Вклад Линнея в разработку теоретической биологии не ограничивался только систематикой. Его по праву считают одним из основоположников экологии. Название опубликованного им трактата «Экономия природы» (1749) оказалось столь удачным, что до сих пор используется в монографиях и учебниках по экологии. Линнею также принадлежит выражение «баланс природы», заимствованное из бухгалтерии. Слова «экономия» и «баланс» указывали прямо на аналогию между обществом и природой. Аналогия как способ доказательства была усилена Линнеем в трактате «О политике природы» (1760), в котором он доказывал, что любой вид участвует в «бизнесе» и все виды тесно связаны общим мероприятием (рынком). Из экономики Линней прямо и легко переходил к биологической теме: порядок — совершенная приспособленность видов к климатическим факторам (горизонтальные связи) и к пищевым связям (вертикальные связи). Жизнь на Земле представлялась ему в виде циклов, выступающих организующим началом порядка природы. Строгую последовательность и преемственность циклов Линней подробно демонстрировал на растительных сообществах, описывая их преобразования от лишайников до зрелого леса (или, как теперь говорят, климаксного сообщества), загнивания деревьев и возможного повтора цикла. Интересна и данная Линнеем характеристика экологической роли насекомых, которые изображены не столько как вредители, сколько как регуляторы численности других видов. Пытался он вычислить и скорости заселения Земли животными и растениями после экологических кризисов, в том числе и после Всемирного Потопа. Фактически Линней построил законченную концепцию общей экологии, повлиявшую на многие исследования в естественной теологии, особенно в Великобритании, что в свою очередь стало важной предпосылкой для возникновения дарвинизма.

Благодаря трудам Линнея систематика была признана точной естественно-научной дисциплиной и стала любимым занятием интеллектуальной элиты вплоть до начала XX в. Описания видов в форме кратких диагнозов позволяли наглядно представить многообразие признаков и стимулировали дальнейшее развитие систематики, где лидирующая роль вначале принадлежала ботаникам. Это объясняется как относительной простотой диагностических признаков растений, так и тесной связью ботаники с медициной, сельским хозяйством и лесоводством, требовавших простых и точных определений для практически значимых видов. Зоологи же продолжали изучать крупные таксономические группы. Зоологической энциклопедией того времени стала «Естественная история» (в 36 т., 1749–1788) Ж. де Бюффона (1707–1788), продолженная Б.Ж.Э. де Ласепедом и Л. Добантоном. В ней было много очерков о жизни животных, их распространении, связях со средой и др. Фактически в этом издании были заложены основы зоогеографии и аутоэкологии, сформулированы элементы нового трансформизма и новой философии жизни, порывавшей с представлениями Лейбница и вводившей ньютонианство в естественную историю. Бюффон рассматривал организм как целостную систему, взаимодействующую с окружающей средой, а человечество как часть этого взаимодействия. Не случайно выход в свет в 1749 г. первых трех томов этого сочинения многие современные авторы оценивают как одно из важнейших событий в интеллектуальной истории века Просвещения.

Важной особенностью развития естествознания в XVIII столетии стала его интенсивная институализация, которая выразилась прежде всего в возникновении новых научных обществ и академий в масштабах, намного превышающих те, что имели место в XVI–XVII столетиях, причем и научные общества, и академии создавались как в крупных городах, в первую очередь в столицах, так и в провинции (American Philosophical Society, 1768; Kurfurstlich-Brandenburgische Societat der Wissenschaften, 1700, преобразованное в 1744 г. в Koniglich-PreuBische Akademie der Wissenschaften zu Berlin; Linnean Society, 1788; Lunar Society of Birmingham, середина 1760-х годов; Literary and Philosophical Society of Manchester, 1781; Бошё1ё Philomathique de Paris, 1788; Real Academia Espanola, 1713; Kungliga Svenska Vetenskapsakademien в Стокгольме 1739 г.; Петербургская Академия наук, 1724 г.; во Франции возникают Асабёппез des Sciences в Монпелье, Дижоне, Тулузе и других городах). Многие из академий, в отличие от научных обществ, финансировались государством. Интенсивно институализирующаяся наука XVIII в. стала важным феноменом интеллектуальной жизни не только таких стран, как Франция, Англия, Пруссия, Италия, но также Швеция, Шотландия (особенно после ее объединения в 1707 г. с Англией), Россия, Испания. Более того, формирующееся классическое естествознание перестает быть чисто европейским феноменом — сообщества ученых возникают в колониях — в Северной Америке, на Сан-Доминго (Гаити), Батавии (Индонезия), Маврикии, Реюньоне и т. д., научные достижения европейцев становятся известными в Китае и в Японии.

Практически каждый ученый XVIII в. был членом хотя бы одного научного общества и/или академии. Разумеется, речь идет об ученых мужского пола, большинство академий и научных обществ не предусматривало членство женщин в своих рядах. Е.Р. Дашкова является одним из редких исключений. Кроме того, она была не ученым, но общественным деятелем. Другой пример — судьба замечательного астронома Марии Кирх (1670–1720), урожденной Винкельман, которая после смерти мужа, Г. Кирха (1710), подала прошение с просьбой занять его место в Берлинском научном обществе в качестве астронома и составителя календарей и таблиц. Но ее обращение даже не стали рассматривать, несмотря на поддержку Лейбница, основателя этого общества: было заявлено, что Общество выставит себя на посмешище, если издаваемые им календари будет составлять женщина. Только в 1716 г. она получила место ассистента при своем сыне, который возглавил Обсерваторию Общества.

Принадлежность к тому или иному научному институту свидетельствовала о принадлежности индивида к научному сообществу. Кроме того, граждане меритократической Republique des Lettres постоянно соперничали друг с другом и не могли определить, какие именно заслуги считать выдающимися. В этой перепалке беспристрастных и незаинтересованных не было. Единственный выход виделся в обращении к суду равных, роль же судей играли академии и научные общества, оценивавшие представленные их вниманию труды.

Как правило, научные общества и академии создавались и функционировали либо по британской (Royal Society of London), либо по французской модели (Academie Royale des Sciences). В первом случае число членов не фиксировалось, научных заслуг не требовалось (т. е. в состав ассоциации могли входить не только ученые, но и любители, и люди далекие от науки, которые, однако, интересовались ее достижениями), иерархия среди членов отсутствовала (по крайней мере формально, по уставу, все были равны), жалованья членам не выплачивалось, корпорация существовала на членские взносы и, как бы мы сейчас сказали, спонсорскую поддержку. По такому принципу были организованы многие научные ассоциации Британии, ее американских колоний и Голландии. Во втором случае общество или академия финансировалась короной, а потому число членов было строго ограничено, им выплачивалось жалование в зависимости от места, которое ученый занимал в формальной иерархии данной корпорации. Так были организованы большинство академий и научных обществ континентальной Европы.

Несмотря на рост числа научных «социететов» в XVIII в. их значимость и вклад в развитие науки, а следовательно и их престиж, были, разумеется, различны. Ядро научных организаций составляла «большая пятерка» — Академии наук Парижа, Берлина, Санкт-Петербурга, Стокгольма и Лондонское Королевское общество. Заметим, что только последнее не финансировалось короной (что, кстати, стало одной из причин спада научной активности Royal Society во второй половине XVIII столетия). Государственная поддержка науки (особенно во Франции) способствовала заметному расширению и усложнению как инструментальной базы естествознания, так и тематической структуры естественно-научных исследований (стали возможны научные путешествия в дальние страны, работы по прецизионному измерению длины дуги меридиана, строительство новых и возрождение старых обсерваторий, музеев, лабораторий и т. д.), что, в свою очередь, сближало научные и технологические исследования (например, в таких областях, как картография, усовершенствование различных видов пороха, определение долготы, разработка метрической системы и т. д.).