Из собора Санта-Мария дель Фьоре Козимо приказал убрать статуи Адама и Евы работы Баччо Бандинелли из-за их наготы, сейчас эти статуи находятся в музее Барджелло. Остальные обнаженные изваяния, включая Давида работы Микеланджело, были обернуты брезентом. Из баптистерия Сан-Джованни герцог велел убрать меч и шлем Гульельмо Убертини – воина-епископа родом из Ареццо, который погиб в битве при Кампальдино в 1289 году во время войны гвельфов и гибеллинов. Козимо III считал неприличным тот факт, что епископ посвятил себя войне. Потом герцог решил пригласить в Тоскану иезуитов, которые монополизировали систему образования. В Пизанском университете было запрещено обучать всему, что противоречило теории Аристотеля, в том числе гелиоцентрическому строению Вселенной и теории атомов. Таким образом, все труды Галилея и Коперника попали в список запрещенных книг.

В мае 1700 года Козимо III отправился в паломничество в Рим, и папа Иннокентий XII после долгих уговоров присвоил ему почетный титул каноника Сан-Джованни в Латерано. Обрадованный теплым приемом народа, Козимо покинул Рим с фрагментом мощей святого Франциска Ксаверия, который стал одним из его любимых святых. Когда он вернулся во Флоренцию в одеяниях каноника – его подданные не знали, плакать им или смеяться, увидев своего герцога в таком виде.

Для наказания за преступления против общественной нравственности великий герцог учредил Управление общественного порядка. Это был специальный суд, уполномоченный налагать санкции на мужчин и женщин. В самых легких случаях полагалась порка, в тяжелых – дело доходило до тюремного заключения. При этом в тюрьме держали до тех пор, пока виновный не раскается или не согласится уйти в монастырь. Число монахов и монахинь во Флоренции резко выросло, влияние духовенства все больше и больше возрастало, город практически превратился в один огромный монастырь. Козимо отменил множество праздников, в том числе праздник весны Календимаджо, который начинался 1 мая и продолжался весь месяц. Он запретил рыцарские турниры, карнавалы и бега на колесницах, так как считал это язычеством. Оставались только христианские праздники, во время которых ограничивались торжественными службами в церквях и пением псалмов. Флоренция становилась все более и более мрачным городом, а Тосканское герцогство медленно катилось к закату. Но было не только плохое в эпоху правления Козимо III, было и кое-что хорошее.

Кроме уже вышеупомянутых растений и цветов герцог расширил коллекции садов и другими редкими экземплярами. Как ни странно, в этом ему помог отъезд из Флоренции жены. Чтобы побороть депрессию, Козимо III думал сначала найти любовницу, но при его благочестии это было невозможно. Проще было впасть в другой грех: чревоугодие. Он ел постоянно, перестал соблюдать посты, на столах ежедневно появлялась жирная жареная дичь и лучшее тосканское вино, хлеб и сладости: мороженое, конфитюры, засахаренные фрукты, которые ему нравились больше всего. Одни банкеты сменялись другими, он мог проснуться ночью, вызвать повара и заставить его приготовить, например, жирного каплуна или зажарить молочного поросенка. В результате склонный к полноте герцог стал очень тучным человеком, здоровье которого неуклонно ухудшалось, пока не вмешался его старый друг и придворный врач Франческо Реди. Он предписал ему строгую диету, согласно которой герцог мог есть в неограниченном количестве, но только овощи и некоторые фрукты, в которых не содержится много сахара. Как раз тогда в Тоскане появились ананасы из Нового Света, и Козимо сам занимался их выращиванием в саду Боболи, там был целый сад ананасов.

Герцог стал вегетарианцем и специалистом по овощам: шпинат, сельдерей, бобы, капуста, репа, завезенные из Америки фасоль, помидоры и кукуруза. Он поглощал их в большом количестве, похудел, и был единственным из мужчин династии Медичи, который прожил больше 80 лет. Единственное, от чего он не мог отказаться, – это очень модный в то время напиток: горячий шоколад. Однажды король Португалии преподнес ему в подарок особый сорт жасмина под названием Могерино из Гоа. Это растение с двойными, очень пахучими лепестками, Козимо выращивал в своем секретном саду на вилле Кастелло вместе с Франческо Реди, и его лепестки они добавляли в шоколад. Рецепт держали в строгом секрете, этим деликатесом угощали всех знатных гостей, которые приезжали в Тоскану. Все они удивлялись: откуда у шоколада Медичи такой приятный и необычный вкус? Но тайну рецепта не выдавали никому, ее открыли только в XX веке. Впоследствии Козимо III переименовал этот сорт жасмина в «Великий герцог Тосканы», его до сих пор выращивают в саду виллы Медичи в Кастелло, недалеко от Флоренции. В настоящее время твердый шоколад с жасмином можно купить в старинной аптеке и парфюмерной лавке «Санта-Мария Новелла».

С той же самой проблемой чревоугодия и лишнего веса столкнулся и младший брат герцога кардинал Франческо Мария Медичи, и ему Франческо Реди предписал точно такую же диету. Но Франческо Мария ответил на эти рекомендации: «Предпочитаю умереть сытым, чем жить голодным», и он умер сытым. Между тем Козимо III стал таким экспертом в области выращивания и разведения новых сортов овощей, ягод и фруктов, которые росли в садах Боболи и на виллах Медичи, что решил составить их особые каталоги. Для этого герцог пригласил флорентийского художника Бартоломео Бимби, который писал на больших холстах натюрморты. При этом на каждом из них он изображал десятки сортов одного какого-то вида овощей, ягод или фруктов, и на каждом из плодов была изображена цифра в кружочке. А внизу картины был список, где рядом с каждой цифрой он писал название сорта. Сохранились натюрморты с разными сортами цитрусовых, винограда, черешни, вишни, сливы, груш, яблок, персиков, абрикосов, клубники и многих других. Эти своеобразные каталоги вместе с другими картинами этого жанра находятся в единственном в Европе Музее натюрморта, который расположен на втором этаже виллы Медичи в Поджо-а-Кайано.

Однажды в 1683 году султан Константинополя Мехмед IV прислал великому герцогу письмо с просьбой о помощи: его зять Муссаид-Паша упал с лошади и повредил себе спину так, что не мог подняться. Нужен был опытный врач, и султан просил отправить ему Франческо Реди. Франческо не хотел ехать так далеко, к тому же ему было уже 57 лет, почтенный возраст. Он предложил вместо себя своего лучшего ученика Микеланджело Тилли. Перед тем, как Тилли отправился в Константинополь, Козимо дал ему четкие инструкции о том, что кроме лечения Муссаида-Паши Тилли должен передавать ему четкие сведения обо всех передвижениях султана и его войск. Таким образом, Тилли был не только медиком, но и шпионом. Они разработали определенный шифр: Микеланджело каждый день посылал своему учителю Реди письма о состоянии больного, между строк которого можно было прочитать всю нужную информацию. Тилли вылечил зятя султана с помощью лекарственных средств, которые он привез из Флоренции. Благодарный Мехмед завалил его деньгами и подарками, в числе которых было кофейное дерево. Вернувшись во Флоренцию, Тилли получил от герцога в награду должность заведующего кафедрой ботаники в Пизанском университете и директора Пизанского ботанического сада, где они начали выращивать кофе. Для этого Тилли сумел построить специальную теплицу, и к великой радости Козимо III кофейный куст благополучно зацвел и дал плоды в Пизе.

Когда заболел тунисский бей – он обратился к герцогу Тосканы с просьбой прислать ему Микеланджело Тилли, ставшего к тому времени самым известным врачом в мусульманском мире. Тилли вылечил бея, и в подарок для герцога Тосканы попросил семена всех самых редких растений Туниса. Он привез эти семена и вырастил редчайшие тунисские растения в Пизанском ботаническом саду. Постепенно этот сад становится самым известным в Европе благодаря Тилли и Козимо III. Микеланджело поддерживал связь с самым известным в те времена шведским ученым – ботаником из Упсалы Карлом Линнеем, который назвал в его честь растение: тиллея, по-русски его называют толстянка водная. Впоследствии Тилли создал каталог всех растений ботанического сада Пизы и посвятил его Козимо III Медичи.