Она каждую ночь меняла спальню, чтобы супруг ее не нашел – благо во дворце Питти комнат было великое множество. Она скандалила и со свекровью Викторией делла Ровере, слуги каждый день слышали их ругань и проклятия друг другу. Однажды Маргарита Луиза потребовала у Козимо семейные драгоценности Медичи, но он ей отказал. Принц не имел права дарить их без разрешения отца, великого герцога Тосканского. Каким-то образом Маргарите Луизе все-таки удалось их заполучить, она попыталась отправить драгоценности во Францию контрабандой, но Фердинанд II успел перехватить ее сообщников и разоблачил невестку.
Несмотря на постоянные ссоры Козимо, очевидно, как-то удалось проникнуть в спальню жены и хотя бы один раз исполнить свой супружеский долг. В 1663 году, через два года после свадьбы, родился долгожданный наследник престола принц Фердинанд Медичи. Но рождение сына не примирило супругов, они продолжали ссориться каждый день, и ненависть Маргариты Луизы в отношении мужа только увеличивалась.
Вскоре Фердинанду надоели их скандалы, и он предложил сыну совершить длинное путешествие по Европе одному, без жены. Козимо отправился на север Европы, в Австрию, Германию и Голландию, где его принимали со всем уважением и почестями. Впервые он расслабился, обрел чувство собственного достоинства после всех унижений, которые терпел от жены. Принц даже начал улыбаться и оказался вполне приятным собеседником. Путешествие в карете, сопровождаемой эскортом гвардейцев и слуг, было очень длинным и растянулось на несколько месяцев. Козимо навестил всех своих европейских родственников, включая императора Леопольда I в Вене. Леопольд был коронован недавно, в 1658 году, после смерти своего отца Фердинанда III. Козимо и император были троюродными братьями: дед Леопольда Фердинанд I Габсбург был братом бабушки Козимо Медичи – Марии Магдалины Австрийской.
В Голландии наследного принца Тосканы поразили удивительные, невиданной красоты цветы: тюльпаны самых разных цветов и оттенков, которыми так знаменита эта страна. Плантации тюльпанов были повсюду, куда ни кинь глаз, они расстилались наподобие разноцветного ковра. Особенно его поразил необычный вид этого цветка, который называли тюльпан-попугай. Его лепестки изгибались, как перья этой экзотической птицы, и казались покрытыми бахромой по краям. Козимо без промедления закупил множество луковиц этих удивительных цветов, которые в XVII веке стоили очень дорого, и немногие могли себе это позволить. Так коллекции цветов в саду Боболи, на виллах Медичи и в ботанических садах Пизы и Флоренции обогатились самыми разными видами тюльпанов.
По возвращении во Флоренцию случилось чудо: Маргарита Луиза встретила мужа с распростертыми объятиями и вскоре забеременела. Но это не вызвало у будущей матери никакой радости, принцесса даже попыталась спровоцировать выкидыш. Для этого она целыми днями скакала в мужском седле до изнеможения – но выкидыша так и не произошло. Будущий ребенок оказался сильным, и плод прочно держался в матке. Так в июле 1667 года принцесса родила дочь Анну Марию Луизу Медичи, которая и в жизни оказалась достаточно сильной личностью. После рождения дочери Маргарита Луиза заболела оспой, но поправилась.
Вскоре после родов принцесса вновь воспылала такой ненавистью к мужу, что просто мечтала его убить. Ее отправили на некоторое время на виллу Медичи Лапеджи, чтобы она успокоилась, но это не помогло. Маргарита Луиза написала Людовику XIV множество писем с просьбой позволить ей вернуться в Париж, но получила резкий отказ. После этого она писала жалобные письма своему бывшему любовнику Карлу Лотарингскому с просьбой ее навестить. Карл сжалился и приехал во Флоренцию, но это только ухудшило положение. После его отъезда Маргарита Луиза пыталась сбежать – но ее поймали и приставили к ней охрану. Герцог Фердинанд приказал перехватывать все ее письма, которые она продолжала писать бывшему любовнику до тех пор, пока не узнала о его женитьбе.
Через некоторое время, когда Фердинанду II снова надоели их скандалы, он сказал принцу: «Сын мой, Европа большая. Отправляйся в новую поездку и проведи там как можно больше времени». На этот раз путешествие казалось бесконечным: Козимо поехал в карете во Францию, Испанию, Португалию и Англию. В Испании его поразили завезенные из Мексики необычные растения с сочными листьями и прекрасными цветами: разнообразные виды кактусов, семена которых он немедленно закупил в большом количестве. В Португалии тогда выращивали экзотическую древесину из Бразилии: красный сандал, бразильский орех, орех кешью, муравьиное дерево и другие. Их семена он тоже купил и заказал вырастить в ботаническом саду Пизы, который открыл еще его прапрадед Козимо I Медичи.
Во Франции Козимо принимал сам «король-солнце» Людовик XIV, двоюродный брат его жены и дальний родственник его самого как внук Марии Медичи. Французскому королю было любопытно познакомиться с принцем Тосканским, которого кузина описывала как монстра: «Мой муж – чудовище, Бог его не хочет, а дьявол от него отказывается». Король с удивлением обнаружил, что этот «монстр» является умным, воспитанным, образованным человеком и к тому же приятным собеседником, прекрасно владеющим французским языком. Людовик XIV показал Козимо королевский ботанический сад и был просто поражен его глубокими знаниями ботаники и величайшим интересом ко всем растениям.
В Англии Козимо принимал король Карл II, сын Карла I и Генриетты Французской, внук Марии Медичи, кузен его жены и его самого. Там наследного принца поразили большие морские раковины необычной формы, множество которых он привез во Флоренцию. До этого в коллекции Медичи были только раковины и наутилусы из Тихого и Индийского океанов, которыми они украшали купол Трибуны в галерее Уффици, гроты в садах, и заказывали кубки и вазы. Козимо привез эти раковины из Англии и часть из них подарил своему другу, князю Корсини, который использовал их для инкрустации грота в своем саду.
По возвращении он нашел супругу опять спокойной и ласковой, она вновь решила помириться с мужем, в результате чего забеременела в третий раз. В 1671 году родился их последний ребенок, младший сын Жан Гастон. Его назвали так в честь отца Маргариты Луизы Гастона Орлеанского, но никаких материнских чувств ни к нему, ни другим своим детям она не испытывала. А дочь Анну Марию Луизу просто ненавидела за то, что аборт не удался.
В 1670 году умер великий герцог Фердинанд II Медичи, и Козимо наследует престол Тосканы под именем Козимо III Медичи, а его жена становится великой герцогиней Тосканы. По традиции, когда Маргарита Луиза была коронована как великая герцогиня, Козимо III должен был допустить ее как мать наследника до участия в Тайном совете. Но из-за сложных отношений с супругой и по совету своей матери он не сделал этого. Это привело его жену в неописуемую ярость, и опять начались жуткие скандалы.
Конфликт между Маргаритой Луизой и ее свекровью достиг такого накала, что, по свидетельству современников, палаццо Питти стал обителью дьявола. Там с утра до полуночи были слышны только шум борьбы, ругань и звон разбитой посуды из дорогого фарфора. Дошло до того, что в отместку мужу великая герцогиня начала приглашать в свои покои конюхов и поваров и вступать с ними в интимную связь. В 1672 году Маргарита Луиза попыталась добиться от Людовика XIV возвращения во Францию под предлогом болезни – она написала, что у нее рак груди. Король отправил во Флоренцию своего придворного врача, который никакого рака не обнаружил. Тогда герцогиня уехала на виллу в Поджо-а-Кайано и наотрез отказалась возвращаться во дворец Питти. Козимо III отправил туда отряд вооруженной охраны под предлогом того, что одной на вилле опасно. На самом деле он боялся, что жена сбежит куда-нибудь еще дальше. Маргарита Луиза прожила на вилле в Поджо-а-Кайано два года, построила там театр на первом этаже и приглашала актеров и музыкантов ставить для нее спектакли.
Наконец, через два года, измотанный скандалами, Козимо III сам написал Людовику XIV, жалуясь на поведение жены. «Король-солнце» не замедлил ответить герцогу, с которым подружился во время его визита в Париж, и заверить в своей поддержке. А Маргарите Луизе Людовик написал резкое письмо: «Или ты остаешься во Флоренции при муже, или едешь в Париж, но живешь в монастыре». Великая герцогиня без колебаний выбрала Париж и монастырь. Козимо III сдался и подписал договор, по которому они жили раздельно и его жена получала пенсию в размере восьмидесяти тысяч ливров в месяц. Ей было разрешено выехать во Францию при условии проживания в аббатстве Сен-Пьер на Монмартре, где уже жила ее сестра Елизавета Маргарита. Кроме того, она должна была отказаться от всех привилегий, полагающихся ей как принцессе Франции. Так, 12 июля 1675 года великая герцогиня навсегда покинула Флоренцию. Она не попрощалась ни с мужем, ни с детьми, но прихватила с собой дорогую мебель и драгоценности. Больше Маргарита Луиза ни с кем из них никогда не увиделась. Мало того, впоследствии она препятствовала своим детям заключать выгодные браки, распространяя о них неприятные сплетни.
