Волна народного гнева обрушилась не только на польско-литовскую шляхту, но и на униатов, ополяченных украинцев, евреев. Что касается отношения восставших к представителям иудаизма (принявшие православие евреи служили в армии Б. Хмельницкого, занимая и старшинские должности), то причина еврейских погромов в 171 местечке Украины объяснялась не бурным всплеском антисемитизма. Большинство польских шляхтичей доверяли поместья в Украине евреям как арендаторам, вручали ключи от православных церквей, доверяли владение шинками. В результате на Киевщине в 1616–1622 годах почтя 80 процентов до ходов старостата давали именно сборы от аренды земли крестьянами. В поместьях Г. Сангушко с 1601 года евреи, выкупив земельный фонд за 40 тысяч злотых, даже получили право выносить смертные приговоры непокорным крестьянам.

Напряжение нарастало и с другой стороны: с 1640 года иерархи православия Украины запретили покупать мясо у евреев, служить у них поварами или уборщиками. Еврейские погромы зафиксированы в Украине не только в XI, но и в XVI веке. В период восстания 1648 года возник специфический народный эпос:

Количество жертв погромов, видимо, достигало 16–19 тысяч человек.

В июне 1648 года восстание затронуло и регионы Беларуси, куда прибыли из Украины отряды Головацкого, Небабы, Гаркуши, Хвеськи, Крывошапки и других атаманов. Восставшие вместе с белорусами громили поместья шляхты и униатского духовенства, уничтожали не только документы, но и самих владельцев (лишь в Гомеле было убито 600 шляхтичей). Так как в Беларуси не было польских гарнизонов и польской администрации, то борьба здесь шла внутри единого общества и поэтому имела черты в основном гражданской войны.

К осени 1648 года большая часть Беларуси была захвачена отрядами Б. Хмельницкого и его местных сторонников.

После первых побед над польскими войсками, которые гетман назвал «іграшками», он вступил в переговоры с Варшавой. Еще в мае 1648 года скончался покровитель Б. Хмельницкого и казачества — Владислав IV, поэтому гетман намеревался включиться в кампанию выборов нового короля. В этот период у него нет более важной и жгучей задачи, чем утоление личной обиды, поэтому в своих письмах Б. Хмельницкий постоянно подчеркивал, что война началась из-за проступка Д. Чаплинского и требовал его выдачи. Для гетмана пока непреложной оставалась и другая цель: обеспечить восстановление привилегии и прав казачества в обмен на верную их службу польской короне.

2 (12) июня 1648 года в польскую столицу отправились послы гетмана во главе с Ф. Вешняком (Якубовичем). Они обратились к сейму с просьбой установить 12-тысячный казачий реестр, вернуть прежние вольности и права, а православным — отобранные униатами церкви. В послании гетмана не говорилось об автономных правах Украины как административной единицы, речь шла только о придании казачеству статуса военно-политической структуры, но в рамках Речи Посполитой. На «черной раде» 10–12 июня Б. Хмельницкому едва удалось уговорить казаков согласиться на приостановку военных действий и одобрить посылку депутации в Варшаву. Когда наказной гетман, черкасский полковник М. Кривонос, и его подчиненные не выполнили приказа Б. Хмельницкого о прекращении наступления и далее проявляли жестокость в отношении неправославных, в августе 1648 года гетман приказал его и еще четырех полковников приковать к пушкам. Готовилось судебное заседание, но затем все они были помилованы после уплаты большого выкупа. После этого Б. Хмельницкий полностью разочаровался в эффективности черных рад, да и старшинские стал созывать реже.

Хотя представителям казачества в Варшаве пообещали многое, среди польской верхушки крепла идея подавить восстание с помощью репрессий и грубой силы. Поэтому наряду со сформированной сеймом комиссией для переговоров с Б. Хмельницким была сконцентрирована против восставших 100-тысячная армия. Но 13 (23) сентября 1648 года под Пилявцами объединенные полки казачества и крымских татар разгромили часть вражеского войска, а остальные просто сбежали с поля битвы. Осадив Львов, Замостье и Дубно, гетман не стал их штурмовать (предместья были опустошены, разграблены и сожжены), удовлетворившись выкупом (жители Львова, в основном евреи, собрали 100 талеров, или 1 млн. золотых). Несмотря на требования радикально настроенных полковников, Б. Хмельницкий отказался вести войска на Краков и Варшаву. Вряд ли он опасался, как утверждают некоторые историки, что в случае наступления на польские столицы папа Римский мог объявить крестовый поход против повстанцев. Причина отказа от продолжения военных действий логически была иной: гетман лелеял надежду найти общий язык с новым королем Яном-Казимиром, для чего в конце ноября 1648 года в Варшаву отправились казацкие послы З. Хмельницкий и А. Мокрский (бывший учитель гетмана в иезуитском колледже).

Одновременно Б. Хмельницкий активно ищет союзников и протекторов, обращаясь с просьбами о помощи то к московскому царю Алексею Михайловичу Романову, то к турецкому султану. Да и Ян Казимир вскоре после своей коронации заявил, что намерен выполнить требования казачества, Б. Хмельницкий получит титул короля Руси, а казаки будут владеть всеми территориями, которые они завоевали силой оружия.

14 (24) декабря 1648 года войска Б. Хмельницкого вступили в Киев. На Софийской площади гетмана торжественно встречало население, посланцы Молдавии, Турции, Трансильвании, России. Студенты и преподаватели Киево-Могилянского коллегиума приветствовали его как украинского Моисея, а иерусалимский патриарх Паисий сравнил с Константином Великим. В то же время в течение трех суток киевская чернь убивала и топила в Днепре неправославную шляхту.

Видимо, по просьбе Б. Хмельницкого патриарх Паисий вскоре уехал в Москву в сопровождении казачьего конвоя, где просил царя принять под свою протекцию Низовое Войско Запорожское.

С января 1649 года в сохранившихся для истории универсалах Б. Хмельницкого исчез тезис о личной обиде как причине выступления против шляхты и говорилось о борьбе за православную веру, обеспечении прав всех сословий, проживавших в Украине. На переговорах в Переяславе (февраль 1649 г.) с польской делегацией во главе с киевским воеводой А. Киселем гетман заявил: Львов, Галич, Холм и прилегающие к ним земли должны отойти под казачью юрисдикцию, унию необходимо уничтожить, чернь намереваюсь поддерживать, ибо это моя правая рука. По мнению Б. Хмельницкого, слишком мал был и 12-тысячный реестр. Настойчивый А. Кисель, вручив ему личный флаг и звание польного гетмана Речи Посполитой, все же уговорил казачью старшину подписать перемирие с 24 февраля до 28 мая. Согласно обоюдной договоренности, воинские части обеих сторон не имели права переходить условную границу по реке Горынь.

После победы под Пилявцами ускорилось оказачивание крестьянства, большая часть которого, кроме монастырских селян, стала свободной и на правах «займанщины» осваивала земли католической шляхты. Часть угодий польских магнатов перешла во владение Запорожской Сечи. Но правового статуса частной собственности на землю в Гетманщине не существовало, а законность крестьянского владения бывшими поместьями уничтоженных или сбежавших шляхтичей подтверждалась лишь свидетельскими показаниями соседей.

Чтобы стимулировать процесс фермеризации, Б. Хмельницкий, видимо, планировал постепенно перейти от панщины к натуральной и денежной ренте. Однако эти намерения не осуществились из-за скрытого и явного сопротивления старшины, стремившейся занять ту социальную нишу в обществе, которую ранее занимала польская и ополяченная шляхта. Следовательно, наличие вольнонаемной рабочей силы не отвечало уровню экономического мировоззрения казачьей верхушки. Полагая, что привилегированное положение казачества — своеобразная плата за ликвидацию им польско-шляхетского господства, старшины высказывали откровенное недовольство распоряжениями гетмана относительно так называемых ранговых поместий, считая их незначительными; обычно Б. Хмельницкий жаловал верхушке казачества только мельницы, хутора, дома, отдельные небольшие села.