Возникнув в Германии, вызов власти церкви и папства, брошенный Мартином Лютером, изначально был лишь одним из вариантов идеи реформы, которая незадолго до этого обсуждалась на церковных соборах XV столетия. Но то, что стало результатом этих обсуждений, не удовлетворило реформаторски настроенные силы внутри церкви, а скандальная деятельность римских пап в Италии эпохи Возрождения лишь резче подчеркнула необходимость намного более существенных перемен. Церковь оказалась слишком приверженной мирским ценностям, папство чрезмерно стремилось к централизации, а церковные иерархи были гораздо больше озабочены ростом доходов церкви, чем спасением душ. Особенно раздражала реформаторов продажа индульгенций. Если бы те изменения, призывы к которым раздавались, были осуществлены в полном объеме, то это сыграло бы решающую роль в жизни Ливонской конфедерации, где церковь пользовалось значительной политической и экономической властью.
Эти изменения могли также влиять и на другое объединение в составе Конфедерации, тесно связанное с церковью, — на Ливонский орден. К концу XV в. существование ордена на этих землях потеряло raison d'etre[8], поскольку побережье Балтики, включая Литву, более не населяли язычники в каком бы то ни было смысле и, соответственно, не нуждалась в орденах крестоносцев. Также влияние перемен могло быть значимым и для будущего города Риги, чей светски настроенный патрициат уже давно искал способы избавления от контроля как церкви, так и ордена. Лютер отстаивал мнение, согласно которому Римско-католическая церковь не имеет монополии на спасение душ, выдвигая концепцию «священства всех верующих», и утверждал, что отношения между Богом и каждым верующим «оправдываются одной лишь верой», не нуждаются в посредничестве специально созданных структур и не требуют сложных ритуалов. Это учение являлось открытым вызовом самому институту церковной организации, а также всем связанным с ней корпоративным объединениям (таким, как ордены крестоносцев и монастыри), чье существование оправдывалось ссылкой на верховную власть церкви.
К середине XVI в. импульс религиозного реформаторства распространился намного дальше, чем изначально предполагал Лютер; он приобрел множество политических контекстов и повсеместно изменил расстановку сил. В германских землях в Центральной Европе началась так называемая Шмалькальденская война (1546–1547), где столкнулись протестантские и католические германские государства во главе с императором Священной Римской империи Карлом V, отстаивавшим единство церкви. В других местах тоже усиливалось стремление к реформированию, что породило радикально мыслящих мыслителей, подобных Жану Кальвину во Франции, и такие радикальные группировки, как движение швейцарских анабаптистов. Тридцать шесть лет религиозных войн раздробили Францию; в Англии сильный монарх — Генрих VIII — использовал свои матримониальные затруднения, чтобы полностью порвать с Римом и создать Англиканскую церковь. Реформистский импульс, дошедший до Ливонии в начале протестантского периода — в 20-х годах XVI в., был в большей мере «лютеранским», хотя и кальвинизм несколько позднее в том же столетии нашел сторонников в польско-литовских землях. Как и везде, в Ливонской конфедерации протестантизм гораздо больше влиял на духовную сферу; существующая церковь в виде Рижского архиепископства и трех епископств была глубоко вовлечена в светскую жизнь и контролировала внутреннюю политику. В Риге первый публичный «диспут» между представителями церкви и приверженцами новых протестантских доктрин состоялся в 1522 г. Через несколько десятилетий большинство рижского патрициата перешло в лютеранство, а церковь отступила на оборонительные позиции. Ответ Ливонского ордена на лютеранское учение был менее однозначным. Несмотря на то что даже Тевтонский орден перешел на сторону протестантов в 1525 г., Ливонский орден под руководством фон Плеттенберга поначалу оставался защитником католической церкви, хотя и не очень рьяным. Существовали значительные различия во взглядах на новые доктрины у верхушки ордена и в среде братьев, державших значительные земельные наделы. Количество новообращенных протестантов постепенно росло, но магистр ордена (теперь это был Генрих фон Гален) вместе с девятью высшими иерархами до 1551 г. не посещал первую евангелическую лютеранскую службу в Домском соборе Риги. В 1554 г. ливонский ландтаг провозгласил в Ливонии «свободу религии», что означало в краткосрочной перспективе, что в Конфедерации могут сосуществовать как католический, так и лютеранский варианты христианской религии. Годом спустя, в 1555-м, Аугсбургский мир положил конец религиозному конфликту в Священной Римской империи, после того как был признан принцип cujus regio, ejus religio[9], означавший, что каждый правитель имеет право определять религию, которую будут исповедовать его подданные. С этого времени лютеранство и католицизм имели одинаковый статус в правящих кругах Конфедерации; прямого конфликта удалось избежать, но ни одна сторона не восприняла правоты другой.
Сложно измерить, насколько глубоко лютеранство проникло в основную массу населения Конфедерации, то есть затронуло крестьянство. Статус сельского населения делал его аполитичным; его мнение никого не интересовало, в том числе и в вопросах религии; крестьянство должно было подстраиваться под своих господ и следовать их примеру. В Ливонии не происходило ничего подобного Крестьянской войне в Германии (1524–1525), хотя в некоторых эстонских землях имели место отдельные инциденты, когда крестьяне предпринимали прямые атаки на церковь, и, возможно, совсем не по духовным соображениям. Более чем вероятно, что в большинстве своем крестьяне Конфедерации даже не знали, кто такой Мартин Лютер, несмотря на то что могли понять, что теперь их религиозные обязанности в разных приходах стали больше отличаться друг от друга. Тем не менее один аспект учения Лютера начал менять религиозную сторону крестьянской жизни, хоть и спорадически: Лютер настаивал на том, что христианские конгрегации должны получать слово Божье на своих родных языках. Для священнослужителей, во всяком случае для тех, кто воспринял новое учение, это означало внедрение в постоянную практику систематического использования языков народов побережья. Впервые с момента христианизации появились печатные издания на эстонском и латышском языках того времени — в форме переводов катехизиса и другой религиозной литературы. Также впервые источники упоминают об обучении нескольких представителей духовенства (как католического, так и лютеранского) из числа коренного населения побережья. (Культурное значение письменного слова на местных языках будет рассматриваться в этой главе ниже.)
Приверженцы протестантизма и католицизма в Конфедерации не могли примириться друг с другом всё XVI столетие, и конфликт усилился благодаря католической Контрреформации, которую подхлестывали длительные (хотя и постоянно прерывающиеся) заседания Тридентского собора (1545–1565). Но религиозная борьба вернулась к истокам благодаря другому стечению обстоятельств — запутанной и продолжительной серии вооруженных столкновений, начавшейся в 1557 г. и известной под названием «Ливонские войны». В них участвовали Дания, Московия, Швеция и Польско-Литовское государство, тогда как правящие круги Ливонии отчаянно искали наиболее надежных союзников. Военные действия на землях побережья и вокруг них продолжались до 1583 г., когда воцарился относительный мир, продлившийся до 1600 г., — в этом году война возобновилась и продолжалась до 1629 г. Ливонские войны начались с возобновления атак на территорию Конфедерации со стороны Московского княжества, посягавшего на восточные границы Ливонии (и Литвы) с середины XV в. С приходом к власти Ивана IV Грозного, провозглашенного царем в 1547 г. и правившего до 1584 г., эти действия приобрели характер постоянной военной кампании, в рамках которой русская армия, используя в качестве предлога неуплату дани епископом Тартуским, вторглась в Ливонию и стала контролировать земли Тартуского епископства.