Узнав о договоренности понтифика и императора, флорентийцы попытались пойти на переговоры. Для этого в Рим отправился посол Пьерфранческо Портинари, но Климент VII был непреклонен: или Флоренция сдается без боя и Медичи возвращаются, или будет война. Переговоры с Карлом V привели к такому же результату. Тем временем уже 40-тысячная армия Карла V в 1529 году вошла в Тоскану и двинулась в сторону Флоренции. В городе знали о надвигающейся опасности, но республиканцы сдаваться не собирались и готовились к обороне. В октябре армия императора подошла близко к городским стенам. Тогда Микеланджело вызвали на совет республики и поручили ему заняться укреплением защитных стен. Его назначили главным инженером по оборонительным сооружениям Флоренции и дали свободу действий. Буонарроти специально поехал в Пизу, Ливорно и Феррару, чтобы изучить там фортификации и попытаться спроектировать надежные во Флоренции.
Микеланджело занялся постройкой укреплений на холме, откуда открывается чудесный вид на весь город с высоты птичьего полета – это было самое слабое место в плане защиты в случае атаки. Сейчас рядом с этим местом находится самая популярная смотровая площадка Флоренции под названием «площадь Микеланджело». Она была оформлена уже после объединения Италии, в конце XIX века, по проекту архитектора Джузеппе Поджи. На площади построили здание, в котором хотели открыть музей Микеланджело. Но из этого ничего не вышло, и сейчас там расположен ресторан под названием «Лоджия» с видом на город. Там любили обедать Гитлер и Муссолини во время визитов во Флоренцию, для них специально была пристроена стеклянная терраса.
Рядом с тем местом, где Буонарроти строил фортификации, находится церковь Сан-Миньято на горе. Микеланджело приказал обложить ее колокольню мешками с шерстью и закупорить все окна тюками с соломой. Дороги в город были перекрыты, ворота заперты наглухо, вокруг стен вырыты огромные рвы, все строения в радиусе полутора километров были снесены. Когда армия Карла V встала лагерем на холме поблизости – все уже было готово. Войска императора окружили город и расположили свои аванпосты под защитными стенами. Осада Флоренции длилась десять месяцев, и первое время жители города мужественно держались. Было собрано народное ополчение, 50 000 человек местных жителей, которыми командовал наемный полководец Малатеста Бальони. Выбор был не очень удачным, ведь когда-то Малатеста предал жителей города Перуджа, сдал ее войскам папы. А тот, кто предал один раз, может предать и снова. Когда Микеланджело узнал об этом, он пытался убедить совет республики поменять главнокомандующего, но его не послушали. За это он чуть не поплатился жизнью – Малатеста решил его убить, но Буонарроти был предупрежден, и ему удалось сбежать.
Первая атака была предпринята 11 ноября 1529 года, и она была отбита. Потом армия Карла V совершала атаки почти каждый день – и силы защитников республики начали таять. Местный военачальник Франческо Ферруччи, командующий небольшим отрядом, часто делал вылазки за пределы города и доставлял провизию из окрестных деревень. А 17 февраля 1530 года флорентийцы устроили футбольный матч на площади Санта-Кроче, которую отлично видно из вражеского лагеря с холма. Таким образом они хотели продемонстрировать, что ничего не боятся и им плевать на осаду. В честь этого события матч проводится до сих пор почти каждый год 17 февраля на площади Санта-Кроче, за исключением чрезвычайных положений, как, например, пандемия коронавируса. Через неделю, 24 февраля 1530 года, папа Климент VII короновал Карла V в Болонье железной короной лангобардов. Карл очень дорожил этой традицией, идущей еще от 800 года, когда первым был коронован Карл Великий как император Священной Римской империи. Но именно Карл V оказался последним императором Священной Римской империи, коронованным папой. Первого звали Карл, и последнего тоже Карл, такие бывают в истории совпадения.
Время шло, запасы провизии во Флоренции таяли, город оказался на грани голода. Были съедены все ослы, собаки, коты, крысы, мыши и голуби. Вскоре появились слухи о случаях заболевания чумой. Франческо Ферруччи вновь устроил вылазку с целью запастись едой, но на этот раз она закончилась неудачно. Разведка донесла об этом командующему войсками императора, немецкие наемники нашли отряд Ферруччи и убили всех, включая его самого. В этой битве погиб также и военачальник армии императора принц Оранский. Узнав о смерти Ферруччи, голодные флорентийцы впали в отчаяние и уже хотели, чтобы Медичи вернулись и накормили их. Еще через неделю Малатеста предал Флоренцию: он открыл ворота города и сдал его неприятелю. Случилось именно то, чего опасался Микеланджело. Республика капитулировала 12 августа 1530 года, из членов республиканского правительства некоторым удалось бежать. Остальных либо казнили, либо бросили в тюрьму.
По строгому приказу понтифика никакой резни не последовало. Несмотря на это обещание, некоторые напуганные жители все равно попрятались в погребах своих домов и в церквях. Микеланджело Буонарроти тоже испугался мести Медичи, ведь он строил оборонительные укрепления против них. Скульптор первым делом спрятался в колокольне маленькой церкви Сан-Никколо в районе Ольтрарно. Но потом, под покровом ночи, перебрался в подвалы семейной церкви Медичи Сан-Лоренцо. Там его приютил епископ, который тайком приносил ему еду на завтрак и обед. А по ночам через секретный ход Микеланджело шел в гости к священнику, и они вместе ужинали. Сам Буонарроти пишет о том периоде времени: «Сижу в подвалах рядом с мертвыми Медичи и наблюдаю в окошко за живыми». Алессандро и Ипполито часто проходили мимо церкви, не зная о его близком присутствии. Скульптор просидел в подвалах около двух месяцев и оставил там множество рисунков мускулистых фигур на стене. Эти фигуры похожи на те, которые появились потом на фреске «Страшный суд» в Сикстинской капелле. Две фигуры по позам похожи на статуи Лоренцо и Джулиано Медичи, которые в то время еще не были выполнены.
Наконец, пришла весть о том, что Климент VII простил Микеланджело и просит его продолжить работу над усыпальницей Медичи. После этого скульптор покинул подвалы церкви и снова взялся за работу. А его рисунки сохранились до сих пор, их реставрируют и обещают когда-нибудь открыть это помещение для туристов.
Главой Флорентийской республики папа провозгласил Алессандро Медичи, который поначалу был назначен пожизненным гонфалоньером. Но все это было как-то ненадежно, поэтому через два года Синьория была упразднена и Климент VII добился от императора герцогского титула для Алессандро, который передавался бы по наследству. Это обеспечивало твердую и официальную власть Медичи во Флоренции при поддержке Священной Римской империи. С того момента Флорентийская республика прекратила свое существование.
Перед отъездом папа Климент VII подтвердил заказ правительства на статую «Геракл и вор Какус» скульптору Баччо Бандинелли. По мифам, Какус был сыном бога Вулкана, и когда он злился, то плевался огнем. Как-то раз он украл у Геракла быков и телок из стада великана Гериона, которых тот раздобыл по приказу царя Еврисфея во время десятого подвига. Чтобы запутать следы, он связал животных за хвосты и вел их в свою пещеру задом наперед. Но Геракл разгадал хитрость вора, нашел его и убил дубинкой.
Этот заказ сначала получил Микеланджело в 1505 году от Пьетро Содерини с целью установить статую как еще один символ победы республики над тиранией Медичи. Место выбрали справа от входа в палаццо Синьории, для симметрии с Давидом. Для Микеланджело специально привезли прекрасный блок белого мрамора из Каррары, но у него так и не дошли руки до этой работы: то фреску в зале Пятисот писать надо, то Аньоло Дони со своей картиной, то папа Юлий II хочет видеть его в Риме. В 1525 году Содерини поручил эту работу Бандинелли, но потом было не до нее: изгнание Медичи, осада города, возвращение Медичи. Так блок и лежал в мастерской Бандинелли до 1530 года, пока Климент VII не подтвердил заказ. Баччо отчаянно завидовал таланту Микеланджело и хотел превзойти его в скульптуре. Вазари пишет, что однажды Бандинелли сделал слепок ключа в зал Пятисот, где стоял картон Микеланджело «Битва при Кашине», проник туда ночью и изрезал картон на куски. Самые лучшие и крупные из них он украл, а остальные растащили другие художники. Довольный, что ему удалось увести заказ у Микеланджело из-под носа, Бандинелли решил постараться на славу. На эту работу у него ушло четыре года, он уже всем похвастался, какой замечательный у него получается Геракл. Флорентийцы ждали с нетерпением, когда же увидят скульптуру.