народом.

25 марта 1498 года в церкви Святого Креста читал проповедь популярный монах-францисканец Франциск Пулья. Он призвал Савонаролу пройти испытание огнем, чтобы доказать, что он действительно посланник Божий. Франциск заявил, что если Джироламо пройдет через огонь и не обожжется – значит он говорит правду. В противном случае он будет проклят и изгнан из Флоренции. Вместе с ним согласился пройти через испытание огнем один из монахов францисканского ордена, соперника доминиканского. Джироламо согласился, и назначили день: 7 апреля 1498 года. Но когда этот день наступил – Савонарола внезапно отказался от испытания огнем. Тогда вместо него вызвался пройти через огонь один из его приспешников, и потихоньку начала собираться толпа, чтобы посмотреть на это зрелище. На площади Синьории проложили и подожгли дорожку из сухих ветвей и листьев, первым через которую решил пройти монах-доминиканец. Он долго препирался с францисканцем, нужно ли нести в руках деревянное распятие или нет. Вдруг загремел гром и хлынул такой сильный ливень, что он затушил огонь. Спектакль не состоялся, а Джироламо вернулся в монастырь и сказал, что он прошел испытание успешно и победил. Но люди уже разочаровались в своем кумире, и на следующий день «беснующиеся» осадили монастырь Сан-Марко. Савонарола вместе с его друзьями Доменико Буонвичини и Сильвестро Маруфи был арестован и заключен в темницу. Во время его ареста звонил монастырский колокол работы Микелоццо. После этого «плаксы» сняли его с колокольной башни и поволокли в «изгнание» в дальнюю доминиканскую церковь Святого Спасителя, которая находится за пределами городской стены. По дороге, в знак наказания, они били колокол плетьми, и с тех пор он тоже получил название «Плакса» (Piagnone). Сейчас Piagnone снова находится в музее монастыря Сан-Марко в зале Капитула.

Под жестокими пытками Савонарола и его приспешники признались в ереси и лжепророчестве, после чего им был объявлен смертный приговор. Их должны были казнить путем повешения и последующего сожжения тел на костре. Была назначена дата исполнения приговора: 23 мая 1498 года, и место – площадь Синьории. Последнюю ночь перед казнью Джироламо провел в той же келье в башне дворца Приоров, где сидел Козимо Старший перед изгнанием. На казнь проповедника и его товарищей собралось огромное количество народа, на площади были установлены три виселицы с цепями, на которых они были повешены. Под виселицами сложили костры, и когда приговоренные испустили дух – их тела были сожжены на костре. Это произошло на том же самом месте, где они сами год назад сжигали произведения искусства на «костре тщеславия». После того, как погас последний огонек, палач собрал всю золу в телегу – иначе женщины кинулись бы собирать золу для стирки белья, она служила им пятновыводителем. Затем тележку с прахом Савонаролы и его приспешников привезли на Старый мост и выбросили в воды реки Арно, так что от них не осталось и следа. С папой Борджиа шутки плохи, лучше было не выступать против него.

В музее монастыря Сан-Марко сохранилась келья Савонаролы с его бюстом, портретом, обрывками одежды, веригами, картиной неизвестного художника «Казнь Савонаролы» и даже поленом якобы из костра, на котором его сожгли. А на площади Синьории находится круглая отметка с надписью в память о проповеднике и о двух братьях-доминиканцах, сожженных вместе с ним. Каждый год 23 мая, в день его казни, эту плиту покрывают цветами. Сегодня брат Джироламо Савонарола считается слугой Божьим, и флорентийская церковь представила дело о его беатификации в 1997 году. Сохранились еще «плакальщики» во Флоренции.

После казни Савонаролы во Флоренции наступило относительное затишье на 14 лет. Потихоньку начали забывать проповеди безумного монаха, женщины и мужчины снова надели красивые платья и драгоценности, прекратились «костры тщеславия» и религиозные шествия. На пост гонфалоньера республики был избран Пьетро Содерини, сын Томмазо Содерини, ближайшего друга Лоренцо Великолепного. В 1501 году его впервые назначили на эту должность пожизненно, и Содерини оставался на этом посту до возвращения Медичи из изгнания. Канцлером Флорентийской республики был избран 29-летний Никколо Макиавелли. Он уже до этого был помощником канцлера и подавал заявку на эту должность и раньше, но Савонарола его отвергал за то, что Макиавелли был его противником. Никколо был прекрасно образован, он, скорее всего, окончил юридический факультет университета, но точных сведений о его образовании нет. Среди предков Никколо было немало политиков: его отец был адвокатом, дед – практикующим юристом, а другие родственники часто занимали должности приоров и гонфалоньера. Историк-биограф Роберто Ридольфи описывает Макиавелли человеком стройным, среднего роста: «Волосы были черные, белая кожа, маленькая голова, худое лицо, высокий лоб. Очень яркие глаза и тонкие сжатые губы, казалось, всегда немного двусмысленно усмехавшиеся». В бывшей канцелярии палаццо Веккио прекрасно сохранился его портрет работы фламандского художника Яна ван дер Страта, флорентийцы его переименовали в Джованни Страдано. И бюст из раскрашенной терракоты работы неизвестного мастера.