Имперская власть тем не менее продолжала усиливать централизацию: были сняты внутренние таможни, гетману запрещалась всякая связь с зарубежными странами. В период семилетней войны с Турцией 6 тысяч украинских казаков воевали в составе русской армии, с Гетманщины для обслуживания войска взяли 6 тыс. лошадей и 10 600 быков с 8 тысячами погонщиков. Из-за непривычного климата и лишений многие казаки погибли на немецкой земле или тяжело болели.

Во второй половине XVIII века все меньше украинских крестьян оставались юридически свободными, постоянно снижается число выборных казаков (в 1764 г. их насчитывалось еще 176 тыс., подпомощников — 198 тыс. и работающих на них— 80 тыс.), потому что старшина тормозила внедрение современных форм армейского строя, вооружений, тактики боя. Еще при Д. Апостоле верхушка казачества просила царские власти распространить закон о лишении крестьян личной свободы и на территорию Гетманата. А в июле 1739 года Генеральная войсковая канцелярия самовольно узаконила указ Сената от 29 мая 1738 года о запрете землевладельцам прятать в своих поместьях в пределах русских губерний беглецов из Слобожанщины. В 1761 году К. Разумовский издал универсал, согласно которому крестьянин, оставивший владельца земли, лишался при этом и своего движимого имущества. К тому же без письменного разрешения владельца уходить крестьянину к другому хозяину вообще запрещалось.

Возможно, К. Г. Разумовскому некоторое время удалось бы сохранить свой пост, однако в ноябре 1763 года Екатерину II, непримиримую противницу автономных единиц, чрезвычайно обеспокоила просьба старшинской рады. В представленных царице 23 пунктах содержалось положение о преемственности гетманской должности для рода Разумовских (у него и его супруги Екатерины Нарышкиной родилось 16 детей). Одновременно последовал донос статс-секретаря царицы интригана Г. Теплова («Записка о Малой России»), где говорилось об опасности существования республиканского военнодемократического правления Гетманата, о непорядках в нем. Оба эти документа ускорили ликвидацию поста гетмана. В конце 1763 года Екатерина II вызвала К. Разумовского в столицу империи, вынудив отказаться от булавы, о чем 10 (21) ноября 1764 г. вышел указ царицы. Не имело значения, что именно Измайловский полк, командиром которого по совместительству был К. Г. Разумовский, сыграл ключевую роль в низвержении с престола Петра III и воцарении Екатерины. Являясь сторонницей системы просвещенного абсолютизма, Екатерина II полагала, что любые автономные образования в стране мешают рационализации управления, принятию универсальных законов, эффективной колонизации земель (в Манифесте от 4 декабря 1762 года она приглашала на земли Российской империи специалистов-иностранцев, кроме лиц еврейской национальности), ликвидации экономических барьеров.

Причиной, ускорившей ликвидацию поста гетмана, могли также быть полученные царицей сведения о встрече двух посланцев К. Разумовского в Ряшеве с маршалом Франции У.-Ф. Лёвендолем в мае 1754 года. В это время двор Людовика XV под влиянием члена Секретного королевского совета генерала Г. Ф. Орлика склонялся к идее целесообразности отделения Гетманата от России. Екатерину II испугала и попытка переворота в Санкт-Петербурге (в августе 1764 года), когда племянник мазепинца Ф. Мировича подпоручик В. Я. Мирович пытался освободить из тюрьмы наследника престола Ивана VI. Царица не без основания подозревала гетмана в тайных симпатиях к идее В. Я. Мировича. Тем более, что дядя подпоручика Ф. Мирович, находясь в Бахчисарае, сообщал еще в 1754 году Г. Орлику: «Вся Украина накануне восстания, как во времена гетмана Мазепы».

В течение 10 лет после снятия с поста гетмана К. Г. Разумовскому не разрешалось возвращаться на территорию Украины, и только в 1794 году он поселился в Батурине, где и умер в январе 1803 года. Ликвидация поста гетмана означала, что процесс превращения Левобережной Украины в одну из провинций Российской империи будет ускорен.

Вместо гетманского правления на Левобережье была создана Малороссийская коллегия во главе с 39-летним генерал-губернатором графом П. А. Румянцевым (эта должность была введена 17 (28) ноября 1764 года). В состав новой коллегии входили восемь чиновников — четыре русских и четыре украинских, следивших прежде всего за ходом пополнения казны налогами. В данной фельдмаршалу П. Румянцеву инструкции Екатерина II писала: «Гетманщину надлежит превратить в приносящую доход провинцию, обрусить население, вести строгий надзор за старшиной, склонной к сепаратизму». Ио при этом, подчеркивала автор документа, следует лавировать, не допускать слишком жестких мер, изображая себя защитником простолюдинов от произвола «маленьких тиранов». Надо заметить, что с 1750 до 1765 года финансового контроля центра за Гетманатом не существовало. Местные управленцы привыкли к большой независимости действий как в области хозяйства, так и в области права. Благодаря этому Малороссийской коллегии удалось, в частности, расследовать 168 случаев незаконного владения старшиной ранговыми поместьями.

В бывшем Гетманате запретили выборность полковников, открытие школ при церковных парафиях, проводилась секуляризация монастырей. Председатель Малороссийской коллегии П. А. Румянцев подчинялся только Сенату и императрице.

С осени 1765 года казачество Левобережья стало платить наравне с крестьянами так называемый рублевый сбор. До этого экономическое давление на казачьи хозяйства было вдвое меньше, хотя и оно, с их точки зрения, являлось незаконным. Затем последовало решение о введении личной воинской повинности, в отличие от прежней подворной системы. Положение крестьянства юридически еще более ухудшилось: только 25 тысяч семей жили в ранговых поместьях, а 465 тысяч — в частных. Все эти и аналогичные им мероприятия П. Румянцев проводил с помощью таких деятелей, как канцлер А. Безбородко, граф П. Завадовский, Н. Лесницкий, А. Чепа, Д. Янковский (все они уроженцы Украины) и других. С их одобрения П. А. Румянцев провел реформу образования, но лишь в сфере начальной школы. Такие школы были открыты при церковных парафиях, поощрялась просветительская работа странствующих дьячков, расширялось школьное обучение в казачьих сотнях, инициированное лубенским полковником И. Кулябко еще в 1758 году. Но предложение П. Румянцева об открытии в бывшей Гетманщине средних школ и двух университетов (что совпадало с просьбой старшинской рады сентября 1763 года) так и не было реализовано.

Необходимо отметить, что администрация генерал-губернатора решительно боролась с пьянством (только в Глухове, небольшом по количеству населения местечке, работало 166 питейных заведений) и предрассудками, тормозившими экономический прогресс. Проводил П. А. Румянцев и работу, направленную на выполнение указаний Екатерины II о защите украинских крестьян от чрезмерной эксплуатации старшиной и знатью.

Часть казачьей элиты не сразу смирилась с процессом ликвидации институтов автономии. В конце марта 1767 года представители нежинского и батуринского шляхетства избрали в законодательную комиссию по составлению нового Уложения Российской империи не ставленника царского двора Л. Солецкого, а сторонника номинального вассалитета Гетманщины Г. Долинского. В докладной записке в Санкт-Петербург они настаивали на возобновлении гетманского правления. Последовала судебная расправа и приговор: 33 ослушников императорской воли расстрелять, 18 — сослать на каторгу в Сибирь. Но Екатерина И, часто руководствовавшаяся во внутренних делах принципом «лучше добрый мир, чем худая ссора», помиловала всех осужденных. В своем дневнике она писала в эти дни, что малороссы демонстрировали сокровенную ненависть к русским, которые привыкли относиться к ним с неприкрытым презрением.

Однако подавляющее большинство левобережной старшины видело решение проблем в возврате к «доброй старине», к возобновлению мнимых идеалов Зборовского и Гадячского договоров, хотя и под патронажем России. Основными требованиями для них оставалась выборность правителя, контрактный характер власти, сеймовое представительство и самоуправление, равенство статуса всех привилегированных социальных групп. Но для режима унитарной имперской России с ее корпоративными правами отдельных слоев элиты подобная структура напоминала враждебную по духу республиканскую польско-литовскую.