Различия во мнениях эстонской и латышской интеллигенции по поводу того, насколько можно допустить русификацию населения, к 90-м годам XIX в. все еще сохранялись; никакая объединенная сила (как, например, балтийские немцы) им не противостояла. (Подобная оппозиция в любом случае должна была быть крайне осторожной.) Кроме того, у латышей период русификации совпал с появлением активистов нового поколения: некоторые старые активисты все еще пользовались известностью — Кришьянис Вальдемарс, Кришьянис Баронс, но пыл 1856–1880 гг. прошел, и активисты нового поколения (латыши, обучающиеся в университетах) заявляли, что национальное движение стало коммерческим предприятием, направленным на благо богатейших членов Рижского латышского общества.
Политика русификации начала постепенно осуществляться в Эстляндии, Лифляндии и Курляндии в середине 80-х годовХ1Х в. Русские генерал-губернаторы были назначены во все три губернии; полицейские и судебные функции были отданы российскому министерству внутренних дел; образовательная система постепенно переходила под контроль министерства образования; активная пропаганда русской культуры использовалась для того, чтобы отвратить крестьян от лютеранской церкви. Через десять лет число русских чиновников на этих территориях сильно возросло, а политика русификации не отличалась систематичностью, хотя и проявлялась во всех аспектах жизни. Использование русского языка в школах и в суде неизбежно влекло за собой увольнение учителей и правительственных чиновников, недостаточно хорошо знавших этот язык; они были заменены русскоговорящими сотрудниками, которые очень редко знали какой-либо из местных языков — немецкий, эстонский, латышский, литовский. Петербургское правительство также спонсировало школы, где языком преподавания был русский. Потомки смешанных браков, где один из супругов был православным, в приказном порядке крестились в православной церкви, и любой переход из православия в другую веру строго отслеживался и, в конце концов, запрещался. В Прибалтике было построено множество православных храмов, особенно на территориях с большим числом русскоязычного населения.
Протесты политических лидеров балтийских немцев и лютеранской церкви, апеллировавших к историческим свободам, оставались незамеченными или же отклонялись. Несмотря на то что правительство не зашло настолько далеко, чтобы запретить публикацию книг с использованием латинского алфавита — что имело место на литовских землях с 60-х годов XIX в., — все же и там поощрялась печать книг на латышском и эстонском языках с использованием кириллицы. Некоторые российские чиновники считали эстонский и латышский скорее диалектами, чем языками. Дерптский университет был переименован в Юрьевский, и язык преподавания сменился там с немецкого на русский. С середины 80-х годов националистам становилось все сложнее выполнять свои главные задачи — создавать литературу на эстонском и латышском, издавая книги, газеты и периодические издания, а также добиваться воспитания нового поколения в школах на тех же языках. Эстонская и латышская интеллигенция была вынуждена противостоять давлению, с которым литовские активисты сталкивались на протяжении последних двадцати лет. К тому же меры, принимаемые сторонниками русификации, сильно напоминали действия представителей балтийского немецкого образованного сословия, активно онемечивавших эстонцев и латышей. Описывая латышский праздник песни, где участвовало 110 хоровых коллективов, 1600 певцов и около 58 тыс. зрителей, газета «Новое время» писала: «Чем меньше народ, тем большего он хочет. Латышский праздник песни переходит все мыслимые границы». Тем не менее правительство не запрещало это крупнейшее проявление национального самосознания эстонцев и латышей. Организаторы праздников песни обычно провозглашали, что таким образом народ благодарит царя за его благодетельные указы, и потому российские чиновники не препятствовали их проведению. В Эстонии посещаемость этих праздников в 90-х годах XIX в. продолжала расти, а музыкальный репертуар исполнителей вышел далеко за пределы эстонской музыки.
Запрет на книги в литовских землях был снят в 1904 г., когда российский сенат признал указ недействительным; Николай II способствовал снятию этого запрета. Меры по русификации в Эстляндии, Лифляндии и Курляндии продолжали применяться до начала Первой мировой войны, затем некоторые из них были изменены, а часть практически сошла на нет. Сама идея умиротворения Прибалтики и ее интеграции с остальной Империей с помощью запрета определенных публикаций, насаждения русского языка в образовательной и судебной системе, контроля над смешанными браками и назначения на эти земли множества чиновников, не знающих местных языков и традиций, уже казалась невыполнимой. Несмотря на то что балтийские немцы и польские помещики уже утратили монополию на доминирование в культуре этих земель, эстонцы, латыши и литовцы не стали более терпимо относиться к царской автократии и ее целям. Гораздо большее впечатление произвели на них увольнение сотен школьных учителей, потерявших средства к существованию в середине своего профессионального пути, а также необходимость пользоваться услугами переводчика для общения с судебной системой: все эти решения показывали, что российское правительство одобряет культурную автономию коренного населения не более, чем балтийские немцы и польские помещики. В памяти тех, кто вырос в годы русификации, все эти меры выглядели попытками усложнить жизнь населения, но не заставить местных жителей перестать быть эстонцами, латышами и литовцами, став вместо этого русскими. Новый язык можно было выучить, чиновничий произвол обойти, а литературная культура, появившаяся несколькими десятилетиями ранее, все равно казалась нерушимой.
Еще одним препятствием для сохранения национальной культуры стало то, что среди молодых представителей эстонской, латышской и литовской интеллигенции, особенно студентов, художников и писателей, стали популярны «современные» идеи — то есть реализм, дарвинизм, социализм, феминизм, демократические принципы, индивидуализм, космополитизм и вера в науку. Сказанное означало, что цели, которые были основными для прежних поколений, — борьба с культурной гегемонией балтийских немцев и поляков, создание национальной культуры и общественных институтов, в которых представители коренных балтийских национальностей могли чувствовать себя свободно, а также уважение к родному языку каждого жителя Прибалтики — утратили былую важность в глазах молодых людей. Как они заявляли, теперь эти усилия дискредитированы, так как спонсировались богатейшими горожанами побережья. Западный социализм, особенно марксистская теория, как казалось молодежи, был ключом к пониманию индустриального капитализма, причин существования социальных классов и отношений между ними. Марксизм пользовался успехом у тщеславных молодых людей, позволяя ощущать себя авангардом, меньшинством, понимающим суть исторических процессов, а также помогал наемным работникам, полностью зависящим от своего заработка (фабричным или сельскохозяйственным рабочим), осознавать свою историческую роль как «могильщиков капитализма». Считалось, что марксизм раскрывает «научные» законы исторического развития, как это сделал Дарвин для биологии; приверженность социалистическим идеям стала признаком современного научного мышления. Подобное мышление было в значительной степени утопичным и отличалось такой же нетерпимостью к существующим реалиям, которой отличались царские чиновники, проводящие политику русификации, а также сходной верой в то, что мир может быстро измениться благодаря усилиям образованного меньшинства. Сторонники русификации мечтали об эффективно функционирующей, единой во всем Империи, созданию которой мешало упрямство провинциальных культурных сепаратистов; социалисты же стремились к светлому будущему, воплощению которого мешало старшее поколение, озабоченное «национальным вопросом», царское самодержавие, а также предприниматели и землевладельцы, сосредоточенные на собственных материальных интересах.
