Василий Иванович Богданов родился 12 января 1837 г. в городе Лихвине Калужской губернии, в семье священника.

По окончании калужской гимназии он поступил на медицинский факультет Московского университета. Будучи студентом, Богданов некоторое время давал уроки в семействе Берсов (провел у них в Покровском-Стрешневе, под Москвой, лето 1860 г.). В воспоминаниях жены Л. Н. Толстого, урожденной Берс, сохранилась колоритная страница, рисующая его облик в студенческие годы. «Это был живой, способный малый, интересовавшийся всем на свете, — пишет С. А. Толстая, — прекрасный студент, умелый учитель и ловкий стихотворец. Он первый, как говорится, развивал нас трех сестер. Он так умел интересно преподавать, что пристрастил прямо меня, ленивую девочку, например, к алгебре и русской литературе, особенно к писанию сочинений. Эта форма самостоятельного изложения впечатлений, фактов, мыслей до того мне нравилась, что я писала длиннейшие сочинения с страшным увлечением. Раз он задал мне тему чрезвычайно трудную: „Влияние местности на развитие человека“». Позже, по свидетельству Толстой, Богданов приносил ей «философские книги материалистов: Бюхнера, Фейербаха и других»; вместо урока «он горячо толковал мне, что бога нет, что весь мир состоит из атомов и тому подобное»[66].

В 1861 г. Богданов окончил университет, а в 1862 г. переехал в Петербург. Сначала он служил в больнице для чернорабочих и в родильне воспитательного дома, а затем перешел в морские ведомства и в течение двадцати лет служил врачом в Балтийском флоте: в Кронштадте и Петербурге, в морском госпитале, флотских экипажах и пр[67]. В 1865–1867 гг. Богданов совершил кругосветное плавание на клипере «Изумруд». Литературным результатом этого путешествия явилась статья «Корабельный медицинский журнал винтового клипера „Изумруд“» («Медицинские прибавления к „Морскому сборнику“», вып. 10, Спб., 1870) и путевые очерки (не все они напечатаны), в которых отразились его впечатления от разных стран, его демократические симпатии и ненависть ко всякому гнету, в частности враждебное отношение к порядкам, господствовавшим в английских и голландских колониях.

После переезда в Петербург Богданов, по-видимому, довольно скоро сблизился с искровцами. Во всяком случае, уже 22 марта 1863 г. в III Отделение поступил донос бывшего студента Технологического института Волгина, исключенного во время студенческих беспорядков 1861 г., в котором он упоминает и о Богданове. «После падения Шахматного клуба, — писал Волгин, в доносах которого, правда, много вздора, — образовался клуб поморных в редакции журнала „Искра“. Инициатива этого клуба принадлежит г-ну Василию Степановичу Курочкину. В его клубе собирались и собираются постоянно большею частью члены крайней партии и иногда и члены бывшего Шахматного клуба, в ожидании открытия нового публичного клуба. Состав его уже известен: Курочкин, Преображенский[68], Минаев, Храповицкий, Зиновьев, Лев Камбек, Николай Наумов, Стопановский и многие другие. В последнее время в этот клуб поступили два новые лица: Александр Венецкий и доктор Василий Богданов; обе эти личности из Московского университета, из кружка деркачевского[69]. В настоящее время в этом клубе поморных идет решение вопроса о том: 1) каким образом открыть новый публичный клуб (вроде Шахматного) и 2) каким образом открыть подписку денег на расходы, которые окажутся необходимыми при первой удобной минуте к революции»[70].